Identificazione di un biomarcatore associato alla duplicazione Cis del gene SMN1 (BADGES)

L'atrofia muscolare spinale (SMA) è una malattia neuromuscolare caratterizzata dalla perdita dei motoneuroni nel corno anteriore del midollo spinale e che porta all'atrofia muscolare. La SMA ha una trasmissione autosomica recessiva e colpisce 1 neonato su 6000 con una frequenza di portatore di 1 su 40. Nella maggior parte dei casi, è causata dalla delezione genica omozigote o dalla conversione genica del gene SMN1 (genotipo 0+0) su 5q11-q13. Questa regione genomica è stata duplicata e invertita durante l'evoluzione. Così il gene SMN1 ha una copia molto omologa, chiamata SMN2. La consulenza genetica mira a individuare i portatori con una sola copia del gene SMN1 (genotipo 0+1). Il test del portatore SMA si basa sulla quantificazione del numero totale di copie delle copie SMN1 mediante metodi PCR quantitativi. Tuttavia, la duplicazione cis del gene SMN1 su un allele e la delezione sul secondo allele (genotipo 2+0) può portare a un'interpretazione errata poiché i metodi molecolari mostrano 2 copie del gene SMN1 e non possono rilevare lo stato di portatore.

Lo scopo dello studio è la caratterizzazione di un biomarcatore specifico della duplicazione cis del gene SMN1 al fine di consentire l'individuazione di questo genotipo 2+0 che costituisce una trappola per la consulenza genetica. Useremo il combing molecolare per identificare un codice morse genomico (GMC) composto da una combinazione di sonde specifiche di un motivo strutturale sul cromosoma di duplicazione cis. La caratterizzazione di questo GMC si basa sul confronto di due gruppi di campioni:

• Il gruppo di test, con un massimo di 137 individui portatori di 3 copie del gene SMN1 (suggerendo una duplicazione cis su un allele)
• Il gruppo di controllo-1, con un massimo di 137 individui portatori di 2 copie del gene SMN1

È necessario uno studio pilota eseguito su 24 campioni nei due gruppi per definire l'esatto numero di campioni necessari per l'analisi statistica dello studio. Quando il GMC sarà caratterizzato, la sua specificità sarà valutata testando due gruppi di campioni:

• Il gruppo di test, con 37 individui portatori di 3 copie del gene SMN1
• Il gruppo di controllo-2, con 37 individui portatori di 3 copie del gene SMN2 La pettinatura molecolare richiede lunghe fibre di DNA ei metodi usuali per l'estrazione del DNA non sono appropriati. Questo progetto richiede nuovi campioni di sangue per l'estrazione specifica del DNA.

Se questo progetto avrà successo, durante un secondo progetto, questo GMC sarà convertito in un metodo basato su PCR semplice ed economico. Valuteremo quindi la sensibilità di questo metodo sulla nostra raccolta di campioni, in particolare su individui con il genotipo 2+0 definito dalla genotipizzazione familiare.