SMN1 유전자의 Cis-중복과 관련된 바이오마커의 규명 (BADGES)

척수 근위축증(SMA)은 척수의 전각에서 운동 뉴런의 손실을 특징으로 하는 신경근 질환으로 근육 위축으로 이어집니다. SMA는 상염색체 열성 유전을 가지고 있으며 40명 중 1명의 보인자 빈도로 6000명의 영아 중 1명에게 영향을 미칩니다. 대부분의 경우 5q11-q13 상의 SMN1 유전자(0+0 유전자형)의 동형접합 유전자 결실 또는 유전자 전환에 의해 발생한다. 이 게놈 영역은 진화 중에 복제되고 반전되었습니다. 따라서 SMN1 유전자는 SMN2라는 매우 상동적인 복제본을 가지고 있습니다. 유전 상담은 SMN1 유전자(0+1 유전자형)가 하나만 있는 보인자를 찾는 것을 목표로 합니다. SMA 캐리어 테스트는 정량적 PCR 방법에 의한 SMN1 사본의 전체 사본 수 정량화에 의존합니다. 그럼에도 불구하고, 하나의 대립형질에서 SMN1 유전자의 시스-중복 및 두 번째 대립형질(2+0 유전자형)에서 결실은 분자적 방법이 SMN1 유전자의 2개 사본을 보여주고 캐리어 상태를 감지할 수 없기 때문에 오해를 일으킬 수 있습니다.

이 연구의 목적은 SMN1 유전자의 cis-duplication에 특정한 바이오마커를 특성화하여 유전 상담을 위한 함정을 구성하는 이 2+0 유전자형을 탐지하는 것입니다. 분자 빗질을 사용하여 cis-duplication 염색체의 구조적 모티프에 특정한 프로브 조합으로 구성된 게놈 모스 부호(GMC)를 식별합니다. 이 GMC의 특성화는 두 샘플 그룹의 비교를 기반으로 합니다.

• SMN1 유전자의 3개 사본을 보유하는 최대 137명의 개인이 있는 테스트 그룹(하나의 대립유전자에 시스-중복을 제안함)
• SMN1 유전자 2카피를 가지고 있는 최대 137명의 개인이 있는 대조군-1 그룹

연구의 통계 분석에 필요한 정확한 샘플 수를 정의하기 위해 두 그룹의 24개 샘플에 대해 수행된 파일럿 연구가 필요합니다. GMC가 특성화될 때 두 개의 샘플 그룹을 테스트하여 특이성을 평가합니다.

• SMN1 유전자 3개를 가지고 있는 37명의 개인으로 구성된 테스트 그룹
• SMN2 유전자 3카피를 가지고 있는 37명의 개체로 이루어진 대조군-2 그룹 분자 빗질에는 긴 DNA 섬유가 필요하며 일반적인 DNA 추출 방법은 적합하지 않습니다. 이 프로젝트에는 특정 DNA 추출을 위한 새로운 혈액 샘플이 필요합니다.

이 프로젝트가 성공하면 두 번째 프로젝트에서 이 GMC는 간단하고 저렴한 PCR 기반 방법으로 변환됩니다. 그런 다음 샘플 수집, 특히 가족 유전자형으로 정의된 2+0 유전자형을 가진 개인에 대한 이 방법의 민감도를 평가합니다.