Prospektywne badanie pilotażowe próbek szpiku kostnego i krwi obwodowej od pacjentów z AML w celu scharakteryzowania biologicznej heterogenności choroby za pomocą profilowania sieci pojedynczych komórek (SCNP)

Proponowane badanie będzie otwartym badaniem prospektywnym z wykorzystaniem próbek świeżego szpiku kostnego i sparowanych próbek krwi obwodowej pobranych od pacjentów z AML, rozpoczynając w momencie rozpoznania i obejmujących pobieranie próbek w czasie oceny odpowiedzi (CR i NR) trwającej aż do nawrotu u osób reagujących na leczenie i dla innych kolejnych terapii, w tym terapii ratunkowej po oporności/nawrocie. Oczekuje się, że zapisanych zostanie około 100 pacjentów z AML. Od pacjentów włączonych do tego badania nie pobiera się dodatkowych próbek szpiku i krwi, ponieważ badamy ich szpik i krew tylko wtedy, gdy poddawane są takim próbkom w rutynowych potrzebach medycznych. Wyniki SCNP nie będą wykorzystywane do kierowania ani dostosowywania obecnego lub przyszłego leczenia pacjentów włączonych do tego badania i nie będą się z nimi kontaktować w sprawie wyników badania.

Świeży pełny szpik kostny (5-10 ml) i sparowana krew obwodowa (5-10 ml) będą pobierane od pacjentów z AML w uczestniczących instytucjach, gdy ci pacjenci będą potrzebować badań szpiku kostnego/krwi przed rozpoczęciem terapii, po każdej indukcji, po konsolidacji, przy nawrocie i/lub ogniotrwałych, co jest zgodne z ich standardową pielęgnacją. W przypadku braku możliwości pobrania szpiku dopuszczalne jest pobranie od pacjenta wyłącznie krwi obwodowej. Dane demograficzne pacjenta, diagnoza, opcja leczenia, wynik zostaną pozbawione cech identyfikacyjnych przez PI badania. Próbki należy pobrać do standardowego heparynizowanego pojemnika próżniowego o pojemności 10 ml z zieloną pokrywą, oznaczonego identyfikatorem próbki, godziną i datą pobrania. Próbki zostaną następnie wysłane do Nodality Inc. za pośrednictwem FedEx w zestawach wysyłkowych o temperaturze otoczenia tego samego dnia. Personel Nodality Inc. przetworzy próbkę do badań w ciągu 36 godzin od pobrania. Białaczka białaczkowa SCNP będzie prowadzona pod nadzorem naukowców z Nodality Inc. oraz w obiektach należących do Nodality Inc. Próbki będą frakcjonowane do komórek jednojądrzastych szpiku kostnego (BMMC) lub komórek jednojądrzastych krwi obwodowej (PBMC), a następnie dzielone na porcje. Wszystkie z tych frakcjonowanych porcji z wyjątkiem jednej zostaną poddane kriokonserwacji. Świeża, frakcjonowana porcja będzie inkubowana z cytokinami (np. interleukiny, Flt3L), czynniki wzrostu (np. SCF, GM-CSF i G-CSF), chemioterapeutyki (np. cytarabina, ara-C, etopozyd) i inne modulatory. Komórki zostaną następnie utrwalone, poddane permeabilizacji i wybarwione przeciwciałami, które rozpoznają markery zewnątrzkomórkowe (tj. powierzchniowe markery fenotypowe, takie jak klastry różnicowania, transportery leków i receptory) w połączeniu z wewnątrzkomórkowymi epitopami specyficznymi dla stanu aktywacji (odczyty) wyznaczonych cząsteczek sygnałowych. Następnie komórki będą przetwarzane za pomocą wieloparametrycznej cytometrii przepływowej pod kątem SCNP. Populacje blastów zostaną zdefiniowane przy użyciu kombinacji markerów powierzchniowych (CD33, CD34, CD38, CD45, CD11b) i około 30 różnych węzłów sygnalizacyjnych (sparowany modulator/odczyt, np. Flt3L → fosfo-Erk), w zależności od liczby komórek próbki (idealnie 5-6 milionów; minimum 3 miliony). Odczyty sygnalizacyjne będą oceniane w całej populacji blastów, jak również w poszczególnych subpopulacjach, zdefiniowanych przez CD33, CD34, CD38, CD45, CD11b i Side Scatter (SSC). Odczyty sygnalizacyjne będą analizowane dla każdego węzła sygnalizacyjnego (analiza jednowymiarowa) oraz kombinacji węzłów, gdy zbiór danych pozwala na analizy wielowymiarowe. W teście „pomostowym”, markery powierzchniowe komórek i odczyty sygnalizacyjne zostaną porównane między świeżymi i kriokonserwowanymi próbkami AML, w tym BMMC i PBMC, jeśli są dostępne oprócz próbek BM.