Valutazione di un array di oligonucleotidi per l'identificazione rapida dei dermatofiti nei campioni clinici

Sono stati analizzati i campioni ungueali di pazienti con sospetta onicomicosi.

Collezione:

I campioni sono stati raccolti come parte della cura standard del paziente dal Dipartimento di Dermatologia, National Cheng Kung University Hospital (NCKUH, un ospedale terziario di riferimento), Tainan, Taiwan.

I campioni di unghie sono stati raccolti come raschiature, ritagli o raschiature subungueali. I campioni sono stati immediatamente trasportati in provette Eppendorf sterili a temperatura ambiente al laboratorio del Dipartimento di Dermatologia, NCKUH, per la colorazione KOH e le colture fungine di routine.

Campione Preparare:

Ogni campione è stato tagliato in piccoli pezzi con una lama chirurgica e omogeneizzato mediante omogeneizzatore di vetro da 2 ml. La sospensione è stata trattata con liticasi a 37 ° C per 30 minuti ed è stato estratto il DNA con il kit DNA genomico di sangue e tessuto. Il programma PCR e l'ibridazione dell'array sono gli stessi dello studio precedente.

Analisi:

Se i risultati tra matrice e metodo di coltura, analisi discrepante con risequenziamento, montaggio KOH e esito del paziente dopo il trattamento antimicotico. La valutazione delle prestazioni dell'array e dei metodi di coltura con sensibilità, specificità, valore predittivo positivo (PPV) e valore predittivo negativo (NPV) è stata calcolata dopo l'analisi discrepante. Differenza significativa è stata stimata dal test esatto di Fisher.