SMN1遺伝子のシス重複に関連するバイオマーカーの同定 (BADGES)

脊髄性筋萎縮症 (SMA) は、脊髄前角の運動ニューロンの喪失を特徴とする神経筋障害であり、筋萎縮を引き起こします。 SMA は常染色体劣性遺伝であり、40 人に 1 人の保因者頻度で 6000 人に 1 人の乳児に影響を与えます。 ほとんどの場合、5q11-q13 の SMN1 遺伝子 (0+0 遺伝子型) のホモ接合遺伝子欠失または遺伝子変換によって引き起こされます。 このゲノム領域は、進化の過程で複製および反転されています。 したがって、SMN1 遺伝子には、SMN2 と呼ばれる非常に相同なコピーがあります。 遺伝カウンセリングは、SMN1 遺伝子のコピーが 1 つしかない保因者 (0+1 遺伝子型) を検出することを目的としています。 SMA キャリアのテストは、定量的 PCR 法による SMN1 コピーの総コピー数の定量化に依存しています。 それにもかかわらず、1 つの対立遺伝子での SMN1 遺伝子の cis 重複と 2 番目の対立遺伝子での欠失 (2+0 遺伝子型) は、分子的方法が SMN1 遺伝子の 2 つのコピーを示し、キャリア状態を検出できないため、誤解につながる可能性があります。

この研究の目的は、遺伝カウンセリングの罠を構成するこの 2+0 遺伝子型の検出を可能にするために、SMN1 遺伝子のシス重複に特異的なバイオマーカーの特徴付けです。 分子コーミングを使用して、シス重複染色体上の構造モチーフに特異的なプローブの組み合わせで構成されるゲノム モールス符号 (GMC) を識別します。 この GMC の特徴付けは、2 つのサンプル グループの比較に基づいています。

• SMN1 遺伝子の 3 つのコピーを保持する最大 137 人のテスト グループ (1 つの対立遺伝子の cis 重複を示唆)
• コントロール 1 グループ、SMN1 遺伝子の 2 つのコピーを保持する最大 137 人の個体

研究の統計分析に必要な正確なサンプル数を定義するには、2 つのグループの 24 のサンプルでパイロット研究を行う必要があります。 GMC が特徴付けられるとき、その特異性は 2 つのサンプル グループをテストすることによって評価されます。

• 3コピーのSMN1遺伝子を保有する37人からなるテストグループ
• コントロール 2 のグループは、SMN2 遺伝子の 3 つのコピーを保有する 37 人の個人から構成されています。分子コーミングには長い DNA ファイバーが必要であり、通常の DNA 抽出方法は適切ではありません。 このプロジェクトでは、特定の DNA 抽出のために新しい血液サンプルが必要です。

このプロジェクトが成功した場合、2 番目のプロジェクトで、この GMC は単純で安価な PCR ベースの方法に変換されます。 次に、サンプル コレクション、特に家族性ジェノタイピングによって定義された 2+0 ジェノタイプを持つ個人で、この方法の感度を評価します。