- ICH GCP
- USA klinikai vizsgálatok nyilvántartása
- Klinikai vizsgálat NCT02910037
Akut fertőző betegségek precíziós diagnosztikája; Neurogyulladásos kohorsz (PDAID)
2021. május 7. frissítette: University of California, San Francisco
A metagenomikus újgenerációs szekvenálás klinikai megvalósítása az akut fertőző betegségek precíziós diagnosztizálására; Neurogyulladásos kohorsz
Ennek a tanulmánynak az a célja, hogy klinikailag validált metagenomikus következő generációs szekvenálási (mNGS) vizsgálatot alkalmazzanak a kórházi betegek akut fertőző betegségeinek diagnosztizálására szolgáló precíziós gyógyászat bemutatására.
2016 júniusa és 2017 júniusa között 200 pácienst vesznek fel több kaliforniai és Kalifornián kívüli kórházból.
A betegeket értékelni fogják, hogy meghatározzák az mNGS vizsgálatnak a diagnosztikai eredményre, a kórházi költségekre és a klinikai eredményekre gyakorolt hatását.
A tanulmány áttekintése
Állapot
Befejezve
Körülmények
Beavatkozás / kezelés
Részletes leírás
Ennek a tanulmánynak az a célja, hogy klinikailag validált metagenomikus következő generációs szekvenálási (mNGS) vizsgálatot alkalmazzon a precíziós gyógyszer bemutatására a kórházi betegek akut fertőző betegségeinek diagnosztizálására, azzal a céllal, hogy közvetlenül befolyásolja a klinikai ellátást és javítsa a betegek mortalitását.
Ezt a diagnosztikai tesztet korábban a Clinical Laboratory Improvement Módosítások (CLIA) által tanúsított laboratóriumban, a Kaliforniai Egyetem San Francisco Klinikai Mikrobiológiai Laboratóriumában validálták.
2016 júniusa és 2017 júniusa között a nyomozók 200 beteget vesznek fel több kaliforniai kórházból (Kaliforniai Egyetem, San Francisco; University of California, Los Angeles; University of California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) és Kalifornián kívül (Children's National). Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) mNGS-tesztelés céljából, és értékelje a vizsgálatra gyakorolt hatást a diagnosztikai eredményre, a kórházi költségekre és a klinikai eredményekre.
Tanulmány típusa
Beavatkozó
Beiratkozás (Tényleges)
214
Fázis
- Nem alkalmazható
Kapcsolatok és helyek
Ez a rész a vizsgálatot végzők elérhetőségeit, valamint a vizsgálat lefolytatásának helyére vonatkozó információkat tartalmazza.
Tanulmányi helyek
-
-
California
-
Davis, California, Egyesült Államok, 95616
- University of California, Davis Medical Center
-
Los Angeles, California, Egyesült Államok, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
-
Los Angeles, California, Egyesült Államok, 90095
- University Of California, Los Angeles Medical Center
-
San Francisco, California, Egyesült Államok, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
-
-
Colorado
-
Denver, Colorado, Egyesült Államok, 80045
- Children's Hospital Colordao
-
-
District of Columbia
-
Washington, District of Columbia, Egyesült Államok, 20010
- Children's National Medical Center
-
-
Tennessee
-
Nashville, Tennessee, Egyesült Államok, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
-
-
Részvételi kritériumok
A kutatók olyan embereket keresnek, akik megfelelnek egy bizonyos leírásnak, az úgynevezett jogosultsági kritériumoknak. Néhány példa ezekre a kritériumokra a személy általános egészségi állapota vagy a korábbi kezelések.
Jogosultsági kritériumok
Tanulmányozható életkorok
1 perc (FELNŐTT, OLDER_ADULT, GYERMEK)
Egészséges önkénteseket fogad
Nem
Tanulmányozható nemek
Összes
Leírás
Kizárások:
- 5150 vagy 5250 pszichiátriai fogvatartott betegek
- Foglyok
- A Kaliforniai Egyetem alkalmazottai/hallgatói vagy a vizsgálatban részt vevő bármely kulcsfontosságú munkatárs közeli munkatársai
- Ambuláns és/vagy krónikus betegségben szenvedő betegek
Befogadás:
Demográfiai kritériumok
- Kor: bármilyen (korhatár nélkül)
- Nyelv: bármilyen (tolmácsszolgáltatás igénybevételével a hozzájárulás megszerzéséhez)
A következő esetekben a fertőző szindrómák közé tartozik az agyhártyagyulladás, az agyvelőgyulladás, a láz, a szepszis és a tüdőgyulladás:
Klinikai kritériumok
Kórházi felvétel vagy átszállítás feltételezett fertőző szindróma diagnosztizálásával vagy fertőző szindrómát magában foglaló klinikai megjelenéssel, az alábbiak szerint:
- Meningitis: 38°C feletti láz és rendellenes képalkotás vagy CSF pleocytosis (CSF fehérvérsejtszám (WBC) > 5 /mm^3) +/- nyakmerevség, +/- fejfájás, +/- görcsroham
- Encephalitis: pleocytosis és a következők legalább egyike: megváltozott mentális állapot, görcsrohamok, új gócos neurológiai leletek, kóros EEG, akut agyi rendellenességek a neuroimaging során
- A tünetekért felelős nem fertőző etiológiájú diagnózis nem ismert
- Beiratkozás időpontja: a tünetek megjelenésétől számított 7 napon belül, vagy a feltételezett fertőző szindróma kezdeti megjelenése vagy akut exacerbációja.
Példakritériumok
- agy-gerincvelői folyadék rendelkezésre áll a tünetek megjelenésétől számított 7 napon belül ÉS a kórházi felvételt vagy átadást követő 3 napon belül, kivéve, ha a klinikai állapot hirtelen romlása, a pleocytosis vagy más laboratóriumi paraméterek súlyosbodása által meghatározott akut exacerbáció bizonyítéka.
- Minimum 600 mikroliter (uL) klinikai minta, 4 Celsius-fokon (C) legfeljebb 5 napig tárolva (ideális esetben -70 Celsius fokon lefagyasztva a begyűjtést követő 24 órán belül)
- Legfeljebb 3 fagyasztási-olvadási ciklus
Tanulási terv
Ez a rész a vizsgálati terv részleteit tartalmazza, beleértve a vizsgálat megtervezését és a vizsgálat mérését.
Hogyan készül a tanulmány?
Tervezési részletek
- Elsődleges cél: DIAGNOSZTIKAI
- Kiosztás: NA
- Beavatkozó modell: SINGLE_GROUP
- Maszkolás: EGYIK SEM
Fegyverek és beavatkozások
Résztvevő csoport / kar |
Beavatkozás / kezelés |
---|---|
Kísérleti: mNGS-vizsgálatra bevont betegek
Meningitisben és/vagy encephalitisben szenvedő betegeket vonnak be ebbe a vizsgálatba, hogy elemezzék az mNGS klinikai hasznosságát a kórokozók kimutatására.
Ehhez a vizsgálathoz nincs kontrollcsoport (a vizsgálók retrospektív diagramok áttekintésével és klinikai térítési dokumentumokkal azonosítják a múltbeli kontrollokat).
|
Ez a vizsgálat egy laboratóriumilag validált metagenomikus teszt a vírusok, baktériumok, gombák és paraziták átfogó kimutatására klinikai mintákban.
Más nevek:
|
Mit mér a tanulmány?
