Precisionsdiagnos av akuta infektionssjukdomar; Neuroinflammatorisk kohort (PDAID)
7 maj 2021 uppdaterad av: University of California, San Francisco
Klinisk implementering av metagenomisk nästa generations sekvensering för precisionsdiagnostik av akuta infektionssjukdomar; Neuroinflammatorisk kohort
Denna studie syftar till att använda en kliniskt validerad metagenomisk nästa generations sekvenseringsanalys (mNGS) för att ge en demonstration av precisionsmedicin för diagnos av akut infektionssjukdom hos inlagda patienter.
Från juni 2016 till juni 2017 kommer 200 patienter att skrivas in från flera sjukhus i Kalifornien och utanför Kalifornien.
Patienterna kommer att utvärderas för att fastställa effekten på mNGS-analysen på diagnostiskt utbyte, sjukhuskostnader och kliniska resultat.
Studieöversikt
Status
Avslutad
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljerad beskrivning
Denna studie syftar till att använda en kliniskt validerad metagenomisk nästa generations sekvenseringsanalys (mNGS) för att ge en demonstration av precisionsmedicin för diagnos av akut infektionssjukdom hos sjukhuspatienter, med målet att direkt påverka den kliniska vården och förbättra patientdödligheten.
Detta diagnostiska test har tidigare validerats i ett Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA)-certifierat laboratorium, University of California, San Francisco Clinical Microbiology Laboratory.
Från juni 2016 till juni 2017 kommer utredarna att rekrytera 200 patienter från flera sjukhus i Kalifornien (University of California, San Francisco; University of California, Los Angeles; University of California, Davis; Children's Hospital Los Angeles) och utanför Kalifornien (Children's National Medical Center, Children's Hospital Colorado, St. Jude Children's Research Hospital) för mNGS-testning, och utvärdera effekten på analysen på diagnostiskt utbyte, sjukhuskostnader och kliniska resultat.
Studietyp
Interventionell
Inskrivning (Faktisk)
214
Fas
- Inte tillämpbar
Kontakter och platser
Det här avsnittet innehåller kontaktuppgifter för dem som genomför studien och information om var denna studie genomförs.
Studieorter
-
-
California
-
Davis, California, Förenta staterna, 95616
- University of California, Davis Medical Center
-
Los Angeles, California, Förenta staterna, 90027
- Children's Hospital Los Angeles
-
Los Angeles, California, Förenta staterna, 90095
- University Of California, Los Angeles Medical Center
-
San Francisco, California, Förenta staterna, 94116
- University of California, San Francisco Medical Center
-
-
Colorado
-
Denver, Colorado, Förenta staterna, 80045
- Children's Hospital Colordao
-
-
District of Columbia
-
Washington, District of Columbia, Förenta staterna, 20010
- Children's National Medical Center
-
-
Tennessee
-
Nashville, Tennessee, Förenta staterna, 37212
- St. Jude Children's Research Hospital
-
-
Deltagandekriterier
Forskare letar efter personer som passar en viss beskrivning, så kallade behörighetskriterier. Några exempel på dessa kriterier är en persons allmänna hälsotillstånd eller tidigare behandlingar.
Urvalskriterier
Åldrar som är berättigade till studier
1 minut till 110 år (VUXEN, OLDER_ADULT, BARN)
Tar emot friska volontärer
Nej
Kön som är behöriga för studier
Allt
Beskrivning
Undantag:
- Patienter på 5150 eller 5250 psykiatrisk håll
- Fångar
- University of California anställda/studenter eller nära medarbetare till någon av nyckelpersonerna i studien
- Öppenvårdspatienter och/eller patienter med kronisk sjukdom
Inkludering:
Demografiska kriterier
- Ålder: valfri (ingen åldersgräns)
- Språk: alla (med användning av tolktjänster för att erhålla samtycke)
För följande inkluderar de infektionssyndromen meningit, encefalit, feber, sepsis och lunginflammation:
Kliniska kriterier
Sjukhusinläggning eller överföring med diagnos av ett förmodat infektionssyndrom eller klinisk presentation som består av ett infektionssyndrom, enligt definitionen nedan:
- Meningit: feber >38°C och onormal bildbehandling eller CSF-pleocytos (CSF vita blodkroppar (WBC) > 5 /mm^3) +/- stel nacke, +/- huvudvärk, +/- anfall
- Encefalit: pleocytos och minst ett av följande: förändrat mentalt tillstånd, kramper, nystart av fokala neurologiska fynd, onormalt EEG, akuta hjärnavvikelser vid neuroimaging
- Ingen känd diagnos av icke-infektiös etiologi ansvarig för symtom
- Tidpunkt för inskrivning: inom 7 dagar efter debut av symtom, antingen initial presentation eller akut exacerbation av förmodat infektionssyndrom.
Provkriterier
- cerebrospinalvätska tillgänglig inom 7 dagar efter symtomdebut OCH inom 3 dagar efter sjukhusinläggning eller överföring såvida inte bevis för akut exacerbation enligt definitionen av plötslig nedgång i klinisk status, försämrad pleocytos eller andra laboratorieparametrar
- Minst 600 mikroliter (uL) kliniskt prov, förvarat vid 4 grader Celsius (C) högst 5 dagar (helst fryst i -70 grader Celsius inom 24 timmar efter insamling)
- Högst 3 frys-upptiningscykler
Studieplan
Det här avsnittet ger detaljer om studieplanen, inklusive hur studien är utformad och vad studien mäter.
Hur är studien utformad?
Designdetaljer
- Primärt syfte: DIAGNOSTISK
- Tilldelning: NA
- Interventionsmodell: SINGLE_GROUP
- Maskning: INGEN
Vapen och interventioner
Deltagargrupp / Arm |
Intervention / Behandling |
|---|---|
|
Experimentell: patienter inskrivna för mNGS-testning
Patienter med meningit och/eller encefalit kommer att inkluderas i denna studie för att analysera den kliniska användbarheten av mNGS för patogendetektