単一細胞ネットワーク プロファイリング (SCNP) を使用して疾患の生物学的不均一性を特徴付けるための AML 患者からの骨髄および末梢血サンプルの前向きパイロット研究

提案された研究は、診断時に開始し、レスポンダーの再発を通じて継続する反応評価（CRおよびNR）時のサンプリングを含む、AML患者から得られた新鮮な骨髄およびペアの末梢血サンプルを使用するオープンラベルの前向き調査です。耐性/再発後のサルベージ療法を含む他のその後の治療のために。 約 100 人の AML 患者が登録される予定です。 この研究に登録する患者から余分な骨髄と血液のサンプリングはありません。これは、通常の医療ニーズのために骨髄と血液のサンプリングを受けるときにのみ研究するためです。 SCNPの結果は、この研究に登録された患者の現在または将来の治療を導きまたは調整するために使用されることはなく、研究結果に関して連絡を受けることはありません.

新鮮な全骨髄 (5 ～ 10 ml) および対になった末梢血 (5 ～ 10 ml) は、治療開始前、各導入後、強化後、再発時に、これらの患者が骨髄/血液検査を必要とする場合に、参加施設の AML 患者から収集されます。および/または難治性で、標準的なケアによるものです。 骨髄が得られない場合は、患者から末梢血のみを採取してもかまいません。 患者の人口統計情報、診断、治療オプション、転帰は、研究 PI によって匿名化されます。 サンプルは、サンプルの非識別ID、収集時間、および日付でラベル付けされた標準的な10 mlのグリーントップヘパリン化バキュテナーに収集する必要があります。 サンプルは、FedEx を介して室温の出荷キットで同日に Nodality Inc. に出荷されます。 Nodality Inc. の担当者は、収集から 36 時間以内にサンプルを研究用に処理します。 白血病芽球 SCNP は、ノダリティ社の研究者の監督の下、ノダリティ社が所有する施設で実施されます。 サンプルは、骨髄単核細胞 (BMMC) または末梢血単核細胞 (PBMC) に分画され、その後分注されます。 これらの分別されたアリコートの 1 つを除くすべてが凍結保存されます。 分画された新鮮なアリコートは、サイトカイン（例： インターロイキン、Flt3L)、成長因子 (例: SCF、GM-CSF および G-CSF)、化学療法剤 (例: シタラビン、ara-C、エトポシド)、および他のモジュレーター。 次に、細胞を固定し、透過処理し、細胞外マーカーを認識する抗体で染色します (すなわち、 分化のクラスター、薬物輸送体、受容体などの表面表現型マーカー) を、指定されたシグナル伝達分子の細胞内活性化状態特異的エピトープ (読み出し) と組み合わせて使用​​します。 その後、細胞は SCNP のマルチパラメトリック フローサイトメトリーによって処理されます。 ブラスト集団は、表面マーカー (CD33、CD34、CD38、CD45、CD11b) と約 30 の異なるシグナル伝達ノード (対になったモジュレーター/読み出しなど) の組み合わせを使用して定義されます。 Flt3L → phospho-Erk)、サンプル細胞数によって異なります (理想的には 500 万から 600 万、最小 300 万)。 シグナル伝達の読み出しは、CD33、CD34、CD 38、CD45、CD11b、および側方散乱 (SSC) によって定義される個々のサブポピュレーション内だけでなく、総ブラスト ポピュレーションでも評価されます。 データセットが多変量解析を可能にする場合、シグナル伝達の読み出しは、各シグナル伝達ノード (単変量解析) およびノー​​ドの組み合わせについて分析されます。 「ブリッジング」アッセイでは、BM サンプルに加えて利用可能な場合、BMMC および PBMC を含む新鮮な AML サンプルと凍結保存された AML サンプルの間で、細胞表面マーカーとシグナル伝達の読み出しが比較されます。