Diagnosi di precisione delle malattie infettive acute; Coorte neuroinfiammatoria (PDAID)
7 maggio 2021 aggiornato da: University of California, San Francisco
Implementazione clinica del sequenziamento metagenomico di nuova generazione per la diagnosi di precisione delle malattie infettive acute; Coorte neuroinfiammatoria
Questo studio mira a utilizzare un test di sequenziamento metagenomico di nuova generazione (mNGS) clinicamente convalidato per fornire una dimostrazione della medicina di precisione per la diagnosi di malattie infettive acute nei pazienti ospedalizzati.
Da giugno 2016 a giugno 2017, 200 pazienti saranno arruolati da più ospedali in California e al di fuori della California.
I pazienti saranno valutati per determinare l'impatto del test mNGS sulla resa diagnostica, sui costi ospedalieri e sugli esiti clinici.
Panoramica dello studio
Stato
Completato
Condizioni
Intervento / Trattamento
Descrizione dettagliata
Questo studio mira a utilizzare un test di sequenziamento metagenomico di nuova generazione (mNGS) clinicamente convalidato per fornire una dimostrazione della medicina di precisione per la diagnosi di malattie infettive acute nei pazienti ospedalizzati, con l'obiettivo di avere un impatto diretto sull'assistenza clinica e migliorare la mortalità dei pazienti.
Questo test diagnostico è stato precedentemente convalidato in un laboratorio certificato CLIA (Clinical Laboratory Improvement Amendments), l'Università della California, San Francisco Clinical Microbiology Laboratory.
Da giugno 2016 a giugno 2017, i ricercatori arruoleranno in modo prospettico 200 pazienti provenienti da più ospedali in California (Università della California, San Francisco; Università della California, Los Angeles; Università della California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) e al di fuori della California (Children's National Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) per i test mNGS e valutare l'impatto del test sulla resa diagnostica, sui costi ospedalieri e sugli esiti clinici.
Tipo di studio
Interventistico
Iscrizione (Effettivo)
214
Fase
- Non applicabile
Contatti e Sedi
Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.
Luoghi di studio
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California
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Davis, California, Stati Uniti, 95616
- University of California, Davis Medical Center
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Los Angeles, California, Stati Uniti, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
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Los Angeles, California, Stati Uniti, 90095
- University Of California, Los Angeles Medical Center
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San Francisco, California, Stati Uniti, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
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Colorado
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Denver, Colorado, Stati Uniti, 80045
- Children's Hospital Colordao
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District of Columbia
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Washington, District of Columbia, Stati Uniti, 20010
- Children's National Medical Center
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Tennessee
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Nashville, Tennessee, Stati Uniti, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
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Criteri di partecipazione
I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.
Criteri di ammissibilità
Età idonea allo studio
Da 1 minuto a 110 anni (ADULTO, ANZIANO_ADULTO, BAMBINO)
Accetta volontari sani
No
Sessi ammissibili allo studio
Tutto
Descrizione
Esclusioni:
- Pazienti in una stiva psichiatrica 5150 o 5250
- Prigionieri
- Dipendenti/studenti dell'Università della California o stretti collaboratori di uno qualsiasi dei membri del personale chiave dello studio
- Ambulatori e/o pazienti con malattie croniche
Inclusione:
Criteri demografici
- Età: qualsiasi (nessun limite di età)
- Lingua: qualsiasi (con utilizzo di servizi di interpretariato per la raccolta del consenso)
Per quanto segue, le sindromi infettive includono meningite, encefalite, febbre, sepsi e polmonite:
Criteri clinici
Ricovero o trasferimento ospedaliero con diagnosi di presunta sindrome infettiva o presentazione clinica consistente in una sindrome infettiva, come di seguito definita:
- Meningite: febbre > 38°C e immagini anomale o pleiocitosi del liquido cerebrospinale (conta leucocitaria nel liquido cerebrospinale (globuli bianchi) > 5 /mm^3) +/- torcicollo, +/- cefalea, +/- convulsioni
- Encefalite: pleiocitosi e almeno uno dei seguenti: stato mentale alterato, convulsioni, nuova insorgenza di reperti neurologici focali, EEG anormale, anomalie cerebrali acute alla neuroimaging
- Nessuna diagnosi nota di eziologia non infettiva responsabile dei sintomi
- Tempo di arruolamento: entro 7 giorni dall'insorgenza dei sintomi, presentazione iniziale o esacerbazione acuta della presunta sindrome infettiva.
Criteri del campione
- liquido cerebrospinale disponibile entro 7 giorni dall'insorgenza dei sintomi ED entro 3 giorni dal ricovero in ospedale o dal trasferimento a meno che non vi sia evidenza di esacerbazione acuta come definita da brusco declino dello stato clinico, peggioramento della pleiocitosi o altri parametri di laboratorio
- Minimo 600 microlitri (uL) di campione clinico, conservato a 4 gradi Celsius (C) per non più di 5 giorni (idealmente congelato a -70 gradi Celsius entro 24 ore dalla raccolta)
- Non più di 3 cicli di congelamento-scongelamento
Piano di studio
Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.
Come è strutturato lo studio?
