Identificatie van een biomarker geassocieerd met cis-duplicatie van het SMN1-gen (BADGES)

Spinale Musculaire Atrofie (SMA) is een neuromusculaire aandoening die wordt gekenmerkt door het verlies van motorneuronen in de voorhoorn van het ruggenmerg en leidt tot spieratrofie. SMA heeft een autosomaal recessieve overerving en treft 1 op de 6000 baby's met een draagfrequentie van 1 op de 40. In de meeste gevallen wordt het veroorzaakt door homozygote gendeletie of genconversie van het SMN1-gen (0+0 genotype) op 5q11-q13. Deze genomische regio is tijdens de evolutie gedupliceerd en omgekeerd. Het SMN1-gen heeft dus een zeer homologe kopie, SMN2 genaamd. Erfelijkheidsadvisering is gericht op het opsporen van dragers met slechts één kopie van het SMN1-gen (0+1 genotype). SMA-dragertesten zijn gebaseerd op de kwantificering van het totale aantal kopieën van de SMN1-kopieën door middel van kwantitatieve PCR-methoden. Desalniettemin kan cis-duplicatie van het SMN1-gen op één allel en deletie op het tweede allel (2+0 genotype) tot een verkeerde interpretatie leiden, aangezien moleculaire methoden 2 kopieën van het SMN1-gen laten zien en de dragerschapsstatus niet kunnen detecteren.

Het doel van de studie is de karakterisering van een biomarker die specifiek is voor de cis-duplicatie van het SMN1-gen om de detectie van dit 2+0 genotype mogelijk te maken, dat een valstrik vormt voor erfelijkheidsadvisering. We zullen moleculair kammen gebruiken om een ​​genomische morsecode (GMC) te identificeren die bestaat uit een combinatie van probes die specifiek zijn voor een structureel motief op het cis-duplicatiechromosoom. De karakterisering van deze GMC is gebaseerd op de vergelijking van twee steekproefgroepen:

• De testgroep, met maximaal 137 personen die 3 kopieën van het SMN1-gen dragen (wat wijst op een cis-duplicatie op één allel)
• De controle-1-groep, met maximaal 137 individuen die 2 kopieën van het SMN1-gen dragen

Er is een pilootstudie nodig die wordt uitgevoerd op 24 monsters in de twee groepen om het exacte aantal monsters te bepalen dat nodig is voor de statistische analyse van het onderzoek. Wanneer de GMC zal worden gekarakteriseerd, zal de specificiteit ervan worden geëvalueerd door twee steekproefgroepen te testen:

• De testgroep, met 37 personen die 3 kopieën van het SMN1-gen droegen
• De controle-2-groep, met 37 individuen die 3 kopieën van het SMN2-gen dragen. Moleculair kammen heeft lange DNA-vezels nodig en de gebruikelijke methoden voor DNA-extractie zijn niet geschikt. Dit project vereist nieuwe bloedmonsters voor specifieke DNA-extractie.

Als dit project succesvol is, zal tijdens een tweede project deze GMC worden omgezet in een eenvoudige en goedkope op PCR gebaseerde methode. Vervolgens zullen we de gevoeligheid van deze methode evalueren op onze monsterverzameling, met name op individuen met het 2+0 genotype gedefinieerd door familiale genotypering.