Identifikasjon av en biomarkør assosiert med Cis-duplisering av SMN1-genet (BADGES)

Spinal muskelatrofi (SMA) er en nevromuskulær lidelse karakterisert ved tap av motoriske nevroner i fremre horn av ryggmargen og fører til muskelatrofi. SMA har en autosomal recessiv arv og rammer 1 av 6000 spedbarn med en bærerfrekvens på 1 av 40. I de fleste tilfeller er det forårsaket av homozygot gensletting eller genkonvertering av SMN1-genet (0+0 genotype) på 5q11-q13. Denne genomiske regionen har blitt duplisert og invertert under evolusjonen. Dermed har SMN1-genet en veldig homolog kopi, kalt SMN2. Genetisk rådgivning tar sikte på å oppdage bærere med kun én kopi av SMN1-genet (0+1 genotype). SMA-bærertesting er avhengig av kvantifisering av totalt kopiantall av SMN1-kopiene ved kvantitative PCR-metoder. Likevel kan cis-duplisering av SMN1-genet på en allel og delesjon på den andre allelen (2+0 genotype) føre til en feiltolkning ettersom molekylære metoder viser 2 kopier av SMN1-genet og ikke kan påvise bærerstatus.

Målet med studien er karakterisering av en biomarkør spesifikk for cis-duplisering av SMN1-genet for å tillate påvisning av denne 2+0 genotypen som utgjør en felle for genetisk rådgivning. Vi vil bruke molekylær kaming for å identifisere en genomisk morsekode (GMC) som består av en kombinasjon av prober som er spesifikke for et strukturelt motiv på cis-duplikasjonskromosomet. Karakteriseringen av denne GMC er basert på sammenligning av to utvalgsgrupper:

• Testgruppen, med maksimalt 137 individer som bærer 3 kopier av SMN1-genet (som tyder på en cis-duplikasjon på en allel)
• Kontroll-1-gruppen, med maksimalt 137 individer som bærer 2 kopier av SMN1-genet

En pilotstudie utført på 24 prøver i de to gruppene er nødvendig for å definere det nøyaktige prøvenummeret som er nødvendig for statistisk analyse av studien. Når GMC skal karakteriseres, vil dens spesifisitet bli evaluert ved å teste to prøvegrupper:

• Testgruppen, med 37 individer som bar 3 kopier av SMN1-genet
• Kontroll-2-gruppen, med 37 individer som bærer 3 kopier av SMN2-genet Molecular combing trenger lange DNA-fibre og vanlige metoder for DNA-ekstraksjon er ikke passende. Dette prosjektet krever nye blodprøver for spesifikk DNA-ekstraksjon.

Hvis dette prosjektet er vellykket, under et andre prosjekt, vil denne GMC bli konvertert til en enkel og billig PCR-basert metode. Vi vil deretter evaluere sensitiviteten til denne metoden på prøvesamlingen vår, spesielt på individer med 2+0 genotypen definert av familiær genotyping.