Prospektiv pilotundersøgelse af knoglemarvs- og perifere blodprøver fra AML-patienter for at karakterisere den biologiske heterogenitet af sygdommen ved hjælp af Single Cell Network Profiling (SCNP)

Den foreslåede undersøgelse vil være en åben prospektiv undersøgelse med frisk knoglemarv og parrede perifere blodprøver opnået fra patienter med AML startende på diagnosetidspunktet og inklusive prøveudtagninger på tidspunkter for responsvurdering (CR og NR), der fortsætter gennem tilbagefald for respondere og til andre efterfølgende behandlinger inklusive bjærgningsterapi efter resistens/tilbagefald. Ca. 100 AML-patienter forventes at blive indskrevet. Der tages ingen ekstra marv- og blodprøver fra patienter, der deltager i denne undersøgelse, fordi vi kun studerer deres marv og blod, når de gennemgår en sådan prøvetagning til rutinemæssige medicinske behov. SCNP-resultaterne vil ikke blive brugt til at vejlede eller justere nuværende eller fremtidige behandling for patienter, der er indskrevet i denne undersøgelse, og de vil ikke blive kontaktet vedrørende undersøgelsesresultaterne.

Frisk hel knoglemarv (5-10 ml) og parret perifert blod (5-10 ml) vil blive indsamlet fra AML-patienter på deltagende institutioner, når disse patienter har behov for marv-/blodprøver før påbegyndelse af behandlingen, efter hver induktion, efter konsolidering, ved tilbagefald og/eller refraktær, hvilket er i henhold til deres standardpleje. Når marv ikke kan opnås, er det acceptabelt kun at opsamle perifert blod fra patienten. Patientens demografiske oplysninger, diagnose, behandlingsmulighed, udfald vil blive afidentificeret af undersøgelsens PI. Prøver skal opsamles i en standard 10 ml grøn top hepariniseret vacutainer mærket med prøve afidentificeret ID, tidspunkt og dato for indsamling. Prøver vil derefter blive sendt til Nodality Inc. via FedEx i forsendelsessæt til omgivelsestemperatur samme dag. Nodality Inc. personale vil behandle prøven til undersøgelse inden for 36 timer efter indsamling. Leukæmisk blast SCNP vil blive udført under opsyn af forskerne hos Nodality Inc. og på faciliteter ejet af Nodality Inc. Prøver vil blive fraktioneret i mononukleære knoglemarvsceller (BMMC) eller mononukleære celler fra perifert blod (PBMC) og derefter opdelt i alikvoter. Alle undtagen én af disse fraktionerede aliquoter vil blive kryokonserveret. Den friske, fraktionerede aliquot vil blive inkuberet med cytokiner (f.eks. interleukiner, Flt3L), vækstfaktorer (f.eks. SCF, GM-CSF og G-CSF), kemoterapeutiske midler (f.eks. cytarabin, ara-C, etoposid) og andre modulatorer. Celler vil derefter blive fikseret, permeabiliseret og farvet med antistoffer, der genkender ekstracellulære markører (dvs. overfladefænotypiske markører såsom klynger af differentiering, lægemiddeltransportere og receptorer) i forbindelse med intracellulære aktiveringstilstandsspecifikke epitoper (udlæsninger) af udpegede signalmolekyler. Efterfølgende vil celler blive behandlet ved multiparametrisk flowcytometri for SCNP. Blastpopulationer vil blive defineret ved at bruge en kombination af overflademarkører (CD33, CD34, CD38, CD45, CD11b) og ca. 30 forskellige signalknudepunkter (parret modulator/udlæsning, f.eks. Flt3L → phospho-Erk), afhængig af prøvecelleantal (ideelt set 5-6 millioner; minimum 3 millioner). Signaludlæsninger vil blive evalueret i den samlede blastpopulation såvel som inden for individuelle subpopulationer, defineret af CD33, CD34, CD 38, CD45, CD11b og Side Scatter (SSC). Signaludlæsninger vil blive analyseret for hver signalknude (univariat analyse) samt en kombination af noder, når datasættet tillader multivariate analyser. I "bridging"-assayet vil celleoverflademarkører og signaludlæsninger blive sammenlignet mellem friske og kryokonserverede AML-prøver inklusive BMMC og PBMC, når de er tilgængelige ud over BM-prøver.