Diagnóstico de Precisión de Enfermedades Infecciosas Agudas; Cohorte neuroinflamatoria (PDAID)
7 de mayo de 2021 actualizado por: University of California, San Francisco
Implementación clínica de la secuenciación metagenómica de próxima generación para el diagnóstico de precisión de enfermedades infecciosas agudas; Cohorte neuroinflamatoria
Este estudio tiene como objetivo utilizar un ensayo de secuenciación metagenómica de próxima generación (mNGS) clínicamente validado para proporcionar una demostración de medicina de precisión para el diagnóstico de enfermedades infecciosas agudas en pacientes hospitalizados.
Desde junio de 2016 hasta junio de 2017, se inscribirán 200 pacientes de múltiples hospitales en California y fuera de California.
Se evaluará a los pacientes para determinar el impacto del ensayo mNGS en el rendimiento del diagnóstico, los costos hospitalarios y los resultados clínicos.
Descripción general del estudio
Estado
Terminado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Este estudio tiene como objetivo utilizar un ensayo de secuenciación metagenómica de próxima generación (mNGS) clínicamente validado para proporcionar una demostración de medicina de precisión para el diagnóstico de enfermedades infecciosas agudas en pacientes hospitalizados, con el objetivo de impactar directamente en la atención clínica y mejorar la mortalidad de los pacientes.
Esta prueba de diagnóstico ha sido previamente validada en un laboratorio certificado por las Enmiendas de Mejora de Laboratorio Clínico (CLIA), el Laboratorio de Microbiología Clínica de la Universidad de California en San Francisco.
Desde junio de 2016 hasta junio de 2017, los investigadores inscribirán prospectivamente a 200 pacientes de múltiples hospitales en California (Universidad de California, San Francisco; Universidad de California, Los Ángeles; Universidad de California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) y fuera de California (Children's National Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) para la prueba de mNGS y evaluar el impacto del ensayo en el rendimiento del diagnóstico, los costos hospitalarios y los resultados clínicos.
Tipo de estudio
Intervencionista
Inscripción (Actual)
214
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Esta sección proporciona los datos de contacto de quienes realizan el estudio e información sobre dónde se lleva a cabo este estudio.
Ubicaciones de estudio
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California
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Davis, California, Estados Unidos, 95616
- University of California, Davis Medical Center
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Los Angeles, California, Estados Unidos, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
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Los Angeles, California, Estados Unidos, 90095
- University Of California, Los Angeles Medical Center
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San Francisco, California, Estados Unidos, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
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Colorado
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Denver, Colorado, Estados Unidos, 80045
- Children's Hospital Colordao
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District of Columbia
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Washington, District of Columbia, Estados Unidos, 20010
- Children's National Medical Center
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Tennessee
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Nashville, Tennessee, Estados Unidos, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
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Criterios de participación
Los investigadores buscan personas que se ajusten a una determinada descripción, denominada criterio de elegibilidad. Algunos ejemplos de estos criterios son el estado de salud general de una persona o tratamientos previos.
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
1 minuto a 110 años (ADULTO, MAYOR_ADULTO, NIÑO)
Acepta Voluntarios Saludables
No
Géneros elegibles para el estudio
Todos
Descripción
Exclusiones:
- Pacientes en espera psiquiátrica 5150 o 5250
- Prisioneros
- Empleados/estudiantes de la Universidad de California o asociados cercanos de cualquiera de los miembros del personal clave en el estudio
- Pacientes ambulatorios y/o pacientes con enfermedades crónicas
Inclusión:
Criterios demográficos
- Edad: cualquiera (sin límite de edad)
- Idioma: cualquiera (con el uso de servicios de interpretación para obtener el consentimiento)
Para lo siguiente, los síndromes infecciosos incluyen meningitis, encefalitis, fiebre, sepsis y neumonía:
Criterios Clínicos
Ingreso o traslado hospitalario con diagnóstico de presunto síndrome infeccioso o presentación clínica consistente en un síndrome infeccioso, tal como se define a continuación:
- Meningitis: fiebre > 38 °C e imágenes anormales o pleocitosis en el LCR (recuento de glóbulos blancos (WBC) en el LCR > 5 /mm^3) +/- rigidez en el cuello, +/- dolor de cabeza, +/- convulsiones
- Encefalitis: pleocitosis y al menos uno de los siguientes: estado mental alterado, convulsiones, nueva aparición de hallazgos neurológicos focales, EEG anormal, anomalías cerebrales agudas en neuroimagen
- Sin diagnóstico conocido de etiología no infecciosa responsable de los síntomas
- Tiempo de inscripción: dentro de los 7 días posteriores al inicio de los síntomas, ya sea la presentación inicial o la exacerbación aguda del presunto síndrome infeccioso.
Criterios de muestra
- Líquido cefalorraquídeo disponible dentro de los 7 días posteriores al inicio de los síntomas Y dentro de los 3 días posteriores al ingreso o traslado al hospital, a menos que haya evidencia de exacerbación aguda definida por una disminución abrupta del estado clínico, empeoramiento de la pleocitosis u otros parámetros de laboratorio
- Mínimo de 600 microlitros (uL) de muestra clínica, almacenada a 4 grados Celsius (C) no más de 5 días (idealmente congelada a -70 grados Celsius dentro de las 24 horas posteriores a la recolección)
- No más de 3 ciclos de congelación-descongelación
Plan de estudios
Esta sección proporciona detalles del plan de estudio, incluido cómo está diseñado el estudio y qué mide el estudio.
