Идентификация биомаркера, ассоциированного с цис-дупликацией гена SMN1 (BADGES)

Спинальная мышечная атрофия (СМА) — нервно-мышечное заболевание, характеризующееся потерей моторных нейронов в передних рогах спинного мозга и приводящее к мышечной атрофии. СМА имеет аутосомно-рецессивное наследование и поражает 1 из 6000 младенцев с частотой носительства 1 из 40. В большинстве случаев это вызвано гомозиготной делецией гена или конверсией гена SMN1 (генотип 0+0) на участке 5q11-q13. Эта геномная область была продублирована и инвертирована в ходе эволюции. Таким образом, ген SMN1 имеет очень гомологичную копию, называемую SMN2. Генетическое консультирование направлено на выявление носителей только одной копии гена SMN1 (генотип 0+1). Тестирование на носительство SMA основано на количественном определении общего числа копий SMN1 с помощью количественных методов ПЦР. Тем не менее, цис-дупликация гена SMN1 на одном аллеле и делеция на втором аллеле (генотип 2+0) могут привести к неправильной интерпретации, поскольку молекулярные методы показывают 2 копии гена SMN1 и не могут определить статус носительства.

Целью исследования является характеристика биомаркера, специфичного для цис-дупликации гена SMN1, чтобы позволить обнаружить этот генотип 2+0, который представляет собой ловушку для генетического консультирования. Мы будем использовать молекулярное расчесывание для идентификации геномного кода Морзе (GMC), состоящего из комбинации зондов, специфичных для структурного мотива на хромосоме с цис-дупликацией. Характеристика этого GMC основана на сравнении двух групп образцов:

• Тестовая группа, состоящая максимум из 137 человек, несущих 3 копии гена SMN1 (предполагая наличие цис-дупликации на одном аллеле).
• Группа контроль-1, максимум 137 человек, несущих 2 копии гена SMN1.

Пилотное исследование, проведенное на 24 образцах в двух группах, необходимо для определения точного количества образцов, необходимого для статистического анализа исследования. Когда GMC будет охарактеризован, его специфичность будет оцениваться путем тестирования двух групп образцов:

• Тестовая группа из 37 человек, несущих 3 копии гена SMN1.
• Контрольная группа-2, состоящая из 37 человек, несущих 3 копии гена SMN2. Молекулярное расчесывание требует длинных волокон ДНК, и обычные методы выделения ДНК не подходят. Этот проект требует новых образцов крови для специфического извлечения ДНК.

Если этот проект будет успешным, во время второго проекта этот GMC будет преобразован в простой и дешевый метод на основе ПЦР. Затем мы оценим чувствительность этого метода на нашей коллекции образцов, особенно на людях с генотипом 2+0, определенным семейным генотипированием.