急性感染症の精密診断;神経炎症性コホート (PDAID)
2021年5月7日 更新者：University of California, San Francisco
急性感染症の精密診断のためのメタゲノム次世代シーケンシングの臨床実装;神経炎症性コホート
この研究は、臨床的に検証されたメタゲノム次世代シーケンス (mNGS) アッセイを使用して、入院患者の急性感染症の診断のための精密医療のデモンストレーションを提供することを目的としています。
2016 年 6 月から 2017 年 6 月までに、カリフォルニア州内およびカリフォルニア州外の複数の病院から 200 人の患者が登録されます。
患者は、診断率、病院の費用、および臨床転帰に対する mNGS アッセイへの影響を判断するために評価されます。
調査の概要
詳細な説明
この研究は、臨床的に検証されたメタゲノム次世代シーケンス (mNGS) アッセイを使用して、入院患者の急性感染症の診断のための精密医療の実証を提供することを目的としており、臨床ケアに直接影響を与え、患者の死亡率を改善することを目的としています。
この診断テストは、Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) 認定の研究所であるカリフォルニア大学サンフランシスコ校の臨床微生物学研究所で以前に検証されています。
2016 年 6 月から 2017 年 6 月まで、研究者はカリフォルニア州 (カリフォルニア大学サンフランシスコ校、カリフォルニア大学ロサンゼルス校、カリフォルニア大学デービス校、ロサンゼルス小児病院) およびカリフォルニア州外 (小児国立病院) の複数の病院から 200 人の患者を前向きに登録します。医療センター、チルドレンズ ホスピタル コロラド、セント ジュード チルドレンズ リサーチ ホスピタル) で mNGS テストを実施し、診断率、病院の費用、および臨床転帰に対するアッセイへの影響を評価します。
研究の種類
介入
入学 (実際)
214
段階
- 適用できない
連絡先と場所
このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。
研究場所
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California
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Davis、California、アメリカ、95616
- University of California, Davis Medical Center
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Los Angeles、California、アメリカ、90027
- Children's Hospital Los Angeles
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Los Angeles、California、アメリカ、90095
- University of California, Los Angeles Medical Center
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San Francisco、California、アメリカ、94116
- University of California, San Francisco Medical Center
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Colorado
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Denver、Colorado、アメリカ、80045
- Children's Hospital Colordao
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District of Columbia
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Washington、District of Columbia、アメリカ、20010
- Children's National Medical Center
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Tennessee
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Nashville、Tennessee、アメリカ、37212
- St. Jude Children's Research Hospital
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参加基準
研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。
適格基準
就学可能な年齢
1分～110年 (アダルト、OLDER_ADULT、子供)
健康ボランティアの受け入れ
いいえ
受講資格のある性別
全て
説明
除外:
- 5150 または 5250 の精神科保留中の患者
- 囚人
- カリフォルニア大学の従業員/学生、または研究の主要人物の親しい関係者
- 外来患者および/または持病のある患者
含まれるもの:
人口統計学的基準
- 年齢：不問（年齢制限なし）
- 言語：任意（同意を得るための通訳サービスを利用）
以下の感染症候群には、髄膜炎、脳炎、発熱、敗血症、および肺炎が含まれます。
臨床基準
-以下に定義されているように、推定感染症候群または感染症候群からなる臨床症状の診断を伴う入院または転院：
- 髄膜炎: 38°Cを超える発熱および画像異常または髄液細胞増殖症 (髄液白血球数 (WBC) > 5 /mm^3) +/- 肩こり、+/- 頭痛、+/- 発作
- 脳炎：細胞増殖症および以下の少なくとも1つ：精神状態の変化、発作、局所神経学的所見の新たな発症、異常な脳波、神経画像上の急性脳異常
- 症状の原因となる非感染性病因の診断は知られていない
- 登録の時期：症状の発症から7日以内、感染症症候群と推定される症状の初期症状または急性増悪のいずれか。
標本基準
- 臨床状態の急激な低下、細胞増殖症または他の検査パラメータの悪化によって定義される急性増悪の証拠がない限り、症状の発症から7日以内、および入院または転院から3日以内に脳脊髄液が利用可能
- 最低 600 マイクロリットル (uL) の臨床サンプル、摂氏 4 度 (C) で 5 日以内に保存 (理想的には、収集後 24 時間以内に摂氏 -70 度で凍結)
- 凍結融解サイクルは 3 回以内
研究計画
このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
- 主な目的：診断
- 割り当て：NA
- 介入モデル：SINGLE_GROUP
- マスキング：なし
武器と介入
参加者グループ / アーム |
介入・治療 |
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実験的：mNGS検査に登録された患者