Elsődleges eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
---|---|---|
A legalább egy szolgáltatói választ tartalmazó esetek teljes száma
Időkeret: a beteg vizsgálatba való felvételét követő 1 hónapon belül
|
A nyomozók az mNGS vizsgálat hatását a klinikai felmérések és a CMSB (Clinical Microbial Sequencing Board) visszajelzései és megbeszélései alapján értékelik, amelyet esetenként legalább 1 szolgáltatói válasz alapján mérnek.
|
a beteg vizsgálatba való felvételét követő 1 hónapon belül
|
Másodlagos eredményintézkedések
Eredménymérő |
Intézkedés leírása |
Időkeret |
---|---|---|
Klinikai eredmények: A cerebrospinális folyadékgyűjtéstől az mNGS-eredményekig eltelt idő
Időkeret: a felvételtől az elbocsátást követő 1 hónapig minden egyes beteg esetében a vizsgálati időszak alatt
|
A nyomozók áttekintik az orvosi feljegyzéseket, hogy meghatározzák a kezdeti megjelenés időpontját, és megmérjék az mNGS-eredményekhez szükséges időt.
|
a felvételtől az elbocsátást követő 1 hónapig minden egyes beteg esetében a vizsgálati időszak alatt
|
Klinikai eredmények: A tartózkodás időtartama
Időkeret: a felvételtől az elbocsátást követő 1 hónapig minden egyes beteg esetében a vizsgálati időszak alatt
|
A nyomozók áttekintik az orvosi feljegyzéseket, hogy meghatározzák a tartózkodás hosszát, beleértve a rehabilitációs intézményekbe való kibocsátást.
|
a felvételtől az elbocsátást követő 1 hónapig minden egyes beteg esetében a vizsgálati időszak alatt
|
Klinikai eredmények: végső diagnózis kategória
Időkeret: a felvételtől az ügy végső felülvizsgálatának időpontjáig (1 hónappal az elbocsátás után vagy legfeljebb egy évig)
|
A nyomozók áttekintik az orvosi feljegyzéseket a végső diagnózis megállapítása érdekében, miután minden diagnosztikai vizsgálatot elvégeztek, beleértve a metagenomikus Next-Gen szekvenálást és adott esetben a boncolást.
|
a felvételtől az ügy végső felülvizsgálatának időpontjáig (1 hónappal az elbocsátás után vagy legfeljebb egy évig)
|
Klinikai eredmények: Az mNGS összhangja a cerebrospinális folyadék kórokozóin végzett egyéb molekuláris tesztekkel
Időkeret: a felvételtől az elbocsátást követő 1 hónapig minden egyes beteg esetében a vizsgálati időszak alatt
|
Az mNGS eredményeket a hagyományos konkordancia-teszttel hasonlították össze.
A hagyományos tesztelés magában foglalta mind az egyes betegek kivizsgálása során elrendelt teszteket, mind a cerebrospinális folyadék (CSF) mNGS-leleteinek megerősítését.
|
a felvételtől az elbocsátást követő 1 hónapig minden egyes beteg esetében a vizsgálati időszak alatt
|
Együttműködők és nyomozók
Itt találhatja meg a tanulmányban érintett személyeket és szervezeteket.
Együttműködők
Nyomozók
- Kutatásvezető: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Tanulmányi igazgató: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Publikációk és hasznos linkek
A vizsgálattal kapcsolatos információk beviteléért felelős személy önkéntesen bocsátja rendelkezésre ezeket a kiadványokat. Ezek bármiről szólhatnak, ami a tanulmányhoz kapcsolódik.
Általános kiadványok
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Hasznos linkek
Tanulmányi rekorddátumok
Ezek a dátumok nyomon követik a ClinicalTrials.gov webhelyre benyújtott vizsgálati rekordok és összefoglaló eredmények benyújtásának folyamatát. A vizsgálati feljegyzéseket és a jelentett eredményeket a Nemzeti Orvostudományi Könyvtár (NLM) felülvizsgálja, hogy megbizonyosodjon arról, hogy megfelelnek-e az adott minőség-ellenőrzési szabványoknak, mielőtt közzéteszik őket a nyilvános weboldalon.
Tanulmány főbb dátumok
Tanulmány kezdete (Tényleges)
2016. június 1.
