Identification d'un biomarqueur associé à la duplication cis du gène SMN1 (BADGES)

L'amyotrophie spinale (SMA) est une maladie neuromusculaire caractérisée par une perte de motoneurones dans la corne antérieure de la moelle épinière et entraînant une atrophie musculaire. La SMA a une transmission autosomique récessive et affecte 1 enfant sur 6000 avec une fréquence de porteurs de 1 sur 40. Dans la plupart des cas, elle est causée par une délétion ou une conversion génique homozygote du gène SMN1 (génotype 0+0) sur 5q11-q13. Cette région génomique a été dupliquée et inversée au cours de l'évolution. Ainsi le gène SMN1 a une copie très homologue, appelée SMN2. Le conseil génétique vise à détecter les porteurs avec une seule copie du gène SMN1 (génotype 0+1). Le test des porteurs de SMA repose sur la quantification du nombre total de copies des copies SMN1 par des méthodes PCR quantitatives. Néanmoins, la cis-duplication du gène SMN1 sur un allèle et la délétion sur le second allèle (génotype 2+0) peuvent conduire à une mauvaise interprétation car les méthodes moléculaires montrent 2 copies du gène SMN1 et ne peuvent pas détecter le statut de porteur.

Le but de l'étude est la caractérisation d'un biomarqueur spécifique de la cis-duplication du gène SMN1 afin de permettre la détection de ce génotype 2+0 qui constitue un piège pour le conseil génétique. Nous utiliserons le peignage moléculaire pour identifier un code morse génomique (GMC) composé d'une combinaison de sondes spécifiques d'un motif structural sur le chromosome de duplication cis. La caractérisation de ce GMC repose sur la comparaison de deux groupes d'échantillons :

• Le groupe test, avec un maximum de 137 individus porteurs de 3 copies du gène SMN1 (suggérant une cis-duplication sur un allèle)
• Le groupe contrôle-1, avec un maximum de 137 individus porteurs de 2 copies du gène SMN1

Une étude pilote réalisée sur 24 échantillons dans les deux groupes est nécessaire pour définir le nombre exact d'échantillons nécessaires à l'analyse statistique de l'étude. Lorsque le GMC sera caractérisé, sa spécificité sera évaluée en testant deux groupes d'échantillons :

• Le groupe test, composé de 37 individus porteurs de 3 copies du gène SMN1
• Le groupe contrôle-2, avec 37 individus porteurs de 3 copies du gène SMN2 Le peignage moléculaire nécessite de longues fibres d'ADN et les méthodes habituelles d'extraction d'ADN ne sont pas appropriées. Ce projet nécessite de nouveaux échantillons de sang pour une extraction d'ADN spécifique.

Si ce projet aboutit, lors d'un deuxième projet, ce GMC sera converti en une méthode simple et bon marché basée sur la PCR. Nous évaluerons ensuite la sensibilité de cette méthode sur notre collection d'échantillons, notamment sur des individus porteurs du génotype 2+0 défini par le génotypage familial.