Firmas transcriptómicas en adenocarcinoma gástrico (GAC)

Este estudio sobre el adenocarcinoma gástrico es retrospectivo y prospectivo y se llevará a cabo en SGPGIMS, Lucknow, India. Los pacientes sometidos a resección gástrica en el departamento de gastroenterología quirúrgica que son diagnosticados con GAC en base a la biopsia endoscópica en el departamento de patología serán reclutados para el estudio. Para la parte retrospectiva del estudio, los casos se seleccionarán en función de los hallazgos histológicos recuperados del sistema de información del hospital y los registros de los pacientes.

Para la recolección de muestras, las muestras frescas resecadas quirúrgicamente se recolectarán en RNAlater y se almacenarán a -80 ⁰C. Los bloques de tejido archivados fijados en formalina e incrustados en parafina (FFPE) para casos retrospectivos se recuperarán y revisarán histopatológicamente. Después de un diagnóstico confirmado de GAC, los tejidos se procesarán para obtener tejido tumoral y normal para la parte experimental.

El ARN del tumor y del área normal se extraerá de bloques FFPE y muestras de tejido fresco. La secuenciación transcriptómica completa de próxima generación se realizará después de un control de calidad, una preparación de la biblioteca y una amplificación satisfactorias. Los datos de expresión génica obtenidos de la secuenciación se analizarán bioinformáticamente para dilucidar la expresión génica diferencial entre el tumor y el tejido normal adyacente en relación con la TME. Los genes expresados ​​de manera significativamente diferencial entre el tumor y las áreas normales se anotarán e identificarán utilizando paquetes bioinformáticos para la anotación de genes. Usando análisis estadístico, los genes expresados ​​diferencialmente se correlacionarán con las características clínicas y el resultado del paciente para identificar genes TME con un valor pronóstico significativo.