Identifiering av en biomarkör associerad med Cis-duplicering av SMN1-genen (BADGES)

Spinal muskelatrofi (SMA) är en neuromuskulär sjukdom som kännetecknas av förlust av motorneuroner i ryggmärgens främre horn och leder till muskelatrofi. SMA har en autosomal recessiv nedärvning och drabbar 1 av 6000 spädbarn med en bärarfrekvens på 1 av 40. I de flesta fall orsakas det av homozygot gendeletion eller genomvandling av SMN1-genen (0+0 genotyp) på 5q11-q13. Denna genomiska region har duplicerats och inverterats under evolutionen. Således har SMN1-genen en mycket homolog kopia, kallad SMN2. Genetisk rådgivning syftar till att upptäcka bärare med endast en kopia av SMN1-genen (0+1 genotyp). SMA-bärartestning bygger på kvantifiering av totalt antal kopior av SMN1-kopiorna genom kvantitativa PCR-metoder. Ändå kan cis-duplicering av SMN1-genen på en allel och deletion på den andra allelen (2+0 genotyp) leda till en feltolkning eftersom molekylära metoder visar 2 kopior av SMN1-genen och inte kan detektera bärarstatus.

Syftet med studien är att karakterisera en biomarkör som är specifik för cis-dupliceringen av SMN1-genen för att möjliggöra detektering av denna 2+0-genotyp som utgör en fälla för genetisk rådgivning. Vi kommer att använda molekylär kamning för att identifiera en genomisk morsekod (GMC) som består av en kombination av prober som är specifika för ett strukturellt motiv på cis-dupliceringskromosomen. Karakteriseringen av denna GMC är baserad på jämförelsen av två provgrupper:

• Testgruppen, med maximalt 137 individer som bär 3 kopior av SMN1-genen (som tyder på en cis-duplicering på en allel)
• Kontroll-1-gruppen, med maximalt 137 individer som bär 2 kopior av SMN1-genen

En pilotstudie utförd på 24 prover i de två grupperna behövs för att definiera det exakta antal prov som krävs för statistisk analys av studien. När GMC kommer att karakteriseras kommer dess specificitet att utvärderas genom att testa två provgrupper:

• Testgruppen, med 37 individer som bär 3 kopior av SMN1-genen
• Kontroll-2-gruppen, med 37 individer som bär på 3 kopior av SMN2-genen Molecular kamning behöver långa DNA-fibrer och vanliga metoder för DNA-extraktion är inte lämpliga. Detta projekt kräver nya blodprover för specifik DNA-extraktion.

Om detta projekt lyckas, under ett andra projekt, kommer denna GMC att omvandlas till en enkel och billig PCR-baserad metod. Vi kommer sedan att utvärdera känsligheten hos denna metod på vår provsamling, särskilt på individer med genotypen 2+0 definierad av familjär genotypning.