Biomarkkerin tunnistaminen, joka liittyy SMN1-geenin cis-kaksutukseen (BADGES)
Biomarkkerin tunnistaminen, joka liittyy SMN1-geenin Cis-kaksoistukseen, tavoitteena parantaa geneettistä neuvontaa spinaalisen lihasatrofiaperheissä
Spinal Muscular Atrophy (SMA) on hermo-lihassairaus, jolle on tunnusomaista motoristen hermosolujen häviäminen selkäytimen etusarvessa ja joka johtaa lihasten surkastumiseen. SMA:lla on autosomaalinen resessiivinen perinnöllinen ja se vaikuttaa 1:een 6 000:sta vauvasta, joiden kantajataajuus on 1:40. Useimmissa tapauksissa sen aiheuttaa homotsygoottinen geenideleetio tai SMN1-geenin (0+0 genotyyppi) geenikonversio 5q11-q13:ssa. Tämä genominen alue on monistettu ja käännetty evoluution aikana. Siten SMN1-geenillä on hyvin homologinen kopio, nimeltään SMN2. Geneettisen neuvonnan tavoitteena on havaita kantajat, joilla on vain yksi kopio SMN1-geenistä (0+1 genotyyppi). SMA-kantajatestaus perustuu SMN1-kopioiden kokonaiskopiomäärän kvantitointiin kvantitatiivisilla PCR-menetelmillä. Siitä huolimatta SMN1-geenin cis-kaksoistuminen yhdessä alleelissa ja deleetio toisessa alleelissa (2+0 genotyyppi) voivat johtaa väärintulkintaan, koska molekyylimenetelmät osoittavat 2 kopiota SMN1-geenistä eivätkä pysty havaitsemaan kantajan tilaa.
Tutkimuksen tavoitteena on karakterisoida SMN1-geenin cis-duplikaatiolle spesifinen biomarkkeri, jotta voidaan havaita tämä 2+0-genotyyppi, joka muodostaa ansan geneettiselle neuvonnalle. Käytämme molekyylikampausta tunnistaaksemme genomisen morsekoodin (GMC), joka koostuu koettimien yhdistelmästä, joka on spesifinen rakennemotiiville cis-kaksoiskromosomissa. Tämän GMC:n karakterisointi perustuu kahden näyteryhmän vertailuun:
- Testiryhmä, jossa on enintään 137 yksilöä, jotka kantavat 3 kopiota SMN1-geenistä (viitaten cis-kaksoistumistilaan yhdessä alleelissa)
- Kontrolli-1-ryhmä, jossa enintään 137 yksilöä, jotka kantavat kahta kopiota SMN1-geenistä
Tutkimuksen tilastolliseen analyysiin tarvittavan tarkan näytemäärän määrittämiseksi tarvitaan pilottitutkimus, joka suoritetaan 24 näytteelle kahdessa ryhmässä. Kun GMC karakterisoidaan, sen spesifisyys arvioidaan testaamalla kahta näyteryhmää:
- Testiryhmä, jossa oli 37 yksilöä, joilla oli 3 kopiota SMN1-geenistä
- Kontrolli-2-ryhmä, jossa on 37 yksilöä, jotka kantavat 3 kopiota SMN2-geenistä. Molecular combing tarvitsee pitkiä DNA-kuituja, ja tavalliset menetelmät DNA:n erottamiseen eivät ole sopivia. Tämä projekti vaatii uusia verinäytteitä spesifistä DNA:n erottamista varten.
Jos tämä projekti onnistuu, toisen projektin aikana tämä GMC muunnetaan yksinkertaiseksi ja halvaksi PCR-pohjaiseksi menetelmäksi. Arvioimme sitten tämän menetelmän herkkyyden näytekokoelmassamme, erityisesti henkilöillä, joilla on 2+0-genotyyppi, joka on määritetty perheen genotyypityksen avulla.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Nantes, Ranska
- Nantes university hospital
-
Rouen, Ranska, 76031
- Rouen University Hospital
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
- Aikuinen yksilö
- Henkilö, jolla on joko 2 kopiota SMN1-geenistä (kontrolli-1-ryhmä), 3 kopiota SMN1-geenistä (testiryhmä) tai 3 kopiota SMN2-geenistä (kontrolli-2-ryhmä).
- Henkilö, jolla on sosiaalivakuutus
- Allekirjoitettu suostumuslomake
Poissulkemiskriteerit:
- Raskaana olevat naiset, imettävät naiset
- Yksilö, jolla ei ole vapautta hallinnollisella päätöksellä tai oikeuden päätöksellä tai henkilö hallinnollisen valvonnan tai laillisen holhoojan alaisuudessa
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Ei satunnaistettu
- Inventiomalli: Rinnakkaistehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: Kohde, jolla on 3 kopiota SMN1-geenistä
Verinäytteitä käyttämällä molekyylikampauksen käyttö genomisen morsekoodin (GMC) tunnistamiseksi, joka koostuu koettimien yhdistelmästä, joka on spesifinen rakennemotiiville cis-kaksoiskromosomissa.
|
Verinäyte otetaan koehenkilöltä, jolla on tietty genotyyppi
|
|
Muut: Kohde, jolla on 2 kopiota SMN1-geenistä
Verinäytteitä käyttämällä molekyylikampauksen käyttö genomisen morsekoodin (GMC) tunnistamiseksi, joka koostuu koettimien yhdistelmästä, joka on spesifinen rakennemotiiville cis-kaksoiskromosomissa.
|
Verinäyte otetaan koehenkilöltä, jolla on tietty genotyyppi
|
|
Muut: Kohde, jolla on 3 kopiota SMN2-geenistä
Verinäytteitä käyttämällä molekyylikampauksen käyttö genomisen morsekoodin (GMC) tunnistamiseksi, joka koostuu koettimien yhdistelmästä, joka on spesifinen rakennemotiiville cis-kaksoiskromosomissa.
|
Verinäyte otetaan koehenkilöltä, jolla on tietty genotyyppi
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Aikaikkuna |
|---|---|
|
Geneettisen allekirjoituksen tunnistaminen, joka osoittaa yhden alleelin läsnäolon, jossa on 2 kopiota SMN1-geenin cis:ssä.
Aikaikkuna: Päivä 1
|
Päivä 1
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Geneettisen allekirjoituksen spesifisyys
Aikaikkuna: Päivä 1
|
Geneettisen allekirjoituksen spesifisyys tehdään käyttämällä analyysiä yksilöstä, jolla on joko 3 kopiota SMN1-geenistä tai 3 kopiota SMN2-geenistä
|
Päivä 1
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Thierry FREBOURG, MD, Rouen University Hospital
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Arvio)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 2015/092/HP
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .