Prospektiv pilotstudie av benmärgs- och perifera blodprover från AML-patienter för att karakterisera sjukdomens biologiska heterogenitet med hjälp av Single Cell Network Profiling (SCNP)

Den föreslagna studien kommer att vara en öppen prospektiv undersökning med hjälp av färska benmärg och parade perifera blodprover som erhållits från patienter med AML med början vid tidpunkten för diagnosen och inklusive provtagningar vid tidpunkter för responsbedömning (CR och NR) som fortsätter genom återfall för responders och för andra efterföljande behandlingar inklusive räddningsterapi efter resistens/återfall. Cirka 100 AML-patienter förväntas bli inskrivna. Det tas inga extra märg- och blodprover från patienter som deltar i denna studie eftersom vi bara studerar deras märg och blod när de genomgår sådan provtagning för rutinmässiga medicinska behov. SCNP-resultaten kommer inte att användas för att vägleda eller justera nuvarande eller framtida behandling för patienter som ingår i denna studie och de kommer inte att kontaktas angående studieresultaten.

Färsk hel benmärg (5-10 ml) och parat perifert blod (5-10 ml) kommer att samlas in från AML-patienter vid deltagande institutioner när dessa patienter behöver märg-/blodprov innan behandlingen påbörjas, efter varje induktion, efter konsolidering, vid återfall och/eller refraktär, vilket är enligt deras standardvård. När märg inte kan erhållas är det acceptabelt att endast samla in perifert blod från patienten. Patientens demografiska information, diagnos, behandlingsalternativ, resultat kommer att avidentifieras av studiens PI. Prover måste samlas i en vanlig 10 ml hepariniserad vacutainer med grön topp märkt med provet avidentifierat ID, tid och datum för insamling. Prover kommer sedan att skickas till Nodality Inc. via FedEx i leveranssatser för omgivande temperatur samma dag. Nodality Inc.s personal kommer att behandla provet för undersökning inom 36 timmar från insamlingen. Leukemisk sprängning SCNP kommer att utföras under överinseende av forskarna vid Nodality Inc. och vid anläggningar som ägs av Nodality Inc. Proverna kommer att fraktioneras till mononukleära benmärgsceller (BMMC) eller mononukleära celler från perifert blod (PBMC) och sedan alikvoteras. Alla utom en av dessa fraktionerade alikvoter kommer att kryokonserveras. Den färska, fraktionerade alikvoten kommer att inkuberas med cytokiner (t.ex. interleukiner, Flt3L), tillväxtfaktorer (t.ex. SCF, GM-CSF och G-CSF), kemoterapeutiska medel (t.ex. cytarabin, ara-C, etoposid) och andra modulatorer. Celler kommer sedan att fixeras, permeabiliseras och färgas med antikroppar som känner igen extracellulära markörer (dvs. ytfenotypiska markörer såsom differentieringskluster, läkemedelstransportörer och receptorer) i samband med intracellulära aktiveringstillståndsspecifika epitoper (avläsningar) av utpekade signalmolekyler. Därefter kommer celler att bearbetas med multiparametrisk flödescytometri för SCNP. Blastpopulationer kommer att definieras genom att använda en kombination av ytmarkörer (CD33, CD34, CD38, CD45, CD11b) och cirka 30 olika signalnoder (parad modulator/avläsning, t.ex. Flt3L → fosfo-Erk), beroende på antal provceller (helst 5-6 miljoner; minst 3 miljoner). Signalavläsningar kommer att utvärderas i den totala blastpopulationen, såväl som inom individuella subpopulationer, definierade av CD33, CD34, CD 38, CD45, CD11b och Side Scatter (SSC). Signalavläsningar kommer att analyseras för varje signalnod (univariat analys) såväl som en kombination av noder när datamängden tillåter multivariata analyser. I "bridging"-analysen kommer cellytemarkörer och signalavläsningar att jämföras mellan färska och kryokonserverade AML-prover inklusive BMMC och PBMC när de är tillgängliga förutom BM-prover.