Enquête prénatale sur les fœtus atteints de malformations cardiaques congénitales complexes à l'aide de multiOMICS (CARDIOMICS)

Les malformations cardiaques congénitales (CHD) constituent un groupe très hétérogène de maladies cardiaques en termes de mécanismes embryonnaires, de phénotypes et d'étiologies. Dans les formes isolées, des causes génétiques sont identifiées dans seulement 19 % des cas, liées à des anomalies chromosomiques (8 %) ou à des variantes génétiques (11 %). Des causes environnementales telles qu'une infection, une exposition à des substances toxiques ou l'ingestion de substances tératogènes peuvent également favoriser l'apparition du MCC. Bien que dans la majorité des cas l'étiologie reste inconnue, la découverte d'un MCC en période prénatale conduit presque systématiquement à un bilan étiologique génétique utilisant le liquide amniotique pour le caryotype, l'Array-CGH et, plus récemment, l'analyse de l'exome. Concernant les causes environnementales, des données récentes de la littérature font état d'un lien entre les expositions environnementales (professionnelles, extra-professionnelles ou médicamenteuses) et les anomalies congénitales.

Objectifs : Le faible pourcentage d'anomalies génétiques et de facteurs toxiques identifiés comme causals chez les patients atteints de coronaropathie non syndromique incite à rechercher des causes plus complexes telles que des modifications épigénétiques liées à une interaction entre gènes et facteurs environnementaux.

Méthodes : L’approche d’étude multi-omique, utilisant des technologies de séquençage à haut débit (exome, RNASeq, methylSeq), fournit une richesse d’informations sur les voies de signalisation cellulaires et/ou tissulaires en réponse à l’exposition. L'analyse intégrée des transcriptomes et des méthylomes a démontré l'apparition de défauts combinés dans l'expression des gènes et la méthylation suite à une exposition toxique. La période de formation des CHD au cours du développement embryonnaire nous incite à rechercher des modifications épigénétiques en période prénatale, au plus près des mécanismes physiopathologiques conduisant à cette malformation.

Résultats attendus : l'analyse multi-omique appliquée aux fœtus atteints de coronaropathie complexe non syndromique, combinée à la caractérisation des expositions environnementales professionnelles et non professionnelles, permettra d'étendre la recherche étiologique de ces malformations, d'identifier des biomarqueurs liés à leur survenue. et la gravité de ces malformations et mieux comprendre les mécanismes physiopathologiques liés aux maladies coronariennes.

À plus long terme, cette étude servira de base à des études à grande échelle permettant de développer des politiques de prévention, basées sur des cohortes exhaustives et multicentriques. De plus, des études multi-omiques pourraient identifier des marqueurs génétiques, par exome, transcriptome et/ou méthylome, qui pourraient ensuite être étudiés de manière ciblée.