Sequenciamento genômico em recém-nascidos com doenças agudas (NSIGHT)

Este é um estudo prospectivo randomizado, cego, que examina a eficácia comparativa - tanto clínica quanto custo-efetividade - da NGS rápida (StatSeq), em comparação com o padrão de atendimento, incluindo uma triagem neonatal expandida, em recém-nascidos e lactentes com doenças genéticas em potencial. Recém-nascidos e bebês gravemente doentes que tenham uma doença não diagnosticada e suas famílias serão elegíveis para participar do estudo. Os investigadores irão inscrever aproximadamente 1.000 recém-nascidos e bebês em um único local de estudo. A população do estudo será recrutada na população internada do Children's Mercy Hospital, principalmente no berçário de terapia intensiva (ICN, também conhecido como NICU), com uma subpopulação menor apresentando-se em outros serviços hospitalares, como a unidade de terapia intensiva pediátrica (PICU). Todos os participantes do estudo afetados receberão uma triagem neonatal expandida (NBS). A triagem de recém-nascidos é um teste bioquímico de uma gota de sangue no calcanhar que é obrigatória pelo governo federal para ser realizada em todos os nascidos vivos nos Estados Unidos. 67 doenças são testadas pelo NBS em MO, a maioria das quais são doenças genéticas. O NBS expandido proposto aqui é o StepOne Newborn Screen® clinicamente disponível da Perkin Elmer e será realizado além da triagem padrão do estado de MO em todos os bebês inscritos em ambos os braços. Metade dos participantes do estudo afetados serão randomizados para receber StatSeq, além de testes padrão para sua doença aguda e NBS expandido. Além disso, todos os provedores clínicos serão inscritos e suas percepções sobre os resultados clínicos serão medidas.

Todos os indivíduos terão sangue coletado para isolamento de ácido nucleico (DNA e RNA) e o NBS expandido no momento da inscrição no estudo. Todos os volumes de amostra de sangue irão aderir à política da CMH sobre sangue máximo em pacientes pediátricos. Caso o volume permitido nesta política exceda 5ml, 5ml será o máximo coletado no ato da inscrição. Esfregaços bucais, manchas de sangue no calcanhar, amostras adicionais de sangue, urina e tecido podem ser coletadas, se disponíveis como amostras retidas de outros estudos, e armazenadas no Centro de Medicina Genômica Pediátrica (CPGM) de acordo com o protocolo IRB aprovado (Estudo IRB nº 11120514). As últimas amostras não envolverão amostragem invasiva. Os ácidos nucleicos serão isolados e preparados para NGS com protocolos padrão no CPGM (Centro de Medicina Genômica Pediátrica). Amostras familiares (por exemplo, mãe, pai, irmãos afetados ou não afetados) também serão obtidas e os ácidos nucleicos também serão sequenciados de acordo com o protocolo do Genome Center Biorepository, conforme indicado, para auxiliar no diagnóstico da condição médica aguda do recém-nascido. Todos os dados de sequenciamento serão armazenados no Genoma Center Biorepository (IRB Study #11120514).

Um mínimo de dois analistas de dados do centro especializado será responsável pela análise das variantes de DNA após o NGS. Um dos analistas irá, então, compilar um relatório a ser apresentado ao Diretor do Laboratório de Patologia Molecular ou Diretor Adjunto. No caso de resultados positivos do estudo que possam ser diagnósticos, o Diretor do Laboratório de Patologia Molecular ou o Diretor Assistente realizarão testes de diagnóstico clínico confirmatórios e, se confirmados, um relatório de diagnóstico clínico padrão será colocado no prontuário médico do paciente. No caso de achados de estudo positivos de material agudo (acionáveis), os resultados serão comunicados verbalmente à equipe clínica primária diretamente antes do teste de confirmação. Uma nota de pesquisa genérica será colocada no prontuário médico do paciente indicando que um relatório verbal provisório foi emitido (Apêndice A). O relatório verbal e provisório dos resultados antes do teste de confirmação só será realizado nos casos em que o atraso no relatório necessário para a confirmação possa resultar em danos significativos ao paciente. Testes confirmatórios serão realizados imediatamente em todos os casos, incluindo aqueles em que um relatório verbal foi dado. Um formato de conferência de caso pode ser utilizado para retorno dos resultados se a complexidade do diagnóstico ou tratamento potencial para esse diagnóstico justificar uma discussão detalhada. Se nenhuma variante potencialmente patogênica for identificada, um relatório verbal será fornecido ao médico clínico registrado para comunicar que não houve descobertas causais, e uma nota de pesquisa genérica será colocada no registro médico afirmando que NGS de grau de pesquisa não diagnóstica foi executado (Apêndice B). Nenhum relatório escrito de diagnóstico negativo de resultados será colocado no prontuário do paciente neste caso, pois não há teste de grau clínico disponível para confirmar resultados negativos para todos os genes testados. O acompanhamento com a família do paciente será orientado pela equipe de atendimento clínico. Todos os participantes do estudo e seus médicos serão notificados sobre a atribuição de randomização no dia 10 após a randomização. Essas informações ajudarão a aliviar a ansiedade por parte da família e também fornecerão um mecanismo para a transição do paciente para o braço NGS rápido se o paciente estiver se deteriorando clinicamente e a pedido da equipe de atendimento clínico. Raramente, esses participantes e médicos serão notificados mais cedo se forem randomizados para o grupo NGS rápido e um diagnóstico for feito em menos de 10 dias. Ambos os diagnósticos moleculares feitos e o tempo para o diagnóstico serão registrados como resultados primários.

Todos os resultados positivos do NBS expandido Perkin Elmer StepOne (recebidos por todos os bebês inscritos e NÃO uma variável do estudo) serão devolvidos ao pessoal do Centro de Genoma. Com base nesses resultados, testes confirmatórios por meio de Perkin Elmer serão realizados se essa condição não tiver sido identificada na triagem padrão de NBS do estado para cada bebê. Esses resultados provisórios serão comunicados verbalmente à equipe clínica principal e amostras adicionais serão solicitadas, se necessário, para confirmação. Após a confirmação, os resultados serão inseridos no prontuário do paciente.

Cada vez que um participante do estudo é inscrito, os provedores clínicos primários serão solicitados a preencher uma pesquisa antes do teste StatSeq e após o retorno dos resultados. Também revisaremos o registro médico do paciente e coletaremos variáveis ​​clínicas, incluindo testes laboratoriais, resultados de radiologia, medicamentos e outros tratamentos recebidos para analisar melhor o efeito do NGS rápido nos cuidados clínicos. Planejamos acompanhar as famílias anualmente até 5 anos após a inscrição e registrar os resultados clínicos relacionados a este estudo.

Este estudo será integrado a dois outros protocolos de estudo, sendo um o Repositório de Medicina Genômica CMH (IRB 11120514) e o outro Genomas em recém-nascidos (#13120442) que estuda as implicações éticas e legais da NGS rápida nessa população. Serão solicitados registros de dados de ambos os estudos. Os participantes devem concordar em se inscrever no Biorepositório do Centro de Genoma. O estudo dos Genomas em recém-nascidos será opcional.