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: DIAGNÓSTICO
- Asignación: N / A
- Modelo Intervencionista: SINGLE_GROUP
- Enmascaramiento: NINGUNO
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
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Experimental: pacientes inscritos para la prueba mNGS
Los pacientes con meningitis y/o encefalitis se inscribirán en este estudio para analizar la utilidad clínica de mNGS para la detección de patógenos.
No hay un grupo de control para este estudio (los investigadores identificarán los controles históricos mediante la revisión retrospectiva de las historias clínicas y los documentos de reembolso clínico).
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Este ensayo es una prueba metagenómica validada en laboratorio para la detección integral de virus, bacterias, hongos y parásitos en muestras clínicas.
Otros nombres:
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Número total de casos con al menos una respuesta del proveedor
Periodo de tiempo: dentro de 1 mes de la inscripción del paciente en el estudio
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Los investigadores evaluarán el impacto del ensayo mNGS mediante encuestas médicas y comentarios y debates de la Clinical Microbial Sequencing Board (CMSB) medidos por al menos 1 respuesta del proveedor por caso.
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dentro de 1 mes de la inscripción del paciente en el estudio
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Resultados clínicos: tiempo desde la recolección de líquido cefalorraquídeo hasta los resultados de mNGS
Periodo de tiempo: desde la admisión hasta 1 mes después del alta para cada paciente durante el período de inscripción del estudio
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Los investigadores revisarán los registros médicos para determinar el momento de la presentación inicial y medir el tiempo hasta los resultados de mNGS.
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desde la admisión hasta 1 mes después del alta para cada paciente durante el período de inscripción del estudio
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Resultados clínicos: duración de la estancia
Periodo de tiempo: desde la admisión hasta 1 mes después del alta para cada paciente durante el período de inscripción del estudio
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Los investigadores revisarán los registros médicos para determinar la duración de la estadía, incluido el alta a los centros de rehabilitación.
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desde la admisión hasta 1 mes después del alta para cada paciente durante el período de inscripción del estudio
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Resultados clínicos: categoría de diagnóstico final
Periodo de tiempo: desde la admisión hasta el momento de la revisión final del caso (1 mes después del alta o hasta un año)
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Los investigadores revisarán los registros médicos para determinar el diagnóstico final después de que se hayan realizado todas las pruebas de diagnóstico, incluida la secuenciación metagenómica de próxima generación y la autopsia, cuando corresponda.
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desde la admisión hasta el momento de la revisión final del caso (1 mes después del alta o hasta un año)
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Resultados clínicos: concordancia de mNGS con otras pruebas moleculares sobre patógenos del líquido cefalorraquídeo
Periodo de tiempo: desde la admisión hasta 1 mes después del alta para cada paciente durante el período de inscripción del estudio
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Los hallazgos de mNGS se compararon con las pruebas convencionales para determinar la concordancia.
Las pruebas convencionales incluyeron tanto las pruebas que se ordenaron como parte del estudio de cada paciente como las que se ordenaron para confirmar los hallazgos de mNGS en el líquido cefalorraquídeo (LCR).
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desde la admisión hasta 1 mes después del alta para cada paciente durante el período de inscripción del estudio
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Colaboradores e Investigadores
Aquí es donde encontrará personas y organizaciones involucradas en este estudio.
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Director de estudio: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Publicaciones y enlaces útiles
La persona responsable de ingresar información sobre el estudio proporciona voluntariamente estas publicaciones. Estos pueden ser sobre cualquier cosa relacionada con el estudio.
Publicaciones Generales
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Enlaces Útiles
Fechas de registro del estudio
Estas fechas rastrean el progreso del registro del estudio y los envíos de resultados resumidos a ClinicalTrials.gov. Los registros del estudio y los resultados informados son revisados por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) para asegurarse de que cumplan con los estándares de control de calidad específicos antes de publicarlos en el sitio web público.
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
1 de junio de 2016
Finalización primaria (Actual)
31 de julio de 2017
Finalización del estudio (Actual)
31 de julio de 2017
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
13 de septiembre de 2016
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
19 de septiembre de 2016
Publicado por primera vez (Estimar)
21 de septiembre de 2016
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Actual)
27 de mayo de 2021
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
7 de mayo de 2021
Última verificación
1 de mayo de 2021
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Términos MeSH relevantes adicionales
Otros números de identificación del estudio
- P0509948
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
SÍ
Descripción del plan IPD
Todos los datos de secuenciación genómica/metagenómica de este estudio estarán disponibles en NIH Sequence Read Archive o en la base de datos de NIH de genotipos y fenotipos (dbGaP), dependiendo de si se incluyen datos de secuencia humana.
Los investigadores tienen la intención de poner a disposición datos clínicos, de laboratorio y radiográficos auxiliares no identificados también a pedido.
Marco de tiempo para compartir IPD
El informe del estudio clínico se enviará para su publicación en junio de 2018.
Tipo de información de apoyo para compartir IPD
- RSC
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
No
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
Sí
Esta información se obtuvo directamente del sitio web clinicaltrials.gov sin cambios. Si tiene alguna solicitud para cambiar, eliminar o actualizar los detalles de su estudio, comuníquese con register@clinicaltrials.gov. Tan pronto como se implemente un cambio en clinicaltrials.gov, también se actualizará automáticamente en nuestro sitio web. .