급성으로 아픈 신생아의 게놈 시퀀싱 (NSIGHT)

이것은 급성 질환을 앓고 있는 신생아와 잠재적인 유전 질환이 있는 영아를 대상으로 확장된 신생아 선별검사를 포함한 표준 치료와 비교하여 빠른 NGS(StatSeq)의 비교 효과(임상 및 비용 효율성 모두)를 조사하는 무작위, 맹검, 전향적 연구입니다. 진단되지 않은 질병을 앓고 있는 급성 질환을 앓고 있는 신생아와 유아 및 그 가족은 연구에 참여할 자격이 있습니다. 조사관은 단일 연구 사이트에서 약 1,000명의 신생아와 유아를 등록할 것입니다. 연구 모집단은 소아 집중 치료실(PICU)과 같은 다른 병원 서비스에 제공되는 더 작은 하위 모집단과 함께 주로 집중 치료 보육원(ICN, NICU라고도 함)인 Children's Mercy 병원 입원 환자 모집단에서 모집됩니다. 영향을 받는 모든 연구 참여자는 확대 신생아 선별검사(NBS)를 받게 됩니다. 신생아 선별검사는 발뒤꿈치를 찔러 혈반을 채취하는 생화학적 검사로 모든 ​​미국 정상 출산에 대해 연방 정부에서 의무화합니다. 67개의 질병이 MO에서 NBS에 의해 테스트되며, 대부분은 유전적 질병입니다. 여기에서 제안된 확장된 NBS는 임상적으로 이용 가능한 Perkin Elmer의 StepOne Newborn Screen®이며 등록된 모든 영아의 양쪽 팔에 대한 표준 MO 상태 선별검사와 함께 수행될 것입니다. 영향을 받는 연구 참가자의 절반은 급성 질환 및 확장된 NBS에 대한 표준 테스트 외에도 StatSeq를 받도록 무작위 배정됩니다. 또한, 모든 의사가 있는 임상 제공자가 등록되고 임상 결과에 대한 그들의 인식이 측정될 것입니다.

모든 피험자는 연구 등록 시 핵산(DNA 및 RNA) 분리 및 확장된 NBS를 위해 혈액을 채취합니다. 모든 혈액 샘플 부피는 소아 환자의 최대 혈액에 대한 CMH 정책을 준수합니다. 이 정책에서 허용되는 용량이 5ml를 초과하는 경우 등록 시 최대 5ml가 수집됩니다. 협측 도말, 발뒤꿈치에 찔린 핏자국, 추가 혈액, 소변 및 조직 샘플은 다른 연구에서 샘플을 보유하고 있는 경우 수집할 수 있으며 승인된 IRB 프로토콜(IRB 연구 # 11120514). 후자의 샘플은 침습적 샘플링을 포함하지 않습니다. 핵산은 CPGM(소아 유전체 의학 센터)에서 표준 프로토콜로 NGS용으로 분리 및 준비됩니다. 가족 샘플(예: 어머니, 아버지, 영향을 받은 형제 또는 영향을 받지 않은 형제자매)도 확보하고 표시된 대로 게놈 센터 생물 저장소 프로토콜에 따라 핵산을 시퀀싱하여 신생아의 급성 의학적 상태 진단을 돕습니다. 모든 시퀀싱 데이터는 Genome Center Biorepository(IRB 연구 #11120514)에 저장됩니다.

