Identifikation af en biomarkør forbundet med Cis-duplikation af SMN1-genet (BADGES)

Spinal muskelatrofi (SMA) er en neuromuskulær lidelse karakteriseret ved tab af motoriske neuroner i det forreste horn af rygmarven og fører til muskelatrofi. SMA har en autosomal recessiv arv og rammer 1 ud af 6000 spædbørn med en bærerfrekvens på 1 ud af 40. I de fleste tilfælde er det forårsaget af homozygot gendeletion eller genkonvertering af SMN1-genet (0+0 genotype) på 5q11-q13. Denne genomiske region er blevet duplikeret og omvendt under evolutionen. Således har SMN1-genet en meget homolog kopi, kaldet SMN2. Genetisk rådgivning sigter mod at påvise bærere med kun én kopi af SMN1-genet (0+1 genotype). SMA-bærertestning er afhængig af kvantificering af det samlede kopiantal af SMN1-kopierne ved kvantitative PCR-metoder. Ikke desto mindre kan cis-duplikation af SMN1-genet på den ene allel og deletion på den anden allel (2+0 genotype) føre til en fejlfortolkning, da molekylære metoder viser 2 kopier af SMN1-genet og ikke kan påvise bærerstatus.

Formålet med undersøgelsen er karakteriseringen af ​​en biomarkør specifik for cis-duplikationen af ​​SMN1-genet for at muliggøre påvisning af denne 2+0-genotype, som udgør en fælde for genetisk rådgivning. Vi vil bruge molekylær kæmning til at identificere en genomisk morsekode (GMC) sammensat af en kombination af prober, der er specifikke for et strukturelt motiv på cis-duplikationskromosomet. Karakteriseringen af ​​denne GMC er baseret på sammenligningen af ​​to prøvegrupper:

• Testgruppen, med et maksimum på 137 individer, der bærer 3 kopier af SMN1-genet (hvilket tyder på en cis-duplikation på én allel)
• Kontrol-1-gruppen, med et maksimum på 137 individer, der bærer 2 kopier af SMN1-genet

En pilotundersøgelse udført på 24 prøver i de to grupper er nødvendig for at definere det nøjagtige prøvenummer, der er nødvendigt for statistisk analyse af undersøgelsen. Når GMC'en vil blive karakteriseret, vil dens specificitet blive evalueret ved at teste to prøvegrupper:

• Testgruppen, med 37 individer, der bærer 3 kopier af SMN1-genet
• Kontrol-2-gruppen med 37 individer, der bærer 3 kopier af SMN2-genet Molekylær kæmning, har brug for lange DNA-fibre, og sædvanlige metoder til DNA-ekstraktion er ikke passende. Dette projekt kræver nye blodprøver til specifik DNA-ekstraktion.

Hvis dette projekt lykkes, vil denne GMC i løbet af et andet projekt blive konverteret til en enkel og billig PCR-baseret metode. Vi vil derefter evaluere følsomheden af ​​denne metode på vores prøvesamling, især på individer med 2+0 genotypen defineret ved familiær genotypebestemmelse.