Analisi dei marcatori tumorali circolanti nel sangue 4 - ALCINA 4 (ALCINA4)

La rilevazione della malattia residua dopo l'intervento chirurgico è assolutamente cruciale in oncologia, poiché questa rilevazione potrebbe consentire la personalizzazione dei trattamenti post-operatori in base alla presenza della malattia residua.

Il laboratorio intende sviluppare una nuova tecnica per la rilevazione del DNA tumorale circolante, basata sul riconoscimento dei frammenti di traslocazione nel DNA circolante mediante sequenziamento superficiale dell'intero genoma. Si tratta di un approccio originale, che a nostra conoscenza non è stato finora testato con l'approccio bioinformatico previsto e potrebbe potenzialmente essere più sensibile delle tecniche attualmente utilizzate per rilevare la malattia residua dopo la rimozione chirurgica del carcinoma mammario localizzato (non metastatico).

L'analisi si concentrerà quindi sulla ricerca di traslocazioni cromosomiche tumorali, che dovranno essere differenziate dalle possibili traslocazioni cromosomiche germinali. In questa coorte è quindi prevista la raccolta del DNA costituzionale.

Lo scopo di questa coorte è studiare il ruolo che le variazioni nel DNA tumorale circolante potrebbero avere come marcatore associato alla risposta durante la chemioimmunoterapia.

È necessaria una nuova biopsia (successivamente conservata congelata) per l'analisi del profilo mutazionale (che verrà utilizzata per tracciare il DNA tumorale circolante nel sangue). Inoltre, sarà utilizzato per analizzare i fattori biologici tissutali attualmente riconosciuti di risposta alla chemioimmunoterapia (marcatura PD-L1, carico mutazionale, ...) e per identificare possibili associazioni con variazioni del DNA tumorale circolante.

L'analisi del DNA costituzionale è necessaria per la determinazione delle mutazioni puntiformi presenti nel tumore (da differenziare dai polimorfismi presenti a livello costituzionale), in quanto la determinazione di tali mutazioni è fondamentale per monitorare il DNA tumorale circolante e pertanto verrà raccolta.

L'obiettivo di questa coorte è lo sviluppo di nuovi test del plasma, ad esempio basati sulla rilevazione di traslocazioni cromosomiche del DNA tumorale circolante.

L'ipotesi è che questi test consentirebbero l'individuazione delle ricadute, la previsione dell'efficacia del trattamento e il monitoraggio dell'efficacia del trattamento a diversi stadi del cancro in pazienti con carcinoma mammario triplo negativo, sia nella fase non metastatica con neo-adiuvante pianificato trattamento o in fase metastatica. Il numero di inclusioni tra queste 2 popolazioni (neo-adiuvante e metastatico) sarà monitorato a livello operativo per evitare uno squilibrio eccessivo verso un gruppo.

Lo scopo di questa coorte, sulla base dei risultati precedenti, è di:

1. quantificare il livello di espressione dei geni bersaglio sul T regolatorio tumorale (Tregs) a livello proteico,
2. eseguire analisi FACS multiparametriche su campioni di sangue e tumore di pazienti trattati presso l'Institut Curie, con carcinoma mammario o ovarico e comprendere il potenziale di questi bersagli come biomarcatori di malattia.

Nell'ambito di questa coorte ALCINA-4 n°4, per pazienti mammarie e ovariche, saranno raccolti 40 ml di sangue e frammenti tumorali ottenuti da intervento chirurgico (50 pazienti mammarie) o biopsia terapeuticamente richiesta (30 pazienti ovaio). In questo protocollo non verranno eseguite biopsie aggiuntive rispetto a quelle appartenenti al processo terapeutico. Le biopsie eseguite come parte dello standard di cura verranno utilizzate se è disponibile materiale sufficiente.

Lo scopo di questa coorte è determinare il tasso di rilevamento del DNA tumorale circolante (ctDNA) prima e dopo l'intervento chirurgico nel sangue di pazienti che hanno ricevuto un trattamento neoadiuvante con chemioimmunoterapia per carcinoma mammario triplo negativo in fase iniziale (TNBC).

Ci saranno due sottogruppi: pazienti che non hanno ancora iniziato il trattamento neoadiuvante (sottocoorte 1) e pazienti che hanno già iniziato il trattamento neoadiuvante (sottocoorte 2).

La biopsia di una lesione tumorale verrà eseguita prima dell'inizio del trattamento neoadiuvante (solo per la sottocoorte 1). La raccolta di DNA costituzionale, plasma e DNA tumorale circolante è pianificata in questa coorte in momenti diversi.

