Genominen sekvensointi akuutisti sairailla vastasyntyneillä (NSIGHT)

Tämä on satunnaistettu, sokkoutettu, prospektiivinen tutkimus, jossa tarkastellaan nopean NGS:n (StatSeq) vertailevaa tehokkuutta - sekä kliinistä että kustannustehokkuutta - verrattuna standardihoitoon, mukaan lukien laajennettu vastasyntyneiden seulonta, akuutisti sairailla vastasyntyneillä ja imeväisillä, joilla on mahdollisia geneettisiä sairauksia. Tutkimukseen voivat osallistua akuutisti sairaat vastasyntyneet ja imeväiset, joilla on diagnosoimaton sairaus, sekä heidän perheensä. Tutkijat rekisteröivät noin 1 000 vastasyntynyttä ja vauvaa yhteen tutkimuspaikkaan. Tutkimuspopulaatio rekrytoidaan Children's Mercy Hospital -sairaalasta, ensisijaisesti tehohoidon päiväkodista (ICN, joka tunnetaan myös nimellä NICU), pienemmällä osajoukolla esitellään muita sairaalapalveluita, kuten lasten tehohoitoyksikköä (PICU). Kaikki tutkimukseen osallistujat saavat laajennetun vastasyntyneen näytön (NBS). Vastasyntyneiden seulonta on biokemiallinen testaus kantapään pistoveren pisteestä, joka on liittovaltion velvoitettu tehtäväksi kaikille Yhdysvalloissa elävänä syntyneille. MO:ssa NBS testaa 67 sairautta, joista suurin osa on geneettisiä sairauksia. Tässä ehdotettu laajennettu NBS on kliinisesti saatavilla oleva Perkin Elmerin StepOne Newborn Screen®, ja se suoritetaan normaalin MO-seulonnan lisäksi kaikille rekisteröidyille vauvoille molemmissa käsissä. Puolet sairastuneista tutkimukseen osallistuneista satunnaistetaan saamaan StatSeqia akuutin sairauden ja laajennetun NBS-testin lisäksi. Lisäksi kaikki halukkaat kliiniset palveluntarjoajat otetaan mukaan ja heidän käsityksiään kliinisistä tuloksista mitataan.

Kaikilta koehenkilöiltä otetaan verinäyte nukleiinihapon (DNA ja RNA) eristämistä ja laajennettua NBS:ää varten tutkimukseen ilmoittautumisen yhteydessä. Kaikki verinäytemäärät noudattavat lapsipotilaiden enimmäisveren määrää koskevaa CMH-käytäntöä. Jos tässä käytännössä sallittu tilavuus ylittää 5 ml, ilmoittautumisen yhteydessä kerättävä enimmäismäärä on 5 ml. Bukkaalista sivelyä, kantapään veripisteitä, lisää veri-, virtsa- ja kudosnäytteitä voidaan kerätä, mikäli niitä on säilytettynä muista tutkimuksista, ja varastoida lasten genomitutkimuksen keskukseen (CPGM) heidän hyväksytyn IRB-protokollansa mukaisesti (IRB-tutkimus #). 11120514). Jälkimmäiset näytteet eivät sisällä invasiivista näytteenottoa. Nukleiinihapot eristetään ja valmistetaan NGS:ää varten standardiprotokollien mukaisesti CPGM:ssä (Center for Pediatric Genomic Medicine). Myös perhenäytteet (esimerkiksi äiti, isä, sairaat tai sairaat sisarukset) otetaan ja nukleiinihapot sekvensoidaan myös Genome Centerin biovarastoprotokollan mukaisesti, kuten on osoitettu, auttamaan vastasyntyneen akuutin sairauden diagnosoinnissa. Kaikki sekvensointitiedot tallennetaan Genome Centerin biovarastoon (IRB Study #11120514).