Elsődleges befejezés (Tényleges)
2017. július 31.
A tanulmány befejezése (Tényleges)
2017. július 31.
Tanulmányi regisztráció dátumai
Először benyújtva
2016. szeptember 13.
Először nyújtották be, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
2016. szeptember 19.
Első közzététel (Becslés)
2016. szeptember 21.
Tanulmányi rekordok frissítései
Utolsó frissítés közzétéve (Tényleges)
2021. május 27.
Az utolsó frissítés elküldve, amely megfelel a minőségbiztosítási kritériumoknak
2021. május 7.
Utolsó ellenőrzés
2021. május 1.
Több információ
A tanulmányhoz kapcsolódó kifejezések
Kulcsszavak
További vonatkozó MeSH feltételek
Egyéb vizsgálati azonosító számok
- P0509948
Terv az egyéni résztvevői adatokhoz (IPD)
Tervezi megosztani az egyéni résztvevői adatokat (IPD)?
IGEN
IPD terv leírása
A vizsgálatból származó összes genomiális/metagenomikus szekvenálási adat elérhető lesz a NIH Sequence Read Archive vagy az NIH genotípusok és fenotípusok adatbázisában (dbGaP), attól függően, hogy humán szekvenciaadatokat tartalmaznak-e.
A nyomozók kérésre az azonosítás nélküli kiegészítő klinikai, laboratóriumi és radiográfiai adatokat is elérhetővé kívánják tenni.
IPD megosztási időkeret
A klinikai vizsgálati jelentést 2018 júniusáig benyújtják közzétételre.
Az IPD megosztását támogató információ típusa
- CSR
Gyógyszer- és eszközinformációk, tanulmányi dokumentumok
Egy amerikai FDA által szabályozott gyógyszerkészítményt tanulmányoz
Nem
Egy amerikai FDA által szabályozott eszközterméket tanulmányoz
Igen
Ezt az információt közvetlenül a clinicaltrials.gov webhelyről szereztük be, változtatás nélkül. Ha bármilyen kérése van vizsgálati adatainak módosítására, eltávolítására vagy frissítésére, kérjük, írjon a következő címre: register@clinicaltrials.gov. Amint a változás bevezetésre kerül a clinicaltrials.gov oldalon, ez a webhelyünkön is automatikusan frissül. .
Klinikai vizsgálatok a Agyvelőgyulladás
-
PATHBefejezveEncephalitis, japán BFülöp-szigetek
-
Mahidol UniversityBefejezve
-
Cancer Institute and Hospital, Chinese Academy...Aktív, nem toborzóJapán encephalitis vírusos betegségKína
-
PATHQuintiles, Inc.; Mahidol University; Research Institute for Tropical Medicine, Manila...BefejezveEncephalitis, japán BFülöp-szigetek
-
Sanofi Pasteur, a Sanofi CompanyBefejezveJapán agyvelőgyulladás | Japán encephalitis vírusos betegségKoreai Köztársaság
-
California Pacific Medical Center Research InstituteGenentech, Inc.BefejezveKrónikus fokális encephalitis | Rasmussen-encephalitisEgyesült Államok
-
Sykehuset TelemarkNorwegian Institute of Public Health; Oslo University Hospital; Sorlandet Hospital HF és más munkatársakToborzás
-
Valneva Austria GmbHBefejezveAgyvelőgyulladásFülöp-szigetek
-
Valneva Austria GmbHBefejezveAgyvelőgyulladásEgyesült Államok, Ausztrália, Dánia, Németország, Svédország
-
National Institute of Hygiene and Epidemiology,...Ministry of Health, Vietnam; Ministry of Science and Technology, VietnamBefejezve
Klinikai vizsgálatok a mNGS a kórokozók kimutatására
-
Samsung MedisonUniversity of RochesterIsmeretlenMellrák | Mellsérülések | MellmiseEgyesült Államok