L'obiettivo principale di questa coorte esplorativa è caratterizzare il tasso di rilevamento del ctDNA prima e durante la terapia con T-DXd (Trastuzumab deruxtecan) per i pazienti con carcinoma mammario metastatico HER2-low, che richiedono un trattamento con T-DXd.

La biopsia del tumore verrà eseguita dopo l'inclusione e prima dell'inizio del trattamento il giorno 1 del ciclo 1 per almeno 30 pazienti. La raccolta del DNA costituzionale è pianificata in questa coorte in momenti diversi: T1 e T2 (prima dell'inizio del trattamento) sono fondamentali per valutare la riproducibilità intra-paziente dei biomarcatori liquidi. T3 studierà la risposta alla terapia mentre T4 si concentrerà sui meccanismi di resistenza.

Lo scopo di questa coorte è determinare l'impatto prognostico del rilevamento e del monitoraggio del DNA tumorale circolante nei pazienti che ricevono un inibitore CDK4/6 nel carcinoma mammario adiuvante.

50 ml di sangue verranno raccolti in provette EDTA per DNA costituzionale e plasma per la ricerca di biomarcatori circolanti in diversi punti temporali (4 punti temporali).

Lo scopo di questa coorte è stimare l'incidenza del rilevamento di ctDNA in pazienti con carcinoma mammario in stadio iniziale durante il follow-up per rilevare precocemente la recidiva metastatica in pazienti asintomatiche.

L'analisi del ctDNA verrà eseguita utilizzando varie tecniche, incluso il sequenziamento di nuova generazione (NGS), con o senza analisi del tessuto tumorale, considerate come parte della cura standard.

40 ml di campioni di sangue verranno raccolti in quattro punti temporali:

• iscrizione,
• 6 mesi (+/- 15 giorni),
• 12 mesi (+/- 15 giorni),
• 18 mesi (+/- 15 giorni) dopo l'inclusione.

Lo scopo di questa coorte è:

• Generare dati sui livelli e sulla natura del DNA tumorale circolante durante la chemioimmunoterapia.
• Monitorare l'evoluzione della risposta immunitaria circolante durante la chemioimmunoterapia sistemica.

La biopsia del tumore verrà eseguita dopo l'inclusione e prima dell'inizio del trattamento.

50 ml di campioni di sangue verranno raccolti in quattro punti temporali:

• All'inclusione, prima di iniziare il trattamento neoadiuvante
• All'inizio del ciclo 3 (C3J1) del trattamento neoadiuvante
• Al momento dell’intervento (dopo il trattamento neoadiuvante)
• All'inizio del monitoraggio, ovvero 3 mesi (+/- 1 mese) dopo l'intervento.

Lo scopo di questa coorte è:

• Valutare la sopravvivenza libera da recidiva (RFS) dopo l'intervento chirurgico R0/R1

• Valutare l'efficacia di Tebentafusp associato all'intervento chirurgico per i pazienti con metastasi di melanoma uveale.

  3 sotto-coorti:

• Sottocoorte 1: pazienti positivi per HLA-A*02:01, idonei alla chirurgia R0 e a Tebentafusp (n=20)
• Sottocoorte 2: pazienti HLA-A*02:01 negativi, eleggibili per intervento chirurgico R0 e immunoterapia alla recidiva successiva (n=20)
• Sottocoorte 3: pazienti positivi per HLA-A*02:01, non eleggibili per l'intervento chirurgico R0 ma eleggibili per Tebentafusp (n=20).

La biopsia del tumore verrà eseguita durante l'intervento chirurgico (sottocoorte n°1 e 2) o dopo l'inclusione (sottocoorte n°3).

40 ml di sangue verranno raccolti in provette EDTA per il DNA costituzionale e il DNA circolante nel plasma per la ricerca di biomarcatori in 4 punti temporali.

Lo scopo di questa coorte è:

• Caratterizzare la cinetica del ctDNA durante il trattamento con un inibitore di CDK4/6.
• Studiare i collegamenti tra ctDNA e marcatori sierici comuni.

• Studiare i collegamenti tra ctDNA e marcatori derivati dall'imaging metabolico.

  Verranno prelevati 40-50 ml di sangue in provette STRECK per il DNA costituzionale e il DNA circolante nel plasma per la ricerca di biomarcatori in diversi momenti temporali.

Lo scopo di questa coorte è correlare i biomarcatori circolanti con l'analisi molecolare dei xenotrapianti derivati da pazienti (PDX) stabiliti da tumori al seno.

Al momento dell'inclusione, verranno prelevati 10 ml di sangue in provette EDTA per il DNA costituzionale.

I campioni di tessuto tumorale (per PDX) verranno prelevati al momento dell'inclusione per l'istituzione dei PDX.