Prospektiv pilotstudie av benmargs- og perifere blodprøver fra AML-pasienter for å karakterisere den biologiske heterogeniteten til sykdommen ved bruk av enkeltcellenettverksprofilering (SCNP)

Den foreslåtte studien vil være en åpen prospektiv undersøkelse ved bruk av friske benmarg og parede perifere blodprøver fra pasienter med AML som starter på diagnosetidspunktet og inkluderer prøvetakinger på tidspunkter for responsvurdering (CR og NR) som fortsetter gjennom tilbakefall for respondere og for andre etterfølgende behandlinger inkludert bergingsterapi etter resistens/tilbakefall. Omtrent 100 AML-pasienter forventes å bli registrert. Det er ingen ekstra marg- og blodprøvetaking fra pasienter som melder seg på denne studien fordi vi kun studerer marg og blod når de gjennomgår en slik prøvetaking for rutinemessige medisinske behov. SCNP-resultatene vil ikke bli brukt til å veilede eller justere nåværende eller fremtidig behandling for pasienter som er registrert i denne studien, og de vil ikke bli kontaktet angående studieresultatene.

Fersk hel benmarg (5-10 ml) og paret perifert blod (5-10 ml) vil bli samlet inn fra AML-pasienter ved deltakende institusjoner når disse pasientene trenger marg-/blodprøver før oppstart av behandlingen, etter hver induksjon, etter konsolidering, ved tilbakefall og/eller ildfast, som er i henhold til deres standardbehandling. Når marg ikke kan oppnås, er det akseptabelt å samle bare perifert blod fra pasienten. Pasientens demografiske informasjon, diagnose, behandlingsalternativ, utfall vil bli avidentifisert av studiens PI. Prøver må samles i en standard 10 ml grønn topp heparinisert vacutainer merket med prøven avidentifisert ID, tid og dato for innsamling. Prøver vil deretter bli sendt til Nodality Inc. via FedEx i leveringssett for omgivelsestemperatur samme dag. Nodality Inc.-personell vil behandle prøven for undersøkelse innen 36 timer etter innsamling. Leukemic blast SCNP vil bli utført under tilsyn av forskerne ved Nodality Inc. og ved anlegg eid av Nodality Inc. Prøver vil bli fraksjonert i mononukleære benmargsceller (BMMC) eller mononukleære celler fra perifert blod (PBMC) og deretter alikvotert. Alle unntatt én av disse fraksjonerte alikvotene vil bli kryokonservert. Den ferske, fraksjonerte aliquoten vil bli inkubert med cytokiner (f.eks. interleukiner, Flt3L), vekstfaktorer (f.eks. SCF, GM-CSF og G-CSF), kjemoterapeutiske midler (f.eks. cytarabin, ara-C, etoposid) og andre modulatorer. Celler vil deretter bli fiksert, permeabilisert og farget med antistoffer som gjenkjenner ekstracellulære markører (dvs. overflatefenotypiske markører som klynger av differensiering, medikamenttransportører og reseptorer) i forbindelse med intracellulære aktiveringstilstandspesifikke epitoper (avlesninger) av utpekte signalmolekyler. Deretter vil cellene bli behandlet ved multiparametrisk flowcytometri for SCNP. Blastpopulasjoner vil bli definert ved å bruke kombinasjon av overflatemarkører (CD33, CD34, CD38, CD45, CD11b) og ca. 30 forskjellige signalknuter (paret modulator/avlesning, f.eks. Flt3L → fosfo-Erk), avhengig av prøvecelleantall (ideelt sett 5-6 millioner; minimum 3 millioner). Signalavlesninger vil bli evaluert i den totale blastpopulasjonen, så vel som innenfor individuelle underpopulasjoner, definert av CD33, CD34, CD 38, CD45, CD11b og Side Scatter (SSC). Signalavlesninger vil bli analysert for hver signalnode (univariat analyse) samt en kombinasjon av noder når datasettet tillater multivariate analyser. I "bridging"-analysen vil celleoverflatemarkører og signalavlesninger sammenlignes mellom ferske og kryokonserverte AML-prøver inkludert BMMC og PBMC når de er tilgjengelige i tillegg til BM-prøver.