Diagnostic et traitement de précision des maladies rares en interprétant les génomes non codants
Diagnostic et traitement de précision des maladies rares par interprétation des génomes non codants (PARADIGM)
L'étude PARADIGM, financée par la subvention de recherche PNRR, se concentrera sur les maladies oculaires (DE) et les maladies neuromusculaires (NMD) en tant que groupes de maladies génétiquement hétérogènes qui sont largement étudiées par les partenaires participant au projet ; en effet, la dysfonction érectile et le NMD sont bien caractérisés cliniquement et moléculairement et sont accessibles par les options de test de médicaments déjà évaluées et mises en œuvre par les partenaires de PARADIGM. ED et NMD représentent des modèles de maladies bons et compatibles comme :
- il s’agit dans les deux cas de troubles génétiquement hétérogènes dans lesquels l’héritabilité manquante est susceptible d’être cachée dans des variantes non codantes ;
- de nombreux gènes individuels responsables de l'ED et du NMD provoquent des formes autosomiques récessives, augmentant les chances de trouver des variantes de régulation/d'épissage
Aperçu de l'étude
Statut
Les conditions
Description détaillée
UO1 (IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, coordinateur) coordonnera les protocoles de collecte et de gestion des données conformément aux principes éthiques fondamentaux et à la législation nationale, européenne et internationale pertinente ; mettra en place l'entrepôt de données bioinformatiques et déploiera les flux de travail pour analyser l'analyse des données omiques en appliquant ses propres pipelines bioinformatiques et ceux publiés et contribuera à l'analyse des données multi-omiques.
UO2 (IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Casimiro Mondino, partenaire) effectuera des analyses HiC/UMI-4C et contribuera à l'identification, à la validation et à la caractérisation de variantes non codantes associées aux RGD, en fournissant des outils de génétique cellulaire et moléculaire pour le projet à tester in vitro ou sur des cultures cellulaires de patients à partir de sang ou de peau. Seulement dans des cas spécifiques (par ex. gènes exprimés sélectivement dans le tissu affecté), des cellules souches pluripotentes induites (iPSC) issues des fibroblastes des patients seront utilisées pour générer des modèles cellulaires 2D/3D (par ex. organoïdes rétiniens) différenciés en tissus d'intérêt pour disséquer la base moléculaire des RGD non résolus.
UO3 (Azienda Ospedaliero-universitaria Luigi Vanvitelli, partenaire) réalisera et intégrera le séquençage du génome (GS) et l'analyse du transcriptome sur l'ARN provenant de tissus accessibles, par exemple des cellules mononucléées du sang périphérique en culture (PBMC), des fibroblastes en culture (ou des organoïdes dérivés de fibroblastes), muscle squelettique (uniquement lorsqu'il est disponible dans la routine de diagnostic).
UO4 (Università degli Studi di Napoli Federico II) développera des approches de thérapie génique de pointe pour corriger les variantes non codantes associées aux RGD et testera leur efficacité dans des modèles organoïdes rétiniens pertinents.
UO1, UO2, UO3 seront les centres cliniques de recrutement des patients et de prélèvement d'échantillons. Ce partenariat rassemble des experts dans les principaux domaines omiques, des généticiens cliniques, des biologistes moléculaires et des thérapeutes géniques, possédant une vaste expérience dans le traitement des données omiques, la caractérisation de variantes génétiques à des fins cliniques et le développement de thérapies pour les maladies génétiques jusqu'au stade clinique.
Type d'étude
Inscription (Estimé)
Contacts et emplacements
Coordonnées de l'étude
- Nom: Tommaso Pippucci, Biologist
- Numéro de téléphone: 0512142892
- E-mail: tommaso.pippucci@unibo.it
Lieux d'étude
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Bologna, Italie, 40138
- Recrutement
- IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
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Contact:
- Tommaso Pippucci, Biologist
- Numéro de téléphone: +390512142892
- E-mail: tommaso.pippucci@unibo.it
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Chercheur principal:
- Tommaso Pippucci, Biologist
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Critères de participation
Critère d'éligibilité
Âges éligibles pour étudier
- Enfant
- Adulte
- Adulte plus âgé
Accepte les volontaires sains
Méthode d'échantillonnage
Population étudiée
La population étudiée comprendra :
- les patients précédemment en routine de diagnostic, qui ont donné leur consentement éclairé pour le stockage et l'utilisation secondaire de leurs échantillons biologiques et pour être recontactés ; ils seront informés du projet en cours et invités à fournir un nouveau consentement éclairé spécifique ;
- les parents des patients et/ou d'autres proches (par ex. frères et sœurs, oncle/tante) ;
- âge : à partir de 0 ans (nouveau-nés) sans limite d'âge supérieure.
La description
Critères d'intégration :
- les patients/parents de patients présentant un diagnostic clinique de NMD/ED ;
- patients/parents de patients avec des données ES et aCGH non concluantes (pas de variant pathogène/probablement pathogène) ou découverte d'un seul résultat (un variant pathogène ou probablement pathogène) dans un gène autosomique récessif par ES (ou aCGH) ou aucun pathogène ou probable variant pathogène mais détection d'une large région d'homozygotie génomique entourant un gène candidat ;
- patients/parents de patients ayant découvert une VUS cryptique (CNV d'épissage/réglementation/non codante) dans les gènes ED/NMD ou des variantes cryptiques pathogènes dans un nombre sélectionné de cas représentatifs.
- Consentement éclairé signé pour participer à l'étude.
Critères d'exclusion :
- Les trios ou familles nucléaires où les deux parents non affectés ne consentent pas à participer seront exclus (de même, un nombre minimum de 3 membres de la famille concernés seront nécessaires dans les pedigrees multigénérationnels).
Plan d'étude
Comment l'étude est-elle conçue ?
Détails de conception
Cohortes et interventions
Groupe / Cohorte |
Intervention / Traitement |
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Caractérisation génomique des patients RGD atteints de DE/NMD
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Les échantillons sont collectés par UO1/UO2/UO3.
Les échantillons d'ADN/ARN sont envoyés à l'UO3 pour le séquençage du génome et du transcriptome.
Des systèmes in vitro ou des modèles cellulaires dérivés de patients sont utilisés pour la validation expérimentale in vitro (UO2) ou le développement d'approches thérapeutiques (UO2/UO4).
Des échantillons de cas encore non diagnostiqués après les approches combinées de séquençage et de validation sont soumis à un séquençage à lecture longue par une installation externalisée.
Les données de séquençage sont transférées vers UO1 pour analyse bioinformatique et peuvent être déposées dans RDconnect pour les cas encore non concluants.
Les variantes d'intérêt issues des analyses bioinformatiques et des validations in vitro sont discutées collectivement par UO1/UO2/UO3 pour évaluer leur signification clinico-moléculaire et être sélectionnées pour tester des approches thérapeutiques par UO2/UO4.
Les flèches et les formes bleues désignent des échantillons et des données personnelles, tandis que les données vertes ne permettent pas d'identifier une personne.
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Que mesure l'étude ?
Principaux critères de jugement
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Identification de variantes génomiques
Délai: 22 mois
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Identifier de manière efficace et fiable et interpréter cliniquement les variantes génomiques cryptiques, ce qui représente le défi central de la génétique humaine pour les prochaines décennies.
L'étude se concentrera sur les conditions ED et NMD.
Le rendement du diagnostic sera calculé comme la proportion de cas diagnostiqués sur le nombre total de cas.
Les cas seront considérés comme diagnostiqués lorsque le ou les génotypes pathogènes ou probablement pathogènes seront identifiés et seront cohérents avec le phénotype clinique du patient et la ségrégation dans la famille.
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22 mois
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Mesures de résultats secondaires
Mesure des résultats |
Description de la mesure |
Délai |
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Évaluation de l'efficacité thérapeutique
Délai: 24 mois
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Développer et valider la stratégie privilégiée pour un traitement basé sur la thérapeutique à base d'ARN, l'édition du génome médiée par CRISPR/Cas9 ou le repositionnement de médicaments.
L'efficacité thérapeutique sera évaluée par transfection dans des cellules HEK293 au niveau de l'ADN, de l'ARN et des protéines et l'approche la plus efficace sera ensuite testée côte à côte dans des organoïdes rétiniens 3D, afin d'évaluer dans des modèles plus pertinents leur capacité à sauver le défaut d'épissage ainsi que pour améliorer les altérations morphologiques spécifiques à la maladie.
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24 mois
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Collaborateurs et enquêteurs
Les enquêteurs
- Chercheur principal: Tommaso Pippucci, Biologist, IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
Dates d'enregistrement des études
Dates principales de l'étude
Début de l'étude (Réel)
Achèvement primaire (Estimé)
Achèvement de l'étude (Estimé)
Dates d'inscription aux études
Première soumission
Première soumission répondant aux critères de contrôle qualité
Première publication (Réel)
Mises à jour des dossiers d'étude
Dernière mise à jour publiée (Réel)
Dernière mise à jour soumise répondant aux critères de contrôle qualité
Dernière vérification
Plus d'information
Termes liés à cette étude
Termes MeSH pertinents supplémentaires
Autres numéros d'identification d'étude
- PARADIGM (Amgen)
- PNRR: M6/C2_CALL 2022 (Autre subvention/numéro de financement: PNRR)
Plan pour les données individuelles des participants (IPD)
Prévoyez-vous de partager les données individuelles des participants (DPI) ?
Informations sur les médicaments et les dispositifs, documents d'étude
Étudie un produit pharmaceutique réglementé par la FDA américaine
Étudie un produit d'appareil réglementé par la FDA américaine
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