Akuuttien tartuntatautien tarkkuusdiagnoosi; Neuroinflammatorinen kohortti (PDAID)
perjantai 7. toukokuuta 2021 päivittänyt: University of California, San Francisco
Metagenomisen seuraavan sukupolven sekvensoinnin kliininen toteutus akuuttien infektiotautien täsmälliseen diagnosointiin; Neuroinflammatorinen kohortti
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on käyttää kliinisesti validoitua metagenomista seuraavan sukupolven sekvensointitestiä (mNGS) tarjotakseen esittelyn tarkkuuslääketieteestä akuutin infektiotaudin diagnosoimiseksi sairaalapotilailla.
Kesäkuusta 2016 kesäkuuhun 2017 200 potilasta otetaan mukaan useista sairaaloista Kaliforniassa ja Kalifornian ulkopuolelta.
Potilaat arvioidaan sen määrittämiseksi, miten mNGS-määritys vaikuttaa diagnostiseen tuottoon, sairaalakustannuksiin ja kliinisiin tuloksiin.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Tila
Valmis
Interventio / Hoito
Yksityiskohtainen kuvaus
Tämän tutkimuksen tarkoituksena on käyttää kliinisesti validoitua metagenomista seuraavan sukupolven sekvensointitestiä (mNGS) tarjotakseen demonstraatiota tarkkuuslääketieteestä akuutin infektiotaudin diagnosoimiseksi sairaalahoidossa olevilla potilailla. Tavoitteena on vaikuttaa suoraan kliiniseen hoitoon ja parantaa potilaiden kuolleisuutta.
Tämä diagnostinen testi on aiemmin validoitu Clinical Laboratory Improvement Changes (CLIA) -sertifioidussa laboratoriossa, Kalifornian yliopiston San Franciscon kliinisen mikrobiologian laboratoriossa.
Kesäkuusta 2016 kesäkuuhun 2017 tutkijat rekisteröivät mahdollisesti 200 potilasta useista sairaaloista Kaliforniassa (University of California, San Francisco; University of California, Los Angeles; University of California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) ja Kalifornian ulkopuolelta (Children's National). Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) mNGS-testausta varten ja arvioi vaikutusta määritykseen diagnostiseen tuottoon, sairaalakustannuksiin ja kliinisiin tuloksiin.
Opintotyyppi
Interventio
Ilmoittautuminen (Todellinen)
214
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
California
-
Davis, California, Yhdysvallat, 95616
- University of California, Davis Medical Center
-
Los Angeles, California, Yhdysvallat, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
-
Los Angeles, California, Yhdysvallat, 90095
- University of California, Los Angeles Medical Center
-
San Francisco, California, Yhdysvallat, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
-
-
Colorado
-
Denver, Colorado, Yhdysvallat, 80045
- Children's Hospital Colordao
-
-
District of Columbia
-
Washington, District of Columbia, Yhdysvallat, 20010
- Children's National Medical Center
-
-
Tennessee
-
Nashville, Tennessee, Yhdysvallat, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
1 minuutti - 110 vuotta (AIKUINEN, OLDER_ADULT, LAPSI)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Sukupuolet, jotka voivat opiskella
Kaikki
Kuvaus
Poikkeukset:
- Potilaat 5150 tai 5250 psykiatrisessa säilöön
- vangit
- Kalifornian yliopiston työntekijät/opiskelijat tai jonkun tutkimuksen avainhenkilöiden läheiset työtovereita
- Avopotilaat ja/tai potilaat, joilla on krooninen sairaus
Sisällystäminen:
Demografiset kriteerit
- Ikä: mikä tahansa (ei ikärajaa)
- Kieli: mikä tahansa (tulkkauspalvelujen käyttö suostumuksen saamiseksi)
Seuraavien tartuntatautien oireyhtymiä ovat aivokalvontulehdus, enkefaliitti, kuume, sepsis ja keuhkokuume:
Kliiniset kriteerit
Sairaalaan ottaminen tai siirto, jossa diagnosoidaan oletettu tarttuva oireyhtymä tai infektiooireyhtymästä koostuva kliininen kuva, kuten alla on määritelty:
- Aivokalvontulehdus: kuume >38°C ja epänormaali kuvantaminen tai CSF:n pleosytoosi (CSF:n valkosolujen määrä (WBC) > 5 /mm^3) +/- niskajäykkyys, +/- päänsärky, +/- kohtaus
- Enkefaliitti: pleosytoosi ja vähintään yksi seuraavista: muuttunut henkinen tila, kohtaukset, uudet fokaaliset neurologiset löydökset, epänormaali EEG, akuutit aivopoikkeavuudet hermokuvauksessa
- Ei tunnettua diagnoosia oireiden aiheuttamasta ei-tarttuvasta etiologiasta
- Ilmoittautumisaika: 7 päivän kuluessa oireiden alkamisesta, joko oletetun tarttuvan oireyhtymän alkuvaiheesta tai akuutista pahenemisesta.
Mallikriteerit
- aivo-selkäydinnestettä saatavilla 7 päivän kuluessa oireiden alkamisesta JA 3 päivän kuluessa sairaalaan saapumisesta tai siirrosta, ellei ole näyttöä akuutista pahenemisesta, joka määritellään kliinisen tilan äkillisenä heikkenemisenä, pleosytoosin tai muiden laboratorioparametrien pahenemisena
- Vähintään 600 mikrolitraa (uL) kliinistä näytettä, säilytetty 4 celsiusasteessa (C) enintään 5 päivää (mieluiten pakastettuna -70 celsiusasteeseen 24 tunnin sisällä keräämisestä)
- Enintään 3 pakastus-sulatusjaksoa
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: DIAGNOSTIIKKA
- Jako: NA
- Inventiomalli: SINGLE_GROUP
- Naamiointi: EI MITÄÄN
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: mNGS-testaukseen otetut potilaat
Potilaat, joilla on aivokalvontulehdus ja/tai enkefaliitti, otetaan mukaan tähän tutkimukseen mNGS:n kliinisen hyödyn analysoimiseksi patogeenien havaitsemisessa.
