Sekwencjonowanie genomu u ciężko chorych noworodków (NSIGHT)

Jest to randomizowane, zaślepione, prospektywne badanie oceniające porównawczą skuteczność – zarówno kliniczną, jak i ekonomiczną – szybkiego NGS (StatSeq) w porównaniu ze standardową opieką, w tym rozszerzonym badaniem przesiewowym noworodków, u ciężko chorych noworodków i niemowląt z potencjalnymi chorobami genetycznymi. W badaniu będą mogły wziąć udział ciężko chore noworodki i niemowlęta z niezdiagnozowaną chorobą oraz ich rodziny. Badacze zarejestrują około 1000 noworodków i niemowląt w jednym ośrodku badawczym. Badana populacja będzie rekrutowana z populacji szpitalnej Szpitala Dziecięcego Miłosierdzia, głównie z żłobka intensywnej terapii (ICN, znanego również jako NICU), z mniejszą subpopulacją zgłaszającą się do innych usług szpitalnych, takich jak oddział intensywnej terapii pediatrycznej (PICU). Wszyscy uczestnicy badania, których to dotyczy, otrzymają rozszerzony ekran noworodka (NBS). Badanie przesiewowe noworodków to biochemiczne badanie plamki krwi z nakłucia pięty, które jest federalnie upoważnione do przeprowadzania wszystkich żywych urodzeń w USA. NBS w MO bada 67 chorób, z których większość to choroby genetyczne. Rozszerzony NBS proponowany w niniejszym dokumencie to dostępny klinicznie StepOne Newborn Screen® firmy Perkin Elmer, który zostanie przeprowadzony jako uzupełnienie standardowego badania przesiewowego stanu MO u wszystkich włączonych niemowląt w obu ramionach. Połowa uczestników badania, których to dotyczy, zostanie losowo przydzielona do grupy StatSeq oprócz standardowych testów na ich ostrą chorobę i rozszerzonego NBS. Ponadto wszyscy chętni świadczeniodawcy kliniczni zostaną zapisani, a ich postrzeganie wyników klinicznych zostanie zmierzone.

W momencie włączenia do badania wszystkim pacjentom zostanie pobrana krew do izolacji kwasu nukleinowego (DNA i RNA) oraz rozszerzonej NBS. Wszystkie objętości próbek krwi będą zgodne z polityką CMH dotyczącą maksymalnej ilości krwi u pacjentów pediatrycznych. Jeśli objętość dozwolona w tej polityce przekroczy 5 ml, maksymalna ilość zebrana podczas rejestracji to 5 ml. Wymazy z policzków, plamki krwi z pięt, dodatkowe próbki krwi, moczu i tkanek mogą być pobierane, jeśli są dostępne jako próbki zachowane z innych badań, i przechowywane w Centrum Pediatrycznej Medycyny Genomicznej (CPGM) zgodnie z zatwierdzonym protokołem IRB (badanie IRB nr 11120514). Te ostatnie próbki nie będą obejmować inwazyjnego pobierania próbek. Kwasy nukleinowe zostaną wyizolowane i przygotowane do NGS zgodnie ze standardowymi protokołami w CPGM (Center for Pediatric Genomic Medicine). Pobrane zostaną również próbki rodzinne (na przykład od matki, ojca, dotkniętego lub nie dotkniętego chorobą rodzeństwa), a kwasy nukleinowe zostaną również zsekwencjonowane zgodnie z protokołem Genome Center Biorepository, jak wskazano, aby pomóc w diagnozie ostrego stanu medycznego u noworodka. Wszystkie dane sekwencjonowania będą przechowywane w biorepozytorium Centrum Genomu (badanie IRB nr 11120514).

