急性疾患新生児のゲノム配列決定 (NSIGHT)

これは、急性疾患の新生児および遺伝性疾患の可能性がある乳児を対象に、拡張された新生児スクリーニングを含む標準治療と比較して、迅速 NGS (StatSeq) の有効性 (臨床的効果と費用効果の両方) を比較検討する無作為化盲検前向き研究です。 未診断の病気を患っている急性疾患の新生児と乳児、およびその家族は、研究に参加する資格があります。 治験責任医師は、1 つの試験施設で約 1,000 人の新生児と乳児を登録します。 研究集団は、チルドレンズ マーシー病院の入院患者集団、主に集中治療室 (ICN、NICU とも呼ばれる) から募集され、小児集中治療室 (PICU) などの他の病院サービスを提供する少数の集団があります。 影響を受けるすべての研究参加者は、拡張された新生児スクリーニング（NBS）を受け取ります。 新生児スクリーニングは、すべての米国の出生児に対して実施することが連邦政府によって義務付けられている、かかとに刺した血液スポットの生化学的検査です。 MO では 67 の疾患が NBS によって検査されており、そのほとんどは遺伝性疾患です。 ここで提案する拡張 NBS は、Perkin Elmer の臨床的に利用可能な StepOne Newborn Screen® であり、登録された両腕のすべての乳児に対する標準の State of MO スクリーニングに加えて実施されます。 影響を受ける研究参加者の半分は、急性疾患および拡大したNBSの標準検査に加えて、StatSeqを受けるために無作為化されます。 さらに、すべての意欲的な臨床提供者が登録され、臨床結果に対する彼らの認識が測定されます。

すべての被験者は、研究への登録時に核酸（DNAおよびRNA）分離および拡張NBSのために採血されます。 すべての血液サンプル量は、小児患者の最大血液量に関する CMH ポリシーに従います。 このポリシーで許可されている容量が 5ml を超える場合、登録時に収集される最大量は 5ml になります。 サンプルが他の研究から保持されている場合、口腔塗抹標本、かかとを刺した血液スポット、追加の血液、尿、および組織サンプルが収集され、承認された IRB プロトコル (IRB 研究番号) に従って小児ゲノム医療センター (CPGM) に保存されます11120514)。 後者のサンプルには、侵襲的なサンプリングは含まれません。 核酸は、CPGM (小児ゲノム医療センター) で標準プロトコルを使用して NGS 用に分離および準備されます。 新生児の急性病状の診断を支援するために、家族のサンプル（例えば、母親、父親、影響を受けたまたは影響を受けていない兄弟）も取得され、示されているように、ゲノムセンターバイオレポジトリプロトコルに従って核酸の配列も決定されます。 すべてのシーケンス データは、Genome Center Biorepository (IRB Study #11120514) に保存されます。

NGS に続く DNA バリアントの分析には、最低 2 人のセンター データ アナリストの専門家が責任を負います。 その後、アナリストの 1 人が報告書を作成し、分子病理学研究所所長または副所長に提出します。 診断に役立つ可能性のある肯定的な研究結果が得られた場合、分子病理学研究所の所長または所長補佐が確認の臨床診断検査を実施し、確認された場合は、標準的な臨床診断レポートが患者の医療記録に掲載されます。 重大な（実用的な）肯定的な研究結果の場合、結果は確認試験の直前に口頭で一次臨床チームに伝えられます。 口頭による暫定報告書が発行されたことを示す一般的な研究メモが患者の医療記録に記載されます (付録 A)。 確認検査前の結果の口頭による暫定的な報告は、確認に必要な報告の遅れが患者に重大な害を及ぼす可能性が高い場合にのみ実行されます。 確認検査は、口頭で報告された場合を含め、すべての場合に迅速に実施されます。 診断の複雑さまたはその診断に対する潜在的な治療法が詳細な議論を正当化する場合は、症例会議形式を使用して結果を返すことができます。 病原性の可能性のあるバリアントが特定されない場合は、口頭での報告が記録されている臨床ケア医に提供され、原因となる所見がなかったことを伝え、非診断研究グレードの NGS が実行されます (付録 B)。 この場合、検査されたすべての遺伝子の陰性結果を確認する臨床グレードの検査がないため、結果の陰性診断書は患者のカルテに掲載されません。 患者の家族とのフォローアップは、臨床ケアチームが指導します。 すべての研究参加者とその臨床医は、無作為化後 10 日目までに無作為化割り当てについて通知されます。 この情報は、家族の不安を和らげるのに役立ちます。また、患者が臨床的に悪化している場合、および臨床ケア チームの要求に応じて、迅速な NGS アームへの患者のクロスオーバーのメカニズムも提供します。 まれに、これらの参加者と臨床医は、迅速な NGS グループに無作為に割り付けられ、診断が 10 日以内に行われた場合、より早く通知されます。 行われた分子診断と診断までの時間の両方が主要な結果として記録されます。

Perkin Elmer StepOne 拡張 NBS からのすべての肯定的な結果 (登録されたすべての乳児が受け取り、研究変数ではありません) は、ゲノム センターの担当者に返されます。 これらの結果に基づいて、各乳児の標準的な州 NBS スクリーニングでこの状態が特定されなかった場合は、Perkin Elmer による確認検査が実施されます。 これらの暫定的な結果は、主治医チームに口頭で伝えられ、必要に応じて確認のために追加のサンプルが要求されます。 確認後、結果は患者のカルテに入力されます。

研究参加者が登録されるたびに、主要な臨床プロバイダーは、StatSeq テストの前と結果の返却後にアンケートに記入するよう求められます。 また、患者の医療記録を確認し、臨床検査、放射線検査の結果、投薬、その他の治療などの臨床変数を収集して、迅速な NGS が臨床ケアに与える影響をさらに分析します。 登録後最大5年間、毎年家族をフォローアップし、この研究に関連する臨床結果を記録する予定です。

この研究は、CMH Genomic Medicine Repository (IRB 11120514) と新生児のゲノム (#13120442) の 2 つの研究プロトコルと統合されます。 両方の研究からデータ記録が要求されます。 参加者は、Genome Center Biorepository への登録に同意する必要があります。 新生児研究におけるゲノムはオプションです。