Sequenziamento genomico nei neonati gravemente malati (NSIGHT)

Si tratta di uno studio prospettico randomizzato, in cieco, che esamina l'efficacia comparativa - sia clinica che economica - dell'NGS rapido (StatSeq), rispetto allo standard di cura, incluso uno schermo neonatale ampliato, nei neonati con malattie acute e nei bambini con potenziali malattie genetiche. I neonati e i bambini con malattie acute che hanno una malattia non diagnosticata e le loro famiglie potranno partecipare allo studio. Gli investigatori arruoleranno circa 1.000 neonati e bambini in un singolo sito di studio. La popolazione dello studio sarà reclutata dalla popolazione ospedaliera del Children's Mercy Hospital, principalmente l'asilo nido di terapia intensiva (ICN, noto anche come NICU), con una sottopopolazione più piccola che si presenta ad altri servizi ospedalieri, come l'unità di terapia intensiva pediatrica (PICU). Tutti i partecipanti allo studio interessati riceveranno uno schermo neonatale espanso (NBS). Lo screening neonatale è un test biochimico di una macchia di sangue da puntura del tallone che è obbligatorio a livello federale per essere eseguito su tutti i nati vivi negli Stati Uniti. 67 malattie sono testate da NBS in MO, la maggior parte delle quali sono malattie genetiche. L'NBS ampliato proposto nel presente documento è lo StepOne Newborn Screen® clinicamente disponibile di Perkin Elmer e verrà eseguito in aggiunta allo screening standard dello stato di MO su tutti i neonati arruolati in entrambi i bracci. La metà dei partecipanti allo studio interessati sarà randomizzata per ricevere StatSeq oltre ai test standard per la loro malattia acuta e NBS ampliato. Inoltre, verranno arruolati tutti i fornitori clinici disponibili e verranno misurate le loro percezioni sugli esiti clinici.

A tutti i soggetti verrà prelevato il sangue per l'isolamento dell'acido nucleico (DNA e RNA) e l'NBS espanso al momento dell'arruolamento nello studio. Tutti i volumi di campioni di sangue aderiranno alla politica CMH sul sangue massimo nei pazienti pediatrici. Se il volume consentito in questa politica supera i 5 ml, 5 ml sarà il massimo raccolto al momento dell'iscrizione. Strisci buccali, macchie di sangue prelevate dal tallone, ulteriori campioni di sangue, urina e tessuto possono essere raccolti, se disponibili come campioni conservati da altri studi, e conservati nel Center for Pediatric Genomic Medicine (CPGM) secondo il protocollo IRB approvato (studio IRB n. 11120514). Questi ultimi campioni non comporteranno il campionamento invasivo. Gli acidi nucleici saranno isolati e preparati per NGS con protocolli standard presso il CPGM (Center for Pediatric Genomic Medicine). Verranno inoltre ottenuti campioni familiari (ad esempio, madre, padre, fratelli affetti o non affetti) e gli acidi nucleici saranno anche sequenziati secondo il protocollo del Genome Center Biorepository, come indicato, per assistere nella diagnosi della condizione medica acuta nel neonato. Tutti i dati di sequenziamento verranno archiviati nel Genome Center Biorepository (studio IRB n. 11120514).

Un minimo di due analisti di dati del Centro esperti sarà responsabile dell'analisi delle varianti del DNA a seguito di NGS. Uno degli analisti compilerà quindi un rapporto da presentare al direttore del laboratorio di patologia molecolare o al vicedirettore. In caso di risultati positivi dello studio che possono essere diagnostici, il direttore del laboratorio di patologia molecolare o il vicedirettore eseguiranno test diagnostici clinici di conferma e, se confermati, un referto diagnostico clinico standard verrà inserito nella cartella clinica del paziente. Nel caso di risultati dello studio positivi (perseguibili) in modo acuto, i risultati saranno trasmessi verbalmente al team clinico primario direttamente prima del test di conferma. Una nota di ricerca generica sarà inserita nella cartella clinica del paziente che indica che è stato emesso un rapporto verbale provvisorio (Appendice A). La segnalazione verbale e provvisoria dei risultati prima del test di conferma verrà eseguita solo nei casi in cui il ritardo nella segnalazione necessario per la conferma potrebbe comportare un danno significativo per il paziente. I test di conferma saranno eseguiti tempestivamente in tutti i casi, compresi quelli in cui è stato dato un rapporto verbale. Un formato di conferenza del caso può essere utilizzato per la restituzione dei risultati se la complessità della diagnosi o il potenziale trattamento per quella diagnosi giustifica una discussione dettagliata. Se non vengono identificate varianti potenzialmente patogene, verrà fornito un rapporto verbale al medico curante registrato per comunicare che non ci sono stati risultati causali e una nota di ricerca generica verrà inserita nella cartella clinica che affermi che NGS di grado di ricerca non diagnostico era eseguita (Appendice B). In questo caso, non verrà inserito nella cartella clinica del paziente alcun rapporto scritto diagnostico negativo dei risultati, in quanto non sono disponibili test di grado clinico per confermare i risultati negativi per tutti i geni testati. Il follow-up con la famiglia del paziente sarà guidato dal team di assistenza clinica. Tutti i partecipanti allo studio e i loro medici saranno informati dell'assegnazione della randomizzazione al/entro il giorno 10 dopo la randomizzazione. Queste informazioni contribuiranno ad alleviare l'ansia da parte della famiglia e forniranno anche un meccanismo per il passaggio del paziente al braccio NGS rapido se il paziente sta peggiorando clinicamente e su richiesta del team di assistenza clinica. Raramente, quei partecipanti e medici verranno informati prima se sono stati randomizzati al gruppo NGS rapido e una diagnosi viene fatta in meno di 10 giorni. Entrambe le diagnosi molecolari fatte e il tempo alla diagnosi saranno registrati come risultati primari.

Tutti i risultati positivi dell'NBS ampliato Perkin Elmer StepOne (ricevuti da tutti i neonati arruolati e NON una variabile di studio) verranno restituiti al personale del Genome Center. Sulla base di questi risultati, verranno eseguiti test di conferma tramite Perkin Elmer se questa condizione non è stata identificata sullo schermo NBS di stato standard per ciascun neonato. Questi risultati provvisori saranno comunicati verbalmente con il team medico primario e ulteriori campioni richiesti, se necessario, per la conferma. Alla conferma, i risultati saranno inseriti nella cartella clinica del paziente.

Ogni volta che viene arruolato un partecipante allo studio, ai fornitori clinici primari verrà chiesto di compilare un sondaggio prima del test StatSeq e dopo la restituzione dei risultati. Esamineremo anche la cartella clinica del paziente e raccoglieremo variabili cliniche tra cui test di laboratorio, risultati radiologici, farmaci e altri trattamenti ricevuti per analizzare ulteriormente l'effetto che l'NGS rapido ha sull'assistenza clinica. Abbiamo in programma di seguire le famiglie ogni anno fino a 5 anni dopo l'arruolamento e registrare i risultati clinici relativi a questo studio.

Questo studio sarà integrato con altri due protocolli di studio, uno è il CMH Genomic Medicine Repository (IRB 11120514) e l'altro Genomes in newborns (#13120442) che studia le implicazioni etiche e legali del rapido NGS in questa popolazione. I record di dati saranno richiesti da entrambi gli studi. I partecipanti devono accettare di iscriversi al Genome Center Biorepository. Lo studio sui genomi nei neonati sarà facoltativo.