최소 2명의 전문 센터 데이터 분석가가 NGS 후 DNA 변이 분석을 담당합니다. 그런 다음 분석가 중 한 명이 보고서를 작성하여 분자 병리학 실험실 책임자 또는 부국장에게 제출합니다. 진단할 수 있는 긍정적인 연구 결과의 경우, 분자 병리학 실험실 책임자 또는 보조 책임자는 확인 임상 진단 테스트를 수행하고 확인되면 표준 임상 진단 보고서가 환자의 의료 기록에 배치됩니다. 매우 중요한(실행 가능한) 긍정적인 연구 결과의 경우 결과는 확증 테스트 직전에 1차 임상 팀에 구두로 전달됩니다. 일반 연구 노트는 환자의 의료 기록에 구두로 잠정적인 보고서가 발행되었음을 표시합니다(부록 A). 확증 검사 전 결과의 구두, 잠정 보고는 확인에 필요한 보고 지연으로 인해 환자에게 중대한 위해가 발생할 가능성이 있는 경우에만 수행됩니다. 확인 테스트는 구두 보고가 제공된 경우를 포함하여 모든 경우에 즉시 수행됩니다. 진단의 복잡성 또는 해당 진단에 대한 잠재적 치료가 자세한 논의를 필요로 하는 경우 결과 반환을 위해 사례 회의 형식을 활용할 수 있습니다. 잠재적으로 병원성 변이가 확인되지 않으면 구두 보고서가 기록된 임상 치료 의사에게 제공되어 원인이 발견되지 않았음을 알리고 비진단 연구 등급 NGS가 진단되지 않았음을 명시하는 일반적인 연구 노트가 의료 기록에 배치됩니다. 수행했습니다(부록 B). 테스트한 모든 유전자에 대해 음성 결과를 확인하는 데 사용할 수 있는 임상 등급 테스트가 없기 때문에 이 경우 환자의 차트에 음성 진단 서면 보고서가 표시되지 않습니다. 환자 가족과의 후속 조치는 임상 치료 팀이 안내합니다. 모든 연구 참여자와 그들의 임상의는 무작위 배정 후 10일까지 무작위 배정에 대해 통지를 받을 것입니다. 이 정보는 가족의 불안을 완화하는 데 도움이 되며 환자가 임상적으로 악화되고 임상 치료 팀의 요청에 따라 빠른 NGS 팔로 환자 교차를 위한 메커니즘을 제공합니다. 드물게 해당 참가자와 임상의는 신속 NGS 그룹에 무작위 배정되고 진단이 10일 이내에 이루어진 경우 더 빨리 통지를 받습니다. 만들어진 분자 진단과 진단 시간은 모두 주요 결과로 기록됩니다.

Perkin Elmer StepOne 확장 NBS의 모든 양성 결과(등록된 모든 유아가 수신하고 연구 변수가 아님)는 게놈 센터 직원에게 반환됩니다. 이러한 결과에 따라 각 유아에 대한 표준 주 NBS 화면에서 이 상태가 확인되지 않은 경우 Perkin Elmer를 통한 확인 테스트가 수행됩니다. 이러한 임시 결과는 1차 임상의 팀과 구두로 전달되며 필요한 경우 확인을 위해 추가 샘플이 요청됩니다. 확인되면 결과는 환자의 의료 기록에 입력됩니다.

연구 참가자가 등록될 때마다 1차 임상 제공자는 StatSeq 테스트 전과 결과 반환 후 설문 조사를 작성해야 합니다. 또한 환자의 의료 기록을 검토하고 신속한 NGS가 임상 치료에 미치는 영향을 추가로 분석하기 위해 실험실 테스트, 방사선 결과, 약물 및 기타 치료를 포함한 임상 변수를 수집합니다. 우리는 등록 후 최대 5년까지 매년 가족을 추적하고 이 연구와 관련된 임상 결과를 기록할 계획입니다.

이 연구는 CMH Genomic Medicine Repository(IRB 11120514) 및 신생아의 다른 게놈(#13120442)인 두 개의 다른 연구 프로토콜과 통합되어 이 집단에서 빠른 NGS의 윤리적 및 법적 의미를 연구합니다. 데이터 기록은 두 연구 모두에서 요청됩니다. 참가자는 Genome Center Biorepository 등록에 동의해야 합니다. 신생아 연구의 게놈은 선택 사항입니다.