Präzisionsdiagnose akuter Infektionskrankheiten; Neuroinflammatorische Kohorte (PDAID)
7. Mai 2021 aktualisiert von: University of California, San Francisco
Klinische Umsetzung der metagenomischen Sequenzierung der nächsten Generation zur präzisen Diagnose akuter Infektionskrankheiten; Neuroinflammatorische Kohorte
Diese Studie zielt darauf ab, einen klinisch validierten metagenomischen Next-Generation-Sequencing (mNGS)-Assay zu verwenden, um die Präzisionsmedizin für die Diagnose akuter Infektionskrankheiten bei Krankenhauspatienten zu demonstrieren.
Von Juni 2016 bis Juni 2017 werden 200 Patienten aus mehreren Krankenhäusern in Kalifornien und außerhalb Kaliforniens aufgenommen.
Die Patienten werden bewertet, um die Auswirkungen des mNGS-Assays auf den diagnostischen Ertrag, die Krankenhauskosten und die klinischen Ergebnisse zu bestimmen.
Studienübersicht
Status
Abgeschlossen
Bedingungen
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Diese Studie zielt darauf ab, einen klinisch validierten metagenomischen Next-Generation-Sequencing (mNGS)-Assay zu verwenden, um die Präzisionsmedizin für die Diagnose akuter Infektionskrankheiten bei Krankenhauspatienten zu demonstrieren, mit dem Ziel, die klinische Versorgung direkt zu beeinflussen und die Patientensterblichkeit zu verbessern.
Dieser diagnostische Test wurde zuvor in einem Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA)-zertifizierten Labor, dem Clinical Microbiology Laboratory der University of California, San Francisco, validiert.
Von Juni 2016 bis Juni 2017 werden die Prüfärzte voraussichtlich 200 Patienten aus mehreren Krankenhäusern in Kalifornien (University of California, San Francisco; University of California, Los Angeles; University of California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) und außerhalb Kaliforniens (Children's National Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) für mNGS-Tests und evaluieren die Auswirkungen des Assays auf die diagnostische Ausbeute, die Krankenhauskosten und die klinischen Ergebnisse.
Studientyp
Interventionell
Einschreibung (Tatsächlich)
214
Phase
- Unzutreffend
Kontakte und Standorte
Dieser Abschnitt enthält die Kontaktdaten derjenigen, die die Studie durchführen, und Informationen darüber, wo diese Studie durchgeführt wird.
Studienorte
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California
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Davis, California, Vereinigte Staaten, 95616
- University of California, Davis Medical Center
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Los Angeles, California, Vereinigte Staaten, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
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Los Angeles, California, Vereinigte Staaten, 90095
- University Of California, Los Angeles Medical Center
-
San Francisco, California, Vereinigte Staaten, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
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Colorado
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Denver, Colorado, Vereinigte Staaten, 80045
- Children's Hospital Colordao
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-
District of Columbia
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Washington, District of Columbia, Vereinigte Staaten, 20010
- Children's National Medical Center
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Tennessee
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Nashville, Tennessee, Vereinigte Staaten, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
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Teilnahmekriterien
Forscher suchen nach Personen, die einer bestimmten Beschreibung entsprechen, die als Auswahlkriterien bezeichnet werden. Einige Beispiele für diese Kriterien sind der allgemeine Gesundheitszustand einer Person oder frühere Behandlungen.
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
1 Minute bis 110 Jahre (ERWACHSENE, OLDER_ADULT, KIND)
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Nein
Studienberechtigte Geschlechter
Alle
Beschreibung
Ausschlüsse:
- Patienten in psychiatrischer Warteschleife 5150 oder 5250
- Gefangene
- Mitarbeiter/Studenten der University of California oder enge Mitarbeiter eines der Schlüsselpersonen der Studie
- Ambulante Patienten und/oder Patienten mit chronischen Erkrankungen
Aufnahme:
Demografische Kriterien
- Alter: beliebig (keine Altersgrenze)
- Sprache: beliebig (mit Einsatz von Dolmetscherdiensten zur Einholung der Zustimmung)
Zu den infektiösen Syndromen gehören Meningitis, Enzephalitis, Fieber, Sepsis und Lungenentzündung:
Klinische Kriterien
Krankenhauseinweisung oder -verlegung mit Diagnose eines mutmaßlichen Infektionssyndroms oder klinischer Präsentation bestehend aus einem Infektionssyndrom, wie unten definiert:
- Meningitis: Fieber > 38 °C und anormale Bildgebung oder CSF-Pleozytose (CSF-Anzahl weißer Blutkörperchen (WBC) > 5 /mm^3) +/- steifer Nacken, +/- Kopfschmerzen, +/- Krampfanfälle
- Enzephalitis: Pleozytose und mindestens eines der folgenden: veränderter Geisteszustand, Krampfanfälle, neu auftretende fokale neurologische Befunde, abnormales EEG, akute Hirnanomalien in der Neurobildgebung
- Keine bekannte Diagnose einer nicht infektiösen Ätiologie, die für die Symptome verantwortlich ist
- Zeitpunkt der Aufnahme: innerhalb von 7 Tagen nach Auftreten der Symptome, entweder Erstvorstellung oder akute Exazerbation des vermuteten Infektionssyndroms.
Musterkriterien
- Liquor cerebrospinalis verfügbar innerhalb von 7 Tagen nach Symptombeginn UND innerhalb von 3 Tagen nach Krankenhausaufnahme oder Verlegung, es sei denn, es liegen Hinweise auf eine akute Exazerbation vor, definiert durch plötzlichen Rückgang des klinischen Zustands, Verschlechterung der Pleozytose oder anderer Laborparameter
- Mindestens 600 Mikroliter (µL) einer klinischen Probe, die bei 4 Grad Celsius (C) nicht länger als 5 Tage gelagert wird (idealerweise innerhalb von 24 Stunden nach der Entnahme bei -70 Grad Celsius eingefroren)
- Nicht mehr als 3 Gefrier-Tau-Zyklen
Studienplan
Dieser Abschnitt enthält Einzelheiten zum Studienplan, einschließlich des Studiendesigns und der Messung der Studieninhalte.
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
- Hauptzweck: DIAGNOSE
- Zuteilung: N / A
- Interventionsmodell: SINGLE_GROUP
- Maskierung: KEINER
Waffen und Interventionen
Teilnehmergruppe / Arm |
Intervention / Behandlung |
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Experimental: Patienten, die für mNGS-Tests angemeldet sind
Patienten mit Meningitis und/oder Enzephalitis werden in diese Studie aufgenommen, um den klinischen Nutzen von mNGS zum Nachweis von Krankheitserregern zu analysieren.
Es gibt keine Kontrollgruppe für diese Studie (Prüfärzte identifizieren historische Kontrollen durch retrospektive Überprüfung der Krankenakten und klinische Erstattungsdokumente).
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Dieser Assay ist ein laborvalidierter metagenomischer Test zum umfassenden Nachweis von Viren, Bakterien, Pilzen und Parasiten in klinischen Proben.
Andere Namen:
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Gesamtzahl der Fälle mit mindestens einer Antwort des Anbieters
Zeitfenster: innerhalb von 1 Monat nach Aufnahme des Patienten in die Studie
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Die Ermittler werden die Wirkung des mNGS-Assays durch klinische Umfragen und Rückmeldungen und Diskussionen des Clinical Microbial Sequencing Board (CMSB) bewerten, gemessen an der Antwort von mindestens 1 Anbieter pro Fall.
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innerhalb von 1 Monat nach Aufnahme des Patienten in die Studie
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Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Klinische Ergebnisse: Zeit von der Liquorsammlung bis zu den mNGS-Ergebnissen
Zeitfenster: von der Aufnahme bis 1 Monat nach der Entlassung für jeden Patienten während des Einschreibungszeitraums der Studie
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Die Ermittler überprüfen die Krankenakten, um den Zeitpunkt der Erstvorstellung zu bestimmen und die Zeit bis zum mNGS-Ergebnis zu messen.
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von der Aufnahme bis 1 Monat nach der Entlassung für jeden Patienten während des Einschreibungszeitraums der Studie
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Klinische Ergebnisse: Aufenthaltsdauer
Zeitfenster: von der Aufnahme bis 1 Monat nach der Entlassung für jeden Patienten während des Einschreibungszeitraums der Studie
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Die Ermittler werden die Krankenakten überprüfen, um die Aufenthaltsdauer einschließlich der Entlassung in Reha-Einrichtungen zu bestimmen.
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von der Aufnahme bis 1 Monat nach der Entlassung für jeden Patienten während des Einschreibungszeitraums der Studie
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Klinische Ergebnisse: Kategorie Enddiagnose
Zeitfenster: von der Aufnahme bis zum Zeitpunkt der abschließenden Fallbetrachtung (1 Monat nach Entlassung oder bis zu einem Jahr)
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Die Ermittler werden die medizinischen Aufzeichnungen überprüfen, um die endgültige Diagnose zu bestimmen, nachdem alle diagnostischen Tests durchgeführt wurden, einschließlich der metagenomischen Next-Gen-Sequenzierung und gegebenenfalls der Autopsie.
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von der Aufnahme bis zum Zeitpunkt der abschließenden Fallbetrachtung (1 Monat nach Entlassung oder bis zu einem Jahr)
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Klinische Ergebnisse: Übereinstimmung von mNGS mit anderen molekularen Tests auf Pathogene der Zerebrospinalflüssigkeit
Zeitfenster: von der Aufnahme bis 1 Monat nach der Entlassung für jeden Patienten während des Einschreibungszeitraums der Studie
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mNGS-Befunde wurden mit konventionellen Tests auf Übereinstimmung verglichen.
Herkömmliche Tests umfassten sowohl Tests, die als Teil der Aufarbeitung jedes Patienten bestellt wurden, als auch solche, um die mNGS-Ergebnisse der Zerebrospinalflüssigkeit (CSF) zu bestätigen.
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von der Aufnahme bis 1 Monat nach der Entlassung für jeden Patienten während des Einschreibungszeitraums der Studie
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Mitarbeiter und Ermittler
Hier finden Sie Personen und Organisationen, die an dieser Studie beteiligt sind.
Mitarbeiter
Ermittler
- Hauptermittler: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Studienleiter: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Publikationen und hilfreiche Links
Die Bereitstellung dieser Publikationen erfolgt freiwillig durch die für die Eingabe von Informationen über die Studie verantwortliche Person. Diese können sich auf alles beziehen, was mit dem Studium zu tun hat.
Allgemeine Veröffentlichungen
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Nützliche Links
Studienaufzeichnungsdaten
Diese Daten verfolgen den Fortschritt der Übermittlung von Studienaufzeichnungen und zusammenfassenden Ergebnissen an ClinicalTrials.gov. Studienaufzeichnungen und gemeldete Ergebnisse werden von der National Library of Medicine (NLM) überprüft, um sicherzustellen, dass sie bestimmten Qualitätskontrollstandards entsprechen, bevor sie auf der öffentlichen Website veröffentlicht werden.
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
1. Juni 2016
Primärer Abschluss (Tatsächlich)
31. Juli 2017
Studienabschluss (Tatsächlich)
31. Juli 2017
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
13. September 2016
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
19. September 2016
Zuerst gepostet (Schätzen)
21. September 2016
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
27. Mai 2021
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
7. Mai 2021
Zuletzt verifiziert
1. Mai 2021
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
- P0509948
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
Planen Sie, individuelle Teilnehmerdaten (IPD) zu teilen?
JA
Beschreibung des IPD-Plans
Alle genomischen/metagenomischen Sequenzierungsdaten aus dieser Studie werden entweder im NIH Sequence Read Archive oder in der NIH-Datenbank für Genotypen und Phänotypen (dbGaP) zur Verfügung gestellt, je nachdem, ob menschliche Sequenzdaten enthalten sind.
Die Prüfärzte beabsichtigen, auf Anfrage auch anonymisierte ergänzende klinische, Labor- und Röntgendaten zur Verfügung zu stellen.
IPD-Sharing-Zeitrahmen
Der klinische Studienbericht wird bis Juni 2018 zur Veröffentlichung eingereicht.
Art der unterstützenden IPD-Freigabeinformationen
- CSR
Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Nein
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
Ja
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