Co najmniej dwóch analityków danych Centrum ekspertów będzie odpowiedzialnych za analizę wariantów DNA po NGS. Następnie jeden z analityków sporządzi raport, który zostanie przedstawiony dyrektorowi lub zastępcy dyrektora Laboratorium Patologii Molekularnej. W przypadku pozytywnych wyników badań, które mogą mieć charakter diagnostyczny, Dyrektor Laboratorium Patologii Molekularnej lub Zastępca Dyrektora przeprowadzą potwierdzające kliniczne badania diagnostyczne, aw przypadku potwierdzenia, w dokumentacji medycznej pacjenta zostanie umieszczony standardowy kliniczny raport diagnostyczny. W przypadku bardzo istotnych (możliwych do podjęcia działań) pozytywnych wyników badań wyniki zostaną przekazane ustnie głównemu zespołowi klinicznemu bezpośrednio przed testami potwierdzającymi. W dokumentacji medycznej pacjenta zostanie umieszczona ogólna notatka badawcza wskazująca, że ​​wydano ustny, tymczasowy raport (Załącznik A). Ustne, tymczasowe zgłaszanie wyników przed badaniem potwierdzającym będzie przeprowadzane tylko w przypadkach, w których opóźnienie w zgłoszeniu konieczne do potwierdzenia mogło spowodować znaczną szkodę dla pacjenta. Testy potwierdzające zostaną przeprowadzone niezwłocznie we wszystkich przypadkach, w tym także w przypadkach, w których złożono raport ustny. Format konferencji przypadku może być wykorzystany do przedstawienia wyników, jeśli złożoność diagnozy lub potencjalnego leczenia tej diagnozy uzasadnia szczegółowe omówienie. Jeśli nie zostaną zidentyfikowane żadne warianty potencjalnie patogenne, lekarzowi opieki klinicznej zostanie przedstawiony ustny raport w celu poinformowania, że ​​nie stwierdzono przyczyn sprawczych, a ogólna notatka badawcza zostanie umieszczona w dokumentacji medycznej stwierdzającej, że niediagnostyczny stopień naukowy NGS został wykonane (dodatek B). W tym przypadku żaden negatywny pisemny raport diagnostyczny z wynikami nie zostanie umieszczony w karcie pacjenta, ponieważ nie ma dostępnych testów stopnia klinicznego potwierdzających negatywne wyniki dla wszystkich testowanych genów. Kontakt z rodziną pacjenta będzie prowadzony przez zespół opieki klinicznej. Wszyscy uczestnicy badania i ich klinicyści zostaną powiadomieni o przydzieleniu do randomizacji do 10 dnia po randomizacji. Informacje te pomogą złagodzić niepokój rodziny, a także zapewnią mechanizm przejścia pacjenta do ramienia szybkiego NGS, jeśli stan kliniczny pacjenta się pogorszy, i na prośbę zespołu opieki klinicznej. Rzadko ci uczestnicy i klinicyści zostaną powiadomieni wcześniej, jeśli zostali losowo przydzieleni do grupy szybkiego NGS, a diagnoza została postawiona w mniej niż 10 dni. Zarówno wykonane diagnozy molekularne, jak i czas do postawienia diagnozy zostaną zapisane jako główne wyniki.

Wszystkie pozytywne wyniki testu Perkin Elmer StepOne rozszerzonego NBS (otrzymane przez wszystkie włączone niemowlęta i NIE będące zmienną badaną) zostaną zwrócone personelowi Centrum Genomu. Na podstawie tych wyników zostaną przeprowadzone testy potwierdzające za pośrednictwem Perkin Elmer, jeśli ten stan nie zostanie zidentyfikowany na standardowym badaniu przesiewowym State NBS dla każdego niemowlęcia. Te wstępne wyniki zostaną ustnie przekazane głównemu zespołowi klinicznemu, aw razie potrzeby zostaną poproszone o dodatkowe próbki do potwierdzenia. Po potwierdzeniu wyniki zostaną wpisane do dokumentacji medycznej pacjenta.

Za każdym razem, gdy uczestnik badania jest rejestrowany, główni dostawcy kliniczni zostaną poproszeni o wypełnienie ankiety przed badaniem StatSeq i po otrzymaniu wyników. Przeanalizujemy również dokumentację medyczną pacjenta i zbierzemy zmienne kliniczne, w tym badania laboratoryjne, wyniki radiologii, leki i inne otrzymane zabiegi, aby dalej analizować wpływ szybkiego NGS na opiekę kliniczną. Planujemy corocznie kontaktować się z rodzinami do 5 lat po włączeniu do badania i rejestrować wyniki kliniczne związane z tym badaniem.

To badanie zostanie zintegrowane z dwoma innymi protokołami badawczymi, jednym z nich będzie Repozytorium Medycyny Genomicznej CMH (IRB 11120514), a drugim Genomy u noworodków (nr 13120442), który bada etyczne i prawne implikacje szybkiego NGS w tej populacji. Z obu badań wymagane będą zapisy danych. Uczestnicy muszą wyrazić zgodę na zapis do Biorepozytorium Centrum Genomu. Badanie genomów noworodków będzie opcjonalne.