RPL8-proteiinimuutosten rooli korkealaatuisessa seroosissa munasarjakarsinoomassa (OVCAR)

Tutkimuksen tausta ja perustelut:

Online-tietokannassa The Cancer Genome Atlas saatavilla olevien korkea-asteista seroosista munasarjasyöpää (HGSOC) sairastavien potilaiden tietojoukon alustavista analyyseistä havaitsimme, että ribosomaalista proteiinia L8 (RPL8) koodaava geeni monistuu suurella taajuudella (~ 30 %) HGSOC:ssa. Lisäksi sen mRNA:n ilmentyminen korreloi positiivisesti sen geneettisen monistumisen kanssa - tätä havaintoa ei ole aiemmin raportoitu tai tutkittu kirjallisuudessa. RPL8 on rakenteellinen komponentti suuressa ribosomaalisessa alayksikössä, joka osallistuu proteiinisynteesiin. Tämän ja alustavien tietojemme perusteella oletamme, että RPL8-amplifikaatiolla voi olla merkitystä munasarjasyövän kehittymisessä. RPL8-amplifikaation vaikutuksen ymmärtäminen munasarjasyöpään voi tarjota uusia näkemyksiä tämän huonosti ymmärrettävän syövän biologiaan.

Opintojen tavoitteet:

Tämän projektin päätavoitteena on selvittää, voidaanko RPL8:aa käyttää biomarkkerina sekä riskinarvioinnissa että potilaan kerrostuksessa sopivinta hoitovaihtoehtoa valittaessa. Tarkoituksena on opiskella erityisesti:

1. RPL8:n geneettisen tilan ja kliinisten tulosten välinen suhde.
2. RPL8-amplifikaation vaikutus hoitovasteeseen.

Tutkittavana olevan ihmiskudoksen tyyppi:

Analyysit tehdään kasvainkudosnäytteillä, jotka on otettu munasarjasyövän resektioista. Jotkut näytteet on jo kerätty ja tallennettu IRCCS:ssä, kun taas toiset ovat vielä keräämättä.

Tutkimuksen tyyppi:

• RPL8:n, C-MYC:n ja vastaavien geenien (RT-PCR, ddPCR, WB, IHC) ilmentymisanalyysi.
• Geenikopioiden lukumääräanalyysi ja mutaatioseulonta (ddPCR ja vastaavat molekyylitekniikat).
• Analyysi mahdollisista yhteyksistä patologisten tietojen, seurantatietojen ja potilaiden terapeuttisten vasteiden välillä.

Analyysimenetelmä:

Tiedot RPL8:n ja C-MYC:n geneettisestä tilasta, ilmentymisestä ja subsellulaarisesta lokalisoinnista korreloidaan kategoristen ja jatkuvien muuttujien kanssa, jotka liittyvät potilaan sairaushistoriaan ja kliiniseen tilaan. Kategoristen muuttujien välisiä eroja analysoidaan varianssianalyysillä (ANOVA), Mann-Whitney-testillä tai Kruskal-Wallis-testillä riippuen siitä, onko datan jakautuminen normaali vai ei (arvioitu Kolmogorov-Smirnov-testillä). Jatkuvien muuttujien väliset korrelaatiot arvioidaan Pearson- tai Spearman-testeillä, jälleen tietojen jakautumisen perusteella.

Tutkimusjoukon yleiset ominaisuudet:

Sisällön kriteerit:

• Ikä ≥ 18 vuotta.
• Korkea-asteisen (3 tai 4) seroosin munasarjasyövän diagnoosi joko alkaessa tai uusiutuessa.
• Allekirjoitettu tietoinen suostumus osallistua tutkimukseen.

Poissulkemiskriteerit:

• Muuntyyppiset histologiset munasarjakasvaimet kuin seroosi.
• Muut primaariset kasvaintyypit.

Study Design retrospektiivi (arkistomateriaalista) + tulevaisuus