Diagnóstico e terapia de precisão para doenças raras por meio da interpretação de genomas não codificantes
Diagnóstico de precisão e terapia para doenças raras por meio da interpretação de genomas não codificantes (PARADIGM)
O estudo PARADIGM, financiado pela bolsa de investigação do PNRR, centrar-se-á nas Doenças Oculares (DE) e nas Doenças Neuromusculares (DNM) como grupos de doenças geneticamente heterogéneas que são extensivamente estudadas pelos Parceiros participantes no projecto; na verdade, a DE e a NMD são bem caracterizadas clínica e molecularmente e acessíveis por opções de testes de drogas já avaliadas e implementadas pelos parceiros da PARADIGM. ED e NMD representam modelos de doenças bons e compatíveis como:
- ambos são distúrbios geneticamente heterogêneos, nos quais a falta de herdabilidade provavelmente está oculta em variantes não codificantes;
- muitos dos genes individuais responsáveis pela DE e NMD causam formas autossômicas recessivas, aumentando a chance de encontrar variantes regulatórias/de splicing
Visão geral do estudo
Status
Descrição detalhada
UO1 (IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna, Coordenador) coordenará os protocolos de recolha e gestão de dados sob princípios éticos fundamentais e legislação nacional, da UE e internacional relevante; configurará o armazém de dados bioinformáticos e implantará os fluxos de trabalho para analisar a análise de dados ômicos aplicando seus próprios canais de bioinformática e publicados e contribuirá para a análise de dados multiômicos.
UO2 (IRCCS Fondazione Istituto Neurologico Casimiro Mondino, Partner) realizará análises HiC/UMI-4C e contribuirá para a identificação, validação e caracterização de variantes não codificantes associadas a RGDs, fornecendo ferramentas genéticas celulares e moleculares para o projeto a ser testado in vitro ou em culturas de células de sangue ou pele de pacientes. Apenas em casos específicos (por ex. genes expressos seletivamente no tecido afetado), células-tronco pluripotentes induzidas (iPSCs) iniciadas a partir de fibroblastos de pacientes serão usadas para gerar modelos de células 2D/3D (por exemplo, organoides retinais) diferenciados no tecido de interesse para dissecar a base molecular de RGDs não resolvidos.
UO3 (Azienda Ospedaliero-universitaria Luigi Vanvitelli, Partner) realizará e integrará o sequenciamento do genoma (GS) e a análise do transcriptoma em RNA de tecidos acessíveis, por exemplo, células mononucleares de sangue periférico cultivadas (PBMCs), fibroblastos cultivados (ou organoides derivados de fibroblastos), músculo esquelético (somente quando disponível na rotina diagnóstica).
A UO4 (Università degli Studi di Napoli Federico II) desenvolverá abordagens de terapia genética de última geração para corrigir variantes não codificantes associadas a RGDs e testar sua eficiência em modelos organoides retinais relevantes.
UO1, UO2, UO3 serão os centros clínicos de recrutamento de pacientes e coleta de amostras. Esta parceria reúne especialistas nas principais ómicas, geneticistas clínicos, biólogos moleculares e terapeutas genéticos, com vasta experiência no tratamento de dados ómicas, na caracterização de variantes genéticas para fins clínicos e no desenvolvimento de terapêutica para doenças genéticas até à fase clínica.
Tipo de estudo
Inscrição (Estimado)
Contactos e Locais
Contato de estudo
- Nome: Tommaso Pippucci, Biologist
- Número de telefone: 0512142892
- E-mail: tommaso.pippucci@unibo.it
Locais de estudo
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Bologna, Itália, 40138
- Recrutamento
- IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
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Contato:
- Tommaso Pippucci, Biologist
- Número de telefone: +390512142892
- E-mail: tommaso.pippucci@unibo.it
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Investigador principal:
- Tommaso Pippucci, Biologist
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Filho
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
A população do estudo incluirá:
- pacientes previamente em rotina diagnóstica, que forneceram consentimento informado para armazenamento e uso secundário de suas amostras biológicas e para serem contatados novamente; serão informados sobre o projeto atual e solicitados a fornecer um novo consentimento informado específico;
- pais dos pacientes e/ou outros parentes (por ex. irmãos, tio/tia);
- idade: a partir de 0 anos (recém-nascidos) sem limite máximo de idade.