Dettagli di progettazione
- Scopo principale: DIAGNOSTICO
- Assegnazione: N / A
- Modello interventistico: SINGOLO_GRUPPO
- Mascheramento: NESSUNO
Armi e interventi
Gruppo di partecipanti / Arm |
Intervento / Trattamento |
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Sperimentale: pazienti arruolati per il test mNGS
I pazienti con meningite e/o encefalite saranno arruolati in questo studio al fine di analizzare l'utilità clinica di mNGS per il rilevamento dei patogeni.
Non esiste un gruppo di controllo per questo studio (gli investigatori identificheranno i controlli storici mediante revisione retrospettiva dei grafici e documenti di rimborso clinico).
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Questo test è un test metagenomico convalidato in laboratorio per il rilevamento completo di virus, batteri, funghi e parassiti in campioni clinici.
Altri nomi:
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Cosa sta misurando lo studio?
Misure di risultato primarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Numero totale di casi con almeno una risposta del fornitore
Lasso di tempo: entro 1 mese dall'arruolamento del paziente nello studio
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Gli investigatori valuteranno l'impatto del test mNGS mediante sondaggi clinici e feedback e discussione del Clinical Microbial Sequencing Board (CMSB) misurati da almeno 1 risposta del fornitore per caso.
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entro 1 mese dall'arruolamento del paziente nello studio
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Misure di risultato secondarie
Misura del risultato |
Misura Descrizione |
Lasso di tempo |
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Risultati clinici: tempo dalla raccolta del liquido cerebrospinale ai risultati mNGS
Lasso di tempo: dall'ammissione a 1 mese dopo la dimissione per ciascun paziente durante il periodo di iscrizione allo studio
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Gli investigatori esamineranno le cartelle cliniche per determinare il tempo della presentazione iniziale e misurare il tempo per i risultati mNGS.
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dall'ammissione a 1 mese dopo la dimissione per ciascun paziente durante il periodo di iscrizione allo studio
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Risultati clinici: durata del soggiorno
Lasso di tempo: dall'ammissione a 1 mese dopo la dimissione per ciascun paziente durante il periodo di iscrizione allo studio
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Gli investigatori esamineranno le cartelle cliniche per determinare la durata del soggiorno, inclusa la dimissione nelle strutture di riabilitazione.
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dall'ammissione a 1 mese dopo la dimissione per ciascun paziente durante il periodo di iscrizione allo studio
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Esiti clinici: categoria di diagnosi finale
Lasso di tempo: dall'ammissione al momento della revisione finale del caso (1 mese dopo la dimissione o fino a un anno)
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Gli investigatori esamineranno le cartelle cliniche per determinare la diagnosi finale dopo che tutti i test diagnostici sono stati eseguiti, incluso il sequenziamento metagenomico Next-Gen e l'autopsia, ove applicabile.
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dall'ammissione al momento della revisione finale del caso (1 mese dopo la dimissione o fino a un anno)
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Risultati clinici: concordanza di mNGS con altri test molecolari sugli agenti patogeni del liquido cerebrospinale
Lasso di tempo: dall'ammissione a 1 mese dopo la dimissione per ciascun paziente durante il periodo di iscrizione allo studio
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I risultati mNGS sono stati confrontati con i test convenzionali per la concordanza.
I test convenzionali includevano sia i test ordinati come parte del workup di ciascun paziente sia quelli ordinati per confermare i risultati di mNGS sul liquido cerebrospinale (CSF).
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dall'ammissione a 1 mese dopo la dimissione per ciascun paziente durante il periodo di iscrizione allo studio
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Collaboratori e investigatori
Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.
Collaboratori
Investigatori
- Investigatore principale: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Direttore dello studio: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Pubblicazioni e link utili
La persona responsabile dell'inserimento delle informazioni sullo studio fornisce volontariamente queste pubblicazioni. Questi possono riguardare qualsiasi cosa relativa allo studio.
Pubblicazioni generali
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Collegamenti utili
Studiare le date dei record
Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.
Studia le date principali
Inizio studio (Effettivo)
1 giugno 2016
Completamento primario (Effettivo)
31 luglio 2017
Completamento dello studio (Effettivo)
31 luglio 2017
Date di iscrizione allo studio
Primo inviato
13 settembre 2016
Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità
19 settembre 2016
Primo Inserito (Stima)
21 settembre 2016
Aggiornamenti dei record di studio
Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)
27 maggio 2021
Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC
7 maggio 2021
Ultimo verificato
1 maggio 2021
Maggiori informazioni
Termini relativi a questo studio
Parole chiave
Termini MeSH pertinenti aggiuntivi
Altri numeri di identificazione dello studio
- P0509948
Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)
Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?
SÌ
Descrizione del piano IPD
Tutti i dati di sequenziamento genomico / metagenomico di questo studio saranno resi disponibili presso NIH Sequence Read Archive o NIH database of Genotypes and Phenotypes (dbGaP), a seconda che i dati di sequenza umana siano inclusi.
Gli investigatori intendono rendere disponibili su richiesta anche dati clinici, di laboratorio e radiografici ausiliari non identificati.
Periodo di condivisione IPD
Il rapporto sullo studio clinico sarà presentato per la pubblicazione entro giugno 2018.
Tipo di informazioni di supporto alla condivisione IPD
- RSI
Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio
Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
No
Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti
Sì
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