Identificación de un biomarcador asociado a la duplicación en cis del gen SMN1 (BADGES)

La atrofia muscular espinal (SMA) es un trastorno neuromuscular caracterizado por la pérdida de neuronas motoras en el asta anterior de la médula espinal y que conduce a la atrofia muscular. La AME tiene una herencia autosómica recesiva y afecta a 1 de cada 6000 bebés con una frecuencia de portadores de 1 de cada 40. En la mayoría de los casos, es causado por la eliminación del gen homocigoto o la conversión del gen SMN1 (genotipo 0+0) en 5q11-q13. Esta región genómica se ha duplicado e invertido durante la evolución. Así, el gen SMN1 tiene una copia muy homóloga, denominada SMN2. El asesoramiento genético tiene como objetivo la detección de portadores con una sola copia del gen SMN1 (genotipo 0+1). Las pruebas de portadores de SMA se basan en la cuantificación del número total de copias de las copias de SMN1 mediante métodos de PCR cuantitativos. Sin embargo, la duplicación en cis del gen SMN1 en un alelo y la eliminación en el segundo alelo (genotipo 2+0) pueden dar lugar a una interpretación errónea, ya que los métodos moleculares muestran 2 copias del gen SMN1 y no pueden detectar el estado de portador.

El objetivo del estudio es la caracterización de un biomarcador específico de la duplicación en cis del gen SMN1 para permitir la detección de este genotipo 2+0 que constituye una trampa para el consejo genético. Utilizaremos el peinado molecular para identificar un código morse genómico (GMC) compuesto por una combinación de sondas específicas de un motivo estructural en el cromosoma de duplicación cis. La caracterización de este GMC se basa en la comparación de dos grupos de muestra:

• El grupo de prueba, con un máximo de 137 individuos que portan 3 copias del gen SMN1 (lo que sugiere una duplicación cis en un alelo)
• El grupo control-1, con un máximo de 137 individuos portadores de 2 copias del gen SMN1

Se necesita un estudio piloto realizado en 24 muestras en los dos grupos para definir el número de muestra exacto necesario para el análisis estadístico del estudio. Cuando se caracterice el GMC, se evaluará su especificidad probando dos grupos de muestra:

• El grupo de prueba, con 37 individuos portadores de 3 copias del gen SMN1
• El grupo control-2, con 37 individuos portadores de 3 copias del gen SMN2. El peinado molecular necesita fibras de ADN largas y los métodos habituales para la extracción de ADN no son apropiados. Este proyecto requiere nuevas muestras de sangre para la extracción específica de ADN.

Si este proyecto tiene éxito, durante un segundo proyecto, este GMC se convertirá en un método simple y económico basado en PCR. Luego evaluaremos la sensibilidad de este método en nuestra colección de muestras, especialmente en individuos con el genotipo 2+0 definido por el genotipado familiar.