Descrição
Critérios de inclusão:
- pacientes/familiares de pacientes com diagnóstico clínico de DNM/DE;
- pacientes/parentes de pacientes com dados inconclusivos de ES e aCGH (sem variante patogênica/provavelmente patogênica) ou achado de apenas um único acerto (uma variante patogênica ou provavelmente patogênica) em um gene autossômico recessivo por ES (ou aCGH) ou não patogênico ou provável variante patogénica mas detecção de uma grande região de homozigosidade genómica em torno de um gene candidato;
- pacientes/parentes de pacientes com descoberta de VUS críptica (CNVs de splicing/reguladoras/não codificantes) em genes ED/NMD ou variantes crípticas patogênicas em um número selecionado de casos representativos.
- Consentimento informado assinado para participar do estudo.
Critérios de exclusão:
- Trios ou famílias nucleares onde ambos os pais não afetados não consentirem em participar serão excluídos (da mesma forma, um número mínimo de 3 membros da família afetados será necessário em pedigrees multigeracionais).
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Coortes e Intervenções
Grupo / Coorte |
Intervenção / Tratamento |
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Caracterização genômica de pacientes com RGD com DE/NMD
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As amostras são coletadas por UO1/UO2/UO3.
Amostras de DNA/RNA são enviadas ao UO3 para sequenciamento do genoma e do transcriptoma.
Sistemas in vitro ou modelos celulares derivados de pacientes são utilizados para validação experimental in vitro (UO2) ou desenvolvimento de abordagens terapêuticas (UO2/UO4).
Amostras de casos ainda não diagnosticados após as abordagens combinadas de sequenciamento e validação passam por sequenciamento de leitura longa por uma instalação terceirizada.
Os dados do sequenciamento são transferidos para o UO1 para análise bioinformática e podem ser depositados no RDconnect para casos ainda inconclusivos.
Variantes de interesse de análises bioinformáticas e validações in vitro são discutidas coletivamente por UO1/UO2/UO3 para avaliar seu significado clínico-molecular e para serem selecionadas para testar abordagens terapêuticas por UO2/UO4.
Setas e formas azuis indicam amostras e dados pessoais, enquanto dados verdes indicam que nenhuma pessoa é identificável.
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Identificação de variantes genômicas
Prazo: 22 meses
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Identificar, e interpretar clinicamente, de forma eficiente e confiável, variantes genômicas crípticas, representando o desafio central para as próximas décadas da genética humana.
O estudo se concentrará nas condições de DE e NMD.
O rendimento do diagnóstico será calculado como a proporção dos casos diagnosticados sobre o total de casos.
Os casos serão considerados diagnosticados quando o(s) genótipo(s) patogênico(s) ou provavelmente patogênico(s) forem identificados e forem consistentes com o fenótipo clínico do paciente e a segregação na família.
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22 meses
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Avaliação da eficiência terapêutica
Prazo: 24 meses
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Desenvolver e validar a estratégia preferida para um tratamento baseado em terapêutica de RNA, edição de genoma mediada por CRISPR/Cas9 ou reposicionamento de medicamentos.
A eficiência terapêutica será avaliada por transfecção em células HEK293 tanto a nível de ADN, ARN e proteína e a abordagem mais eficiente será posteriormente testada lado a lado em organoides retinais 3D, a fim de avaliar em modelos mais relevantes a sua capacidade de resgatar o defeito de emenda, bem como melhorar alterações morfológicas específicas da doença.
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24 meses
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Investigadores
- Investigador principal: Tommaso Pippucci, Biologist, IRCCS Azienda Ospedaliero-Universitaria di Bologna
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Estimado)
Conclusão do estudo (Estimado)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- PARADIGM (Amgen)
- PNRR: M6/C2_CALL 2022 (Número de outro subsídio/financiamento: PNRR)
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
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