Identificação de um Biomarcador Associado à Duplicação Cis do Gene SMN1 (BADGES)

A Atrofia Muscular Espinhal (SMA) é um distúrbio neuromuscular caracterizado pela perda de neurônios motores no corno anterior da medula espinhal e levando à atrofia muscular. A SMA tem herança autossômica recessiva e afeta 1 em 6.000 bebês com uma frequência de portador de 1 em 40. Na maioria dos casos, é causada por deleção do gene homozigoto ou conversão do gene SMN1 (genótipo 0+0) em 5q11-q13. Esta região genômica foi duplicada e invertida durante a evolução. Assim, o gene SMN1 possui uma cópia bastante homóloga, denominada SMN2. O aconselhamento genético visa detectar portadores com apenas uma cópia do gene SMN1 (genótipo 0+1). O teste de portador SMA depende da quantificação do número total de cópias das cópias SMN1 por métodos quantitativos de PCR. No entanto, a duplicação cis do gene SMN1 em um alelo e a deleção no segundo alelo (genótipo 2+0) pode levar a uma interpretação errônea, pois os métodos moleculares mostram 2 cópias do gene SMN1 e não podem detectar o status de portador.

O objetivo do estudo é a caracterização de um biomarcador específico da cis-duplicação do gene SMN1 de forma a permitir a detecção deste genótipo 2+0 que constitui uma armadilha para o aconselhamento genético. Usaremos a combinação molecular para identificar um código morse genômico (GMC) composto por uma combinação de sondas específicas de um motivo estrutural no cromossomo cis-duplicação. A caracterização deste GMC é baseada na comparação de dois grupos amostrais:

• O grupo de teste, com um máximo de 137 indivíduos portadores de 3 cópias do gene SMN1 (sugerindo uma duplicação cis em um alelo)
• O grupo controle-1, com no máximo 137 indivíduos portadores de 2 cópias do gene SMN1

Um estudo piloto realizado em 24 amostras nos dois grupos é necessário para definir o número exato da amostra necessária para a análise estatística do estudo. Quando o GMC for caracterizado, sua especificidade será avaliada testando dois grupos amostrais:

• O grupo de teste, com 37 indivíduos portadores de 3 cópias do gene SMN1
• O grupo controle-2, com 37 indivíduos portadores de 3 cópias do gene SMN2. A penteação molecular necessita de longas fibras de DNA e os métodos usuais de extração de DNA não são apropriados. Este projeto requer novas amostras de sangue para extração de DNA específico.

Se este projeto for bem-sucedido, durante um segundo projeto, este GMC será convertido em um método baseado em PCR simples e barato. Avaliaremos então a sensibilidade desse método em nossa coleta de amostras, notadamente em indivíduos com genótipo 2+0 definido por genotipagem familiar.