Vähintään kaksi asiantuntijakeskuksen data-analyytikkoa vastaa DNA-muunnelmien analysoinnista NGS:n jälkeen. Yksi analyytikoista laatii sitten raportin esitettäväksi molekyylipatologian laboratorion johtajalle tai apulaisjohtajalle. Positiivisissa tutkimuslöydöksissä, jotka voivat olla diagnostisia, molekyylipatologian laboratorion johtaja tai apulaisjohtaja suorittaa vahvistavan kliinisen diagnostisen testin, ja jos se vahvistetaan, tavallinen kliininen diagnostinen raportti tallennetaan potilaan sairauskertomukseen. Jos tutkimustulokset ovat akuutteja (toimikelpoisia) positiivisia, tulokset välitetään suullisesti ensisijaiselle kliiniselle ryhmälle suoraan ennen varmistustestausta. Potilaan sairauskertomukseen lisätään yleinen tutkimusmuistio, joka osoittaa, että suullinen, väliaikainen raportti on annettu (Liite A). Suullinen, väliaikainen tulosraportointi ennen varmistustestiä suoritetaan vain niissä tapauksissa, joissa vahvistuksen edellyttämä viivästys raportoinnissa on todennäköisesti aiheuttanut merkittävää haittaa potilaalle. Varmistustestit suoritetaan viipymättä kaikissa tapauksissa, myös niissä, joissa on annettu suullinen raportti. Tapauskonferenssimuotoa voidaan käyttää tulosten palauttamiseen, jos diagnoosin monimutkaisuus tai mahdollinen hoito tämän diagnoosin vaatiessa vaatii yksityiskohtaista keskustelua. Jos potentiaalisesti patogeenisiä muunnelmia ei tunnisteta, kliiniselle lääkärille toimitetaan suullinen raportti, jossa kerrotaan, ettei kausatiivisia löydöksiä ollut, ja sairauskertomukseen lisätään yleinen tutkimusmuistio, jossa todetaan, että ei-diagnostinen tutkimusluokka oli NGS. suoritettu (Liite B). Tässä tapauksessa potilastaulukkoon ei sijoiteta negatiivista diagnostista kirjallista raporttia, koska saatavilla ei ole kliinisen laadun testausta, joka vahvistaisi negatiiviset tulokset kaikista testatuista geeneistä. Potilaan perheen seurantaa ohjaa kliininen hoitotiimi. Kaikille tutkimukseen osallistuneille ja heidän lääkäreilleen ilmoitetaan satunnaistuksesta viimeistään 10. päivänä satunnaistamisen jälkeen. Nämä tiedot auttavat lievittämään perheen ahdistusta ja tarjoavat myös mekanismin, jolla potilas siirtyy nopeaan NGS-haaraan, jos potilas on kliinisesti heikentynyt, ja kliinisen hoitoryhmän pyynnöstä. Harvoin niille osallistujille ja kliinikoille ilmoitetaan aikaisemmin, jos heidät satunnaistettiin nopeaan NGS-ryhmään ja diagnoosi tehdään alle 10 päivässä. Sekä tehdyt molekyylidiagnoosit että diagnoosiin kuluva aika kirjataan ensisijaiseksi tulokseksi.

Kaikki positiiviset tulokset Perkin Elmer StepOne laajennetusta NBS:stä (jotka ovat saaneet kaikki ilmoittautuneet pikkulapset ja EIVÄT ole tutkimusmuuttuja) palautetaan Genomikeskuksen henkilökunnalle. Näiden tulosten perusteella suoritetaan vahvistava testi Perkin Elmerin kautta, jos tätä tilaa ei tunnistettu kunkin lapsen valtion NBS-standardinäytössä. Nämä alustavat tulokset välitetään suullisesti ensisijaisen kliinikon tiimin kanssa ja tarvittaessa pyydetään lisänäytteitä vahvistusta varten. Vahvistuksen jälkeen tulokset kirjataan potilaan sairauskertomukseen.

Aina kun tutkimukseen osallistuja otetaan mukaan, ensisijaisia ​​kliinisiä palveluntarjoajia pyydetään täyttämään kysely ennen StatSeq-testausta ja tulosten palauttamisen jälkeen. Tarkistamme myös potilaan sairauskertomusta ja keräämme kliinisiä muuttujia, mukaan lukien laboratoriotutkimukset, radiologian tulokset, lääkkeet ja muut saadut hoidot, jotta voimme analysoida tarkemmin nopean NGS:n vaikutusta kliiniseen hoitoon. Aiomme seurata perheitä vuosittain enintään 5 vuotta ilmoittautumisen jälkeen ja kirjata tähän tutkimukseen liittyvät kliiniset tulokset.

Tämä tutkimus integroidaan kahteen muuhun tutkimusprotokollaan, joista toinen on CMH Genomic Medicine Repository (IRB 11120514) ja toinen vastasyntyneiden genomit (#13120442), jotka tutkivat nopean NGS:n eettisiä ja oikeudellisia vaikutuksia tässä populaatiossa. Molemmista tutkimuksista pyydetään tietueita. Osallistujien on suostuttava ilmoittautumaan Genomikeskuksen bioarkistoon. Genomit vastasyntyneissä -tutkimus on valinnainen.