Prospektivní pilotní studie vzorků kostní dřeně a periferní krve od pacientů s AML k charakterizaci biologické heterogenity onemocnění pomocí jednobuněčného síťového profilování (SCNP)

Navrhovaná studie bude otevřeným prospektivním vyšetřováním s použitím vzorků čerstvé kostní dřeně a párových vzorků periferní krve získaných od pacientů s AML počínaje v době diagnózy a včetně odběrů v časech hodnocení odpovědi (CR a NR) pokračující až do recidivy u reagujících a pro další následnou léčbu včetně záchranné terapie po rezistenci/relapsu. Očekává se, že bude zařazeno přibližně 100 pacientů s AML. Od pacientů, kteří se do této studie zapíší, se neodebírají žádné další vzorky dřeně a krve, protože jejich dřeň a krev studujeme pouze tehdy, když podstoupí takový odběr pro běžné lékařské potřeby. Výsledky SCNP nebudou použity k vedení nebo úpravě současné nebo budoucí léčby pacientů zařazených do této studie a nebudou kontaktováni ohledně výsledků studie.

V zúčastněných institucích bude pacientům s AML odebrána čerstvá celá kostní dřeň (5-10 ml) a párová periferní krev (5-10 ml), pokud tito pacienti potřebují dřeňové/krevní testy před zahájením léčby, po každé indukci, po konsolidaci, při relapsu a/nebo žáruvzdorné, což je podle jejich standardní péče. Pokud nelze získat dřeň, je přijatelné odebrat pacientovi pouze periferní krev. Demografické informace pacienta, diagnóza, možnost léčby, výsledek budou deidentifikovány pomocí studie PI. Vzorky musí být odebírány do standardního 10 ml heparinizovaného vakuového kontejneru se zeleným víkem označeného vzorkem s deidentifikovaným ID, časem a datem odběru. Vzorky pak budou odeslány společnosti Nodality Inc. prostřednictvím FedEx v expedičních sadách při teplotě okolí ve stejný den. Pracovníci společnosti Nodality Inc. zpracují vzorek ke studiu do 36 hodin od odběru. SCNP při leukemickém výbuchu bude probíhat pod dohledem výzkumníků z Nodality Inc. a v zařízeních vlastněných Nodality Inc. Vzorky budou frakcionovány na mononukleární buňky kostní dřeně (BMMC) nebo mononukleární buňky periferní krve (PBMC) a poté rozděleny na alikvoty. Všechny tyto frakcionované alikvoty kromě jednoho budou kryokonzervovány. Čerstvý, frakcionovaný alikvot bude inkubován s cytokiny (např. interleukiny, Flt3L), růstové faktory (např. SCF, GM-CSF a G-CSF), chemoterapeutická činidla (např. cytarabin, ara-C, etoposid) a další modulátory. Buňky pak budou fixovány, permeabilizovány a obarveny protilátkami, které rozpoznávají extracelulární markery (tj. povrchové fenotypové markery, jako jsou shluky diferenciace, transportéry léčiv a receptory) ve spojení s epitopy (výsledky) specifických pro intracelulární aktivační stav (odečty) určených signálních molekul. Následně budou buňky zpracovány multiparametrickou průtokovou cytometrií pro SCNP. Populace blastů budou definovány pomocí kombinace povrchových markerů (CD33, CD34, CD38, CD45, CD11b) a přibližně 30 různých signálních uzlů (párový modulátor/čtecí zařízení, např. Flt3L → phospho-Erk), v závislosti na počtu buněk vzorku (ideálně 5-6 milionů; minimálně 3 miliony). Signální hodnoty budou vyhodnoceny v celkové populaci blastů a také v rámci jednotlivých subpopulací definovaných pomocí CD33, CD34, CD 38, CD45, CD11b a Side Scatter (SSC). Signalizační údaje budou analyzovány pro každý signalizační uzel (jednorozměrná analýza) i pro kombinaci uzlů, pokud soubor dat umožňuje vícerozměrné analýzy. V testu "přemostění" budou markery buněčného povrchu a signalizační údaje porovnány mezi čerstvými a kryokonzervovanými vzorky AML včetně BMMC a PBMC, pokud jsou k dispozici kromě vzorků BM.