髄膜炎および/または脳炎の患者は、病原体検出のためのmNGSの臨床的有用性を分析するために、この研究に登録されます。
この研究には対照群はありません（治験責任医師は、遡及的なカルテのレビューと臨床的償還文書によって歴史的対照を特定します）。
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このアッセイは、臨床サンプル中のウイルス、バクテリア、菌類、および寄生虫を包括的に検出するための、実験室で検証されたメタゲノム テストです。
他の名前：
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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プロバイダーの応答が 1 つ以上あるケースの総数
時間枠：-研究への患者登録から1か月以内
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治験責任医師は、臨床医の調査および臨床微生物配列決定委員会 (CMSB) のフィードバックと議論によって mNGS アッセイの影響を評価します。
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-研究への患者登録から1か月以内
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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臨床転帰：脳脊髄液採取からmNGS結果までの時間
時間枠：研究の登録期間中の各患者の入院から退院後1か月まで
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治験責任医師は、医療記録を確認して、最初のプレゼンテーションの時間を決定し、mNGS の結果が出るまでの時間を測定します。
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研究の登録期間中の各患者の入院から退院後1か月まで
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臨床転帰：入院期間
時間枠：研究の登録期間中の各患者の入院から退院後1か月まで
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捜査官は医療記録を確認して、リハビリ施設への退院を含む入院期間を決定します。
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研究の登録期間中の各患者の入院から退院後1か月まで
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臨床転帰：最終診断カテゴリー
時間枠：入院から最終症例審査時まで（退院後1ヶ月または最長1年）
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治験責任医師は、メタゲノム次世代シーケンシングおよび該当する場合は剖検を含むすべての診断検査が実施された後、最終診断を決定するために医療記録を確認します。
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入院から最終症例審査時まで（退院後1ヶ月または最長1年）
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臨床結果：脳脊髄液病原体に関するmNGSと他の分子検査との一致
時間枠：研究の登録期間中の各患者の入院から退院後1か月まで
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mNGS の所見は、一致性について従来の検査と比較されました。
従来の検査には、各患者の精密検査の一部として注文された検査と、脳脊髄液 (CSF) に関する mNGS 所見を確認するために注文された検査の両方が含まれていました。
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研究の登録期間中の各患者の入院から退院後1か月まで
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協力者と研究者
ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。
協力者
捜査官
- 主任研究者：Charles Y Chiu, MD, PhD、University of California, San Francisco
- スタディディレクター：Hannah Sample, BS、University of California, San Francisco
出版物と役立つリンク
研究に関する情報を入力する責任者は、自発的にこれらの出版物を提供します。これらは、研究に関連するあらゆるものに関するものである可能性があります。
一般刊行物
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
便利なリンク
研究記録日
これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。
主要日程の研究
研究開始 (実際)
2016年6月1日
一次修了 (実際)
2017年7月31日
研究の完了 (実際)
2017年7月31日
試験登録日
最初に提出
2016年9月13日
QC基準を満たした最初の提出物
2016年9月19日
最初の投稿 (見積もり)
2016年9月21日
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
2021年5月27日
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
2021年5月7日
最終確認日
2021年5月1日
詳しくは
本研究に関する用語
その他の研究ID番号
- P0509948
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
はい
IPD プランの説明
この研究のすべてのゲノム/メタゲノム シーケンス データは、ヒト シーケンス データが含まれているかどうかに応じて、NIH Sequence Read Archive または NIH 遺伝子型および表現型データベース (dbGaP) で利用できるようになります。
研究者は、要求に応じて、匿名化された補助的な臨床、実験室、および放射線写真データを利用できるようにする予定です。
IPD 共有時間枠
臨床研究報告書は、2018 年 6 月までに提出され、出版される予定です。
IPD 共有サポート情報タイプ
- CSR
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
いいえ
米国FDA規制機器製品の研究
はい
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