Tälle tutkimukselle ei ole kontrolliryhmää (tutkijat tunnistavat historialliset kontrollit retrospektiivisen kaaviotarkistuksen ja kliinisen korvausasiakirjojen perusteella).
|
Tämä määritys on laboratoriossa validoitu metagenominen testi virusten, bakteerien, sienten ja loisten kattavaan havaitsemiseen kliinisistä näytteistä.
Muut nimet:
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Tapausten kokonaismäärä, joissa vähintään yksi palveluntarjoaja on vastannut
Aikaikkuna: kuukauden sisällä potilaan tutkimukseen ilmoittautumisesta
|
Tutkijat arvioivat mNGS-määrityksen vaikutusta kliinikon tutkimuksilla ja CMSB:n palautteen ja keskustelun avulla mitattuna vähintään yhden palveluntarjoajan vastauksella tapausta kohti.
|
kuukauden sisällä potilaan tutkimukseen ilmoittautumisesta
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Kliiniset tulokset: Aika aivo-selkäydinnesteen keräämisestä mNGS-tuloksiin
Aikaikkuna: pääsystä 1 kuukauteen kotiutuksen jälkeen kunkin potilaan osalta tutkimuksen ilmoittautumisjakson aikana
|
Tutkijat tarkistavat potilastiedot määrittääkseen ensimmäisen esittelyn ajan ja mittaavatkseen ajan mNGS-tuloksiin.
|
pääsystä 1 kuukauteen kotiutuksen jälkeen kunkin potilaan osalta tutkimuksen ilmoittautumisjakson aikana
|
|
Kliiniset tulokset: Oleskelun pituus
Aikaikkuna: pääsystä 1 kuukauteen kotiutuksen jälkeen kunkin potilaan osalta tutkimuksen ilmoittautumisjakson aikana
|
Tutkijat tarkistavat potilastiedot määrittääkseen oleskelun pituuden, mukaan lukien kotiutus kuntoutuspalveluihin.
|
pääsystä 1 kuukauteen kotiutuksen jälkeen kunkin potilaan osalta tutkimuksen ilmoittautumisjakson aikana
|
|
Kliiniset tulokset: Lopullisen diagnoosin luokka
Aikaikkuna: vastaanotosta tapauksen lopulliseen tarkasteluun (1 kuukausi vapautuksen jälkeen tai enintään vuosi)
|
Tutkijat tarkistavat lääketieteelliset tiedot lopullisen diagnoosin määrittämiseksi sen jälkeen, kun kaikki diagnostiset testit on suoritettu, mukaan lukien metagenominen Next-Gen-sekvensointi ja ruumiinavaus tarvittaessa.
|
vastaanotosta tapauksen lopulliseen tarkasteluun (1 kuukausi vapautuksen jälkeen tai enintään vuosi)
|
|
Kliiniset tulokset: mNGS:n yhteensopivuus muiden aivo-selkäydinnesteen patogeenien molekyylitestien kanssa
Aikaikkuna: pääsystä 1 kuukauteen kotiutuksen jälkeen kunkin potilaan osalta tutkimuksen ilmoittautumisjakson aikana
|
mNGS-löydöksiä verrattiin tavanomaiseen yhteensopivuustestaukseen.
Perinteinen testaus sisälsi sekä testejä, jotka tilattiin osana jokaista potilasta, että ne, joilla vahvistettiin aivo-selkäydinnesteen (CSF) mNGS-löydökset.
|
pääsystä 1 kuukauteen kotiutuksen jälkeen kunkin potilaan osalta tutkimuksen ilmoittautumisjakson aikana
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Opintojohtaja: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Julkaisuja ja hyödyllisiä linkkejä
Tutkimusta koskevien tietojen syöttämisestä vastaava henkilö toimittaa nämä julkaisut vapaaehtoisesti. Nämä voivat koskea mitä tahansa tutkimukseen liittyvää.
Yleiset julkaisut
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Hyödyllisiä linkkejä
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Keskiviikko 1. kesäkuuta 2016
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Maanantai 31. heinäkuuta 2017
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Maanantai 31. heinäkuuta 2017
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Tiistai 13. syyskuuta 2016
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Maanantai 19. syyskuuta 2016
Ensimmäinen Lähetetty (Arvio)
Keskiviikko 21. syyskuuta 2016
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Torstai 27. toukokuuta 2021
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Perjantai 7. toukokuuta 2021
Viimeksi vahvistettu
Lauantai 1. toukokuuta 2021
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Avainsanat
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- P0509948
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
JOO
IPD-suunnitelman kuvaus
Kaikki tämän tutkimuksen genominen/metagenominen sekvensointitiedot ovat saatavilla joko NIH Sequence Read Archivessa tai NIH:n genotyyppien ja fenotyyppien tietokannassa (dbGaP) riippuen siitä, sisällytetäänkö ihmissekvenssitietoja.
Tutkijat aikovat antaa pyynnöstä saataville myös tunnistamattomat oheiskliiniset, laboratorio- ja radiografiset tiedot.
IPD-jaon aikakehys
Kliinisen tutkimuksen raportti toimitetaan julkaistavaksi kesäkuuhun 2018 mennessä.
IPD-jakamista tukeva tietotyyppi
- CSR
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Joo
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .