Diagnóstico de Precisão de Doenças Infecciosas Agudas; Coorte Neuroinflamatória (PDAID)
7 de maio de 2021 atualizado por: University of California, San Francisco
Implementação Clínica de Sequenciamento Metagenômico de Próxima Geração para Diagnóstico de Precisão de Doenças Infecciosas Agudas; Coorte Neuroinflamatória
Este estudo tem como objetivo usar um ensaio de sequenciamento metagenômico de próxima geração (mNGS) clinicamente validado para fornecer uma demonstração de medicina de precisão para o diagnóstico de doenças infecciosas agudas em pacientes hospitalizados.
De junho de 2016 a junho de 2017, 200 pacientes serão inscritos de vários hospitais na Califórnia e fora da Califórnia.
Os pacientes serão avaliados para determinar o impacto do ensaio mNGS no rendimento diagnóstico, custos hospitalares e resultados clínicos.
Visão geral do estudo
Status
Concluído
Condições
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
Este estudo tem como objetivo usar um ensaio de sequenciamento metagenômico de próxima geração (mNGS) clinicamente validado para fornecer uma demonstração de medicina de precisão para o diagnóstico de doenças infecciosas agudas em pacientes hospitalizados, com o objetivo de impactar diretamente o atendimento clínico e melhorar a mortalidade do paciente.
Este teste de diagnóstico foi previamente validado em um laboratório certificado pela Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA), o Laboratório de Microbiologia Clínica da Universidade da Califórnia, San Francisco.
De junho de 2016 a junho de 2017, os investigadores inscreverão prospectivamente 200 pacientes de vários hospitais na Califórnia (Universidade da Califórnia, San Francisco; University of California, Los Angeles; University of California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) e fora da Califórnia (Children's National Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) para testes mNGS e avaliar o impacto do ensaio no rendimento diagnóstico, custos hospitalares e resultados clínicos.
Tipo de estudo
Intervencional
Inscrição (Real)
214
Estágio
- Não aplicável
Contactos e Locais
Esta seção fornece os detalhes de contato para aqueles que conduzem o estudo e informações sobre onde este estudo está sendo realizado.
Locais de estudo
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California
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Davis, California, Estados Unidos, 95616
- University of California, Davis Medical Center
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Los Angeles, California, Estados Unidos, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
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Los Angeles, California, Estados Unidos, 90095
- University of California, Los Angeles Medical Center
-
San Francisco, California, Estados Unidos, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
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Colorado
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Denver, Colorado, Estados Unidos, 80045
- Children's Hospital Colordao
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District of Columbia
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Washington, District of Columbia, Estados Unidos, 20010
- Children's National Medical Center
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Tennessee
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Nashville, Tennessee, Estados Unidos, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
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Critérios de participação
Os pesquisadores procuram pessoas que se encaixem em uma determinada descrição, chamada de critérios de elegibilidade. Alguns exemplos desses critérios são a condição geral de saúde de uma pessoa ou tratamentos anteriores.
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
1 minuto a 110 anos (ADULTO, OLDER_ADULT, CRIANÇA)
Aceita Voluntários Saudáveis
Não
Gêneros Elegíveis para o Estudo
Tudo
Descrição
Exclusões:
- Pacientes em internação psiquiátrica 5150 ou 5250
- Prisioneiros
- Funcionários/estudantes da Universidade da Califórnia ou associados próximos de qualquer um dos principais funcionários do estudo
- Pacientes ambulatoriais e/ou pacientes com doenças crônicas
Inclusão:
Critérios demográficos
- Idade: qualquer (sem limite de idade)
- Idioma: qualquer (com o uso de serviços de interpretação para obtenção de consentimento)
Para o seguinte, as síndromes infecciosas incluem meningite, encefalite, febre, sepse e pneumonia:
Critérios Clínicos
Admissão ou transferência hospitalar com diagnóstico de síndrome infecciosa presumida ou apresentação clínica consistente em síndrome infecciosa, conforme definido abaixo:
- Meningite: febre >38°C e imagem anormal ou pleocitose no LCR (contagem de glóbulos brancos no LCR (WBC) > 5 /mm^3) +/- rigidez do pescoço, +/- dor de cabeça, +/- convulsão
- Encefalite: pleocitose e pelo menos um dos seguintes: estado mental alterado, convulsões, novo aparecimento de achados neurológicos focais, EEG anormal, anormalidades cerebrais agudas em neuroimagem
- Nenhum diagnóstico conhecido de etiologia não infecciosa responsável pelos sintomas
- Tempo de inscrição: dentro de 7 dias após o início dos sintomas, seja apresentação inicial ou exacerbação aguda de síndrome infecciosa presumida.
Critérios de Amostra
- Líquido cefalorraquidiano disponível dentro de 7 dias após o início dos sintomas E dentro de 3 dias após a admissão ou transferência hospitalar, a menos que haja evidência de exacerbação aguda definida por declínio abrupto do estado clínico, piora da pleocitose ou outros parâmetros laboratoriais
- Mínimo de 600 microlitros (uL) de amostra clínica, armazenada a 4 graus Celsius (C) por não mais de 5 dias (idealmente congelada a -70 graus Celsius em até 24 horas após a coleta)
- Não mais do que 3 ciclos de congelamento e descongelamento
Plano de estudo
Esta seção fornece detalhes do plano de estudo, incluindo como o estudo é projetado e o que o estudo está medindo.
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Finalidade Principal: DIAGNÓSTICO
- Alocação: N / D
- Modelo Intervencional: SINGLE_GROUP
- Mascaramento: NENHUM
Armas e Intervenções
Grupo de Participantes / Braço |
Intervenção / Tratamento |
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Experimental: pacientes inscritos para teste de mNGS
Pacientes com meningite e/ou encefalite serão incluídos neste estudo para analisar a utilidade clínica do mNGS para detecção de patógenos.
Não há grupo de controle para este estudo (os investigadores identificarão os controles históricos por revisão retrospectiva de prontuários e documentos de reembolso clínico).
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Este ensaio é um teste metagenômico validado em laboratório para detecção abrangente de vírus, bactérias, fungos e parasitas em amostras clínicas.
Outros nomes:
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Número total de casos com pelo menos uma resposta do provedor
Prazo: dentro de 1 mês da inscrição do paciente no estudo
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Os investigadores avaliarão o impacto do ensaio mNGS por meio de pesquisas clínicas e feedback e discussão do Clinical Microbial Sequencing Board (CMSB), conforme medido por pelo menos 1 resposta do provedor por caso.
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dentro de 1 mês da inscrição do paciente no estudo
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Resultados Clínicos: Tempo Desde a Coleta de Líquido Cefalorraquidiano até os Resultados do mNGS
Prazo: desde a admissão até 1 mês após a alta para cada paciente durante o período de inscrição do estudo
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Os investigadores revisarão os registros médicos para determinar o tempo da apresentação inicial e medir o tempo para os resultados do mNGS.
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desde a admissão até 1 mês após a alta para cada paciente durante o período de inscrição do estudo
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Resultados Clínicos: Duração da Permanência
Prazo: desde a admissão até 1 mês após a alta para cada paciente durante o período de inscrição do estudo
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Os investigadores revisarão os registros médicos para determinar a duração da internação, incluindo a alta para as instalações de reabilitação.
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desde a admissão até 1 mês após a alta para cada paciente durante o período de inscrição do estudo
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Resultados Clínicos: Categoria de Diagnóstico Final
Prazo: desde a admissão até o momento da revisão final do caso (1 mês após a alta ou até um ano)
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Os investigadores revisarão os registros médicos para determinar o diagnóstico final após a realização de todos os testes de diagnóstico, incluindo sequenciamento metagenômico Next-Gen e autópsia, quando aplicável.
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desde a admissão até o momento da revisão final do caso (1 mês após a alta ou até um ano)
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Resultados Clínicos: Concordância de mNGS com outros testes moleculares em patógenos do líquido cefalorraquidiano
Prazo: desde a admissão até 1 mês após a alta para cada paciente durante o período de inscrição do estudo
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Os achados do mNGS foram comparados aos testes convencionais de concordância.
Os testes convencionais incluíram ambos os testes que foram solicitados como parte da avaliação de cada paciente e aqueles solicitados para confirmar os achados do mNGS no líquido cefalorraquidiano (LCR).
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desde a admissão até 1 mês após a alta para cada paciente durante o período de inscrição do estudo
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Colaboradores e Investigadores
É aqui que você encontrará pessoas e organizações envolvidas com este estudo.
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Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Diretor de estudo: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Publicações e links úteis
A pessoa responsável por inserir informações sobre o estudo fornece voluntariamente essas publicações. Estes podem ser sobre qualquer coisa relacionada ao estudo.
Publicações Gerais
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Links úteis
Datas de registro do estudo
Essas datas acompanham o progresso do registro do estudo e os envios de resumo dos resultados para ClinicalTrials.gov. Os registros do estudo e os resultados relatados são revisados pela National Library of Medicine (NLM) para garantir que atendam aos padrões específicos de controle de qualidade antes de serem publicados no site público.
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
1 de junho de 2016
Conclusão Primária (Real)
31 de julho de 2017
Conclusão do estudo (Real)
31 de julho de 2017
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
13 de setembro de 2016
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
19 de setembro de 2016
Primeira postagem (Estimativa)
21 de setembro de 2016
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
27 de maio de 2021
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
7 de maio de 2021
Última verificação
1 de maio de 2021
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
- P0509948
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
Planeja compartilhar dados de participantes individuais (IPD)?
SIM
Descrição do plano IPD
Todos os dados de sequenciamento genômico/metagenômico deste estudo serão disponibilizados no NIH Sequence Read Archive ou no banco de dados do NIH de genótipos e fenótipos (dbGaP), dependendo se os dados de sequência humana estão incluídos.
Os investigadores pretendem disponibilizar dados clínicos, laboratoriais e radiográficos auxiliares não identificados, mediante solicitação.
Prazo de Compartilhamento de IPD
O relatório do estudo clínico será submetido para publicação até junho de 2018.
Tipo de informação de suporte de compartilhamento de IPD
- CSR
Informações sobre medicamentos e dispositivos, documentos de estudo
Estuda um medicamento regulamentado pela FDA dos EUA
Não
Estuda um produto de dispositivo regulamentado pela FDA dos EUA
Sim
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