Přesná diagnostika akutních infekčních chorob; Neurozánětlivá kohorta (PDAID)
7. května 2021 aktualizováno: University of California, San Francisco
Klinická implementace metagenomického sekvenování nové generace pro přesnou diagnostiku akutních infekčních onemocnění; Neurozánětlivá kohorta
Tato studie si klade za cíl použít klinicky ověřený test metagenomického sekvenování nové generace (mNGS) k poskytnutí demonstrace přesné medicíny pro diagnostiku akutních infekčních onemocnění u hospitalizovaných pacientů.
Od června 2016 do června 2017 bude zařazeno 200 pacientů z několika nemocnic v Kalifornii i mimo ni.
Pacienti budou hodnoceni, aby se určil dopad testu mNGS na diagnostický výtěžek, náklady nemocnice a klinické výsledky.
Přehled studie
Postavení
Dokončeno
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Tato studie si klade za cíl použít klinicky ověřený test metagenomického sekvenování nové generace (mNGS) k poskytnutí demonstrace přesné medicíny pro diagnostiku akutních infekčních onemocnění u hospitalizovaných pacientů s cílem přímo ovlivnit klinickou péči a zlepšit úmrtnost pacientů.
Tento diagnostický test byl již dříve validován v laboratoři certifikované Clinical Laboratory Improvement Accessories (CLIA) na Kalifornské univerzitě v San Francisco Clinical Microbiology Laboratory.
Od června 2016 do června 2017 vyšetřovatelé prospektivně zapíší 200 pacientů z několika nemocnic v Kalifornii (University of California, San Francisco; University of California, Los Angeles; University of California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) a mimo Kalifornii (Children's National Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) pro testování mNGS a zhodnocení dopadu testu na diagnostický výtěžek, náklady nemocnice a klinické výsledky.
Typ studie
Intervenční
Zápis (Aktuální)
214
Fáze
- Nelze použít
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní místa
-
-
California
-
Davis, California, Spojené státy, 95616
- University of California, Davis Medical Center
-
Los Angeles, California, Spojené státy, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
-
Los Angeles, California, Spojené státy, 90095
- University Of California, Los Angeles Medical Center
-
San Francisco, California, Spojené státy, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
-
-
Colorado
-
Denver, Colorado, Spojené státy, 80045
- Children's Hospital Colordao
-
-
District of Columbia
-
Washington, District of Columbia, Spojené státy, 20010
- Children's National Medical Center
-
-
Tennessee
-
Nashville, Tennessee, Spojené státy, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
1 minuta až 110 let (DOSPĚLÝ, OLDER_ADULT, DÍTĚ)
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Pohlaví způsobilá ke studiu
Všechno
Popis
Vyloučení:
- Pacienti na 5150 nebo 5250 psychiatrických blocích
- Vězni
- Zaměstnanci/studenti Kalifornské univerzity nebo blízcí spolupracovníci některého z klíčových pracovníků studie
- Ambulantní pacienti a/nebo pacienti s chronickým onemocněním
Zařazení:
Demografická kritéria
- Věk: libovolný (bez věkového omezení)
- Jazyk: libovolný (s využitím tlumočnických služeb pro získání souhlasu)
Mezi infekční syndromy patří meningitida, encefalitida, horečka, sepse a pneumonie:
Klinická kritéria
Přijetí do nemocnice nebo převoz s diagnózou předpokládaného infekčního syndromu nebo klinického projevu spočívajícího v infekčním syndromu, jak je definován níže:
- Meningitida: horečka >38 °C a abnormální zobrazení nebo pleocytóza CSF (počet bílých krvinek v CSF (WBC) > 5 /mm^3) +/- ztuhlost šíje, +/- bolest hlavy, +/- záchvat
- Encefalitida: pleocytóza a alespoň jeden z následujících stavů: změněný duševní stav, záchvaty, nový výskyt fokálních neurologických nálezů, abnormální EEG, akutní mozkové abnormality na neurozobrazování
- Žádná známá diagnóza neinfekční etiologie zodpovědná za symptomy
- Doba zařazení: do 7 dnů od nástupu symptomů, buď počáteční prezentace nebo akutní exacerbace předpokládaného infekčního syndromu.
Vzorová kritéria
- mozkomíšní mok dostupný do 7 dnů od nástupu příznaků A do 3 dnů od přijetí nebo převozu do nemocnice, pokud se neprokáže akutní exacerbace definovaná náhlým poklesem klinického stavu, zhoršením pleocytózy nebo jinými laboratorními parametry
- Minimálně 600 mikrolitrů (ul) klinického vzorku, skladovaného při 4 stupních Celsia (C) ne déle než 5 dní (ideálně zmrazené na -70 stupňů Celsia do 24 hodin od odběru)
- Ne více než 3 cykly zmrazení-rozmrazení
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
- Primární účel: DIAGNOSTICKÝ
- Přidělení: NA
- Intervenční model: SINGLE_GROUP
- Maskování: ŽÁDNÝ
Zbraně a zásahy
Skupina účastníků / Arm |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Experimentální: pacientů zapsaných k testování mNGS
Do této studie budou zařazeni pacienti s meningitidou a/nebo encefalitidou za účelem analýzy klinické užitečnosti mNGS pro detekci patogenů.
Pro tuto studii neexistuje žádná kontrolní skupina (zkoušející určí historické kontroly pomocí retrospektivního přehledu grafů a dokumentů o klinických úhradách).
|
Tento test je laboratorně ověřený metagenomický test pro komplexní detekci virů, bakterií, hub a parazitů v klinických vzorcích.
Ostatní jména:
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Celkový počet případů s alespoň jednou odpovědí poskytovatele
Časové okno: do 1 měsíce od zařazení pacienta do studie
|
Vyšetřovatelé vyhodnotí dopad testu mNGS na základě klinických průzkumů a zpětné vazby a diskuse Clinical Microbial Sequencing Board (CMSB), které budou měřeny alespoň 1 odpovědí poskytovatele na případ.
|
do 1 měsíce od zařazení pacienta do studie
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Klinické výsledky: Doba od odběru mozkomíšního moku do výsledků mNGS
Časové okno: od přijetí do 1 měsíce po propuštění pro každého pacienta během období zařazení do studie
|
Vyšetřovatelé zkontrolují lékařské záznamy, aby určili čas počáteční prezentace a změřili čas do výsledků mNGS.
|
od přijetí do 1 měsíce po propuštění pro každého pacienta během období zařazení do studie
|
|
Klinické výsledky: Délka pobytu
Časové okno: od přijetí do 1 měsíce po propuštění pro každého pacienta během období zařazení do studie
|
Vyšetřovatelé prozkoumají lékařské záznamy, aby určili délku pobytu včetně propuštění do rehabilitačních zařízení.
|
od přijetí do 1 měsíce po propuštění pro každého pacienta během období zařazení do studie
|
|
Klinické výsledky: Kategorie konečné diagnózy
Časové okno: od přijetí do doby závěrečného přezkoumání případu (1 měsíc po propuštění nebo až jeden rok)
|
Vyšetřovatelé zkontrolují lékařské záznamy, aby určili konečnou diagnózu poté, co byly provedeny všechny diagnostické testy včetně metagenomického sekvenování příští generace a případně pitvy.
|
od přijetí do doby závěrečného přezkoumání případu (1 měsíc po propuštění nebo až jeden rok)
|
|
Klinické výsledky: Shoda mNGS s jinými molekulárními testy na patogeny mozkomíšního moku
Časové okno: od přijetí do 1 měsíce po propuštění pro každého pacienta během období zařazení do studie
|
Nálezy mNGS byly porovnány s konvenčním testováním konkordance.
Konvenční testování zahrnovalo jak testy, které byly objednány jako součást každého vyšetření pacientů, tak testy, které měly potvrdit nálezy mNGS v mozkomíšním moku (CSF).
|
od přijetí do 1 měsíce po propuštění pro každého pacienta během období zařazení do studie
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Ředitel studie: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Publikace a užitečné odkazy
Osoba odpovědná za zadávání informací o studiu tyto publikace poskytuje dobrovolně. Mohou se týkat čehokoli, co souvisí se studiem.
Obecné publikace
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Užitečné odkazy
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
1. června 2016
Primární dokončení (Aktuální)
31. července 2017
Dokončení studie (Aktuální)
31. července 2017
Termíny zápisu do studia
První předloženo
13. září 2016
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
19. září 2016
První zveřejněno (Odhad)
21. září 2016
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
27. května 2021
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
7. května 2021
Naposledy ověřeno
1. května 2021
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- P0509948
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
ANO
Popis plánu IPD
Všechna data genomického / metagenomického sekvenování z této studie budou zpřístupněna buď v NIH Sequence Read Archive nebo NIH databázi genotypů a fenotypů (dbGaP), v závislosti na tom, zda jsou zahrnuta data lidské sekvence.
Zkoušející mají v úmyslu na požádání zpřístupnit i deidentifikovaná doplňková klinická, laboratorní a rentgenová data.
Časový rámec sdílení IPD
Zpráva o klinické studii bude předložena ke zveřejnění do června 2018.
Typ podpůrných informací pro sdílení IPD
- CSR
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ano
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .