- ICH GCP
- Registre américain des essais cliniques
- Essai clinique NCT01192048
Génétique des cardiopathies congénitales
Tests génétiques des personnes et des familles atteintes d'une cardiopathie congénitale
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Intervention / Traitement
Description détaillée
La cardiopathie congénitale (CHD) est le type le plus courant d'anomalie congénitale, mais l'étiologie de la CHD reste largement inconnue. Des causes génétiques ont été découvertes pour les coronaropathies syndromiques et non syndromiques en utilisant plusieurs approches génétiques (Yasuhara et Garg, 2021). La majorité de ces causes génétiques ont été trouvées en étudiant de grandes familles atteintes de cardiopathie congénitale autosomique dominante et mon laboratoire a utilisé cette méthodologie avec succès dans le passé (Garg, 2003 ; Garg 2005 ; Pan, 2009 ; Bennett, 2022). Bien que ces approches de clonage positionnel soient très puissantes, elles sont limitées par la nature rare des pedigrees multigénérationnels et sont limitées à des formes plus douces de CHD qui ont permis la génération de grands parents.
L'autre méthode traditionnellement utilisée pour identifier les causes génétiques de la maladie coronarienne est le dépistage d'importantes populations d'enfants présentant des cas sporadiques (non familiaux) de maladie coronarienne pour des anomalies génétiques (variations de la séquence nucléotidique des gènes candidats à la maladie coronarienne ou pour les modifications du nombre de copies chromosomiques qui impliquent des gènes candidats CHD). Ce travail a été fastidieux car un grand nombre de gènes candidats ont été impliqués comme potentiellement responsables de CHD chez l'homme (Choudhury et Garg, 2022). Bien que cette approche ait été couronnée de succès (Schluterman, 2007 ; Maitra, 2010 ; Chang, 2013 ; Bonachea, 2014), elle se limite également aux listes de gènes candidats.
Le séquençage de l'exome entier (WES) est une technologie de séquençage de nouvelle génération qui permet le séquençage de tous les gènes exprimés. Notre groupe, en plus de plusieurs autres (LaHaye, 2016 ; Gordon, 2022), utilise la technologie WES pour la découverte de gènes CHD. Notre groupe a progressé vers l'utilisation du séquençage du génome entier (WGS), une technologie de séquençage de nouvelle génération qui permet le séquençage de tout le matériel génétique (y compris les régions génomiques qui ne sont pas séquencées dans WES), dans notre analyse pour la découverte de gènes CHD. Par conséquent, ces méthodes de séquençage peuvent être appliquées à des familles multiplex et à des cohortes de cas sporadiques pour identifier les causes génétiques de CHD de manière impartiale. Le séquençage génomique dépend des prouesses techniques et bioinformatiques du personnel chargé du séquençage et du contrôle du pipeline de données. L'Institut de médecine génomique du Nationwide Children's Hospital (NCH) est à la fois techniquement qualifié et a développé son propre pipeline de données puissant (Kelly, 2015). WGS est un outil génétique puissant qui peut être utilisé isolément ou en conjonction avec d'autres types d'analyses génétiques pour augmenter le rendement de ces investigations.
Type d'étude
Inscription (Estimé)
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: Katherine M Spayde, MS, CGC
- Numéro de téléphone: 614-355-6388
- E-mail: katherine.spayde@nationwidechildrens.org
Lieux d'étude
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Ohio
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Columbus, Ohio, États-Unis, 43205
- Recrutement
- Nationwide Children's Hospital
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Chercheur principal:
- Vidu Garg, MD
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La description
Critère d'intégration:
- Les sujets doivent avoir un diagnostic de cardiopathie congénitale ou être apparentés à des personnes atteintes de cardiopathie congénitale.
Critère d'exclusion:
- Personnes en bonne santé non apparentées à celles atteintes d'une cardiopathie congénitale
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Sujets d'étude
Personnes atteintes de cardiopathie congénitale et membres de la famille avec ou sans cardiopathie congénitale.
Un prélèvement sanguin sera nécessaire pour tous les participants à l'étude.
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Prélèvement d'échantillons sanguins pour le séquençage direct, les microréseaux, le polymorphisme d'un seul nucléotide, les analyses d'ADN d'hybridation génomique comparative sur réseau de génome entier et/ou le séquençage de l'exome entier ou du génome.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Identification de nouveaux contributeurs génétiques aux malformations cardiaques congénitales
Délai: jusqu'à 3 ans, de la date de l'analyse génétique à l'achèvement de l'analyse des données génétiques ou à l'identification de nouveaux contributeurs génétiques, selon la première éventualité
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De nouvelles anomalies génétiques associées à des malformations cardiaques congénitales chez l'homme
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jusqu'à 3 ans, de la date de l'analyse génétique à l'achèvement de l'analyse des données génétiques ou à l'identification de nouveaux contributeurs génétiques, selon la première éventualité
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Collaborateurs et enquêteurs
Parrainer
Collaborateurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Vidu Garg, MD, Nationwide Children's Hospital
Publications et liens utiles
Publications générales
- Yasuhara J, Garg V. Genetics of congenital heart disease: a narrative review of recent advances and clinical implications. Transl Pediatr. 2021 Sep;10(9):2366-2386. doi: 10.21037/tp-21-297.
- Choudhury TZ, Garg V. Molecular genetic mechanisms of congenital heart disease. Curr Opin Genet Dev. 2022 Aug;75:101949. doi: 10.1016/j.gde.2022.101949. Epub 2022 Jul 8.
- Pan H, Richards AA, Zhu X, Joglar JA, Yin HL, Garg V. A novel mutation in LAMIN A/C is associated with isolated early-onset atrial fibrillation and progressive atrioventricular block followed by cardiomyopathy and sudden cardiac death. Heart Rhythm. 2009 May;6(5):707-10. doi: 10.1016/j.hrthm.2009.01.037. Epub 2009 Feb 4. No abstract available.
- Maitra M, Koenig SN, Srivastava D, Garg V. Identification of GATA6 sequence variants in patients with congenital heart defects. Pediatr Res. 2010 Oct;68(4):281-5. doi: 10.1203/PDR.0b013e3181ed17e4.
- Schluterman MK, Krysiak AE, Kathiriya IS, Abate N, Chandalia M, Srivastava D, Garg V. Screening and biochemical analysis of GATA4 sequence variations identified in patients with congenital heart disease. Am J Med Genet A. 2007 Apr 15;143A(8):817-23. doi: 10.1002/ajmg.a.31652.
- Garg V, Muth AN, Ransom JF, Schluterman MK, Barnes R, King IN, Grossfeld PD, Srivastava D. Mutations in NOTCH1 cause aortic valve disease. Nature. 2005 Sep 8;437(7056):270-4. doi: 10.1038/nature03940. Epub 2005 Jul 17.
- Garg V, Kathiriya IS, Barnes R, Schluterman MK, King IN, Butler CA, Rothrock CR, Eapen RS, Hirayama-Yamada K, Joo K, Matsuoka R, Cohen JC, Srivastava D. GATA4 mutations cause human congenital heart defects and reveal an interaction with TBX5. Nature. 2003 Jul 24;424(6947):443-7. doi: 10.1038/nature01827. Epub 2003 Jul 6.
- Bonachea EM, Chang SW, Zender G, LaHaye S, Fitzgerald-Butt S, McBride KL, Garg V. Rare GATA5 sequence variants identified in individuals with bicuspid aortic valve. Pediatr Res. 2014 Aug;76(2):211-6. doi: 10.1038/pr.2014.67. Epub 2014 May 5.
- Bonachea EM, Zender G, White P, Corsmeier D, Newsom D, Fitzgerald-Butt S, Garg V, McBride KL. Use of a targeted, combinatorial next-generation sequencing approach for the study of bicuspid aortic valve. BMC Med Genomics. 2014 Sep 26;7:56. doi: 10.1186/1755-8794-7-56.
- LaHaye S, Corsmeier D, Basu M, Bowman JL, Fitzgerald-Butt S, Zender G, Bosse K, McBride KL, White P, Garg V. Utilization of Whole Exome Sequencing to Identify Causative Mutations in Familial Congenital Heart Disease. Circ Cardiovasc Genet. 2016 Aug;9(4):320-9. doi: 10.1161/CIRCGENETICS.115.001324. Epub 2016 Jul 14.
- Bennett JS, Gordon DM, Majumdar U, Lawrence PJ, Matos-Nieves A, Myers K, Kamp AN, Leonard JC, McBride KL, White P, Garg V. Use of machine learning to classify high-risk variants of uncertain significance in lamin A/C cardiac disease. Heart Rhythm. 2022 Apr;19(4):676-685. doi: 10.1016/j.hrthm.2021.12.019. Epub 2021 Dec 24.
- Chang SW, Mislankar M, Misra C, Huang N, Dajusta DG, Harrison SM, McBride KL, Baker LA, Garg V. Genetic abnormalities in FOXP1 are associated with congenital heart defects. Hum Mutat. 2013 Sep;34(9):1226-30. doi: 10.1002/humu.22366. Epub 2013 Jul 11.
- Gordon DM, Cunningham D, Zender G, Lawrence PJ, Penaloza JS, Lin H, Fitzgerald-Butt SM, Myers K, Duong T, Corsmeier DJ, Gaither JB, Kuck HC, Wijeratne S, Moreland B, Kelly BJ; Baylor-Johns Hopkins Center for Mendelian Genomics; Garg V, White P, McBride KL. Exome sequencing in multiplex families with left-sided cardiac defects has high yield for disease gene discovery. PLoS Genet. 2022 Jun 23;18(6):e1010236. doi: 10.1371/journal.pgen.1010236. eCollection 2022 Jun.
- Manivannan SN, Darouich S, Masmoudi A, Gordon D, Zender G, Han Z, Fitzgerald-Butt S, White P, McBride KL, Kharrat M, Garg V. Novel frameshift variant in MYL2 reveals molecular differences between dominant and recessive forms of hypertrophic cardiomyopathy. PLoS Genet. 2020 May 26;16(5):e1008639. doi: 10.1371/journal.pgen.1008639. eCollection 2020 May.
- Yasuhara J, Bigelow AM, Garg V. Genetics of Congenital Heart Disease. Clin Perinatol. 2025 Sep;52(3):589-608. doi: 10.1016/j.clp.2025.06.010. Epub 2025 Jul 15.
- Yasuhara J, Manivannan SN, Majumdar U, Gordon DM, Lawrence PJ, Aljuhani M, Myers K, Stiver C, Bigelow AM, Galantowicz M, Yamagishi H, McBride KL, White P, Garg V. Novel pathogenic GATA6 variant associated with congenital heart disease, diabetes mellitus and necrotizing enterocolitis. Pediatr Res. 2024 Jan;95(1):146-155. doi: 10.1038/s41390-023-02811-y. Epub 2023 Sep 12.
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude
Achèvement primaire (Estimé)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Estimé)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Mots clés
- la génétique
- ADN
- Maladie cardiaque congénitale
- polymorphisme d'un seul nucléotide
- gène
- séquençage de l'exome entier
- séquençage du génome entier
- défaut de naissance
- microréseau
- séquençage de l'exome
- séquençage direct
- hybridation génomique comparative sur réseau de génomes entiers
- changement du nombre de copies chromosomiques
- variation de séquence de nucléotides
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- IRB09-00339
- R01HL109758 (Subvention/contrat des NIH des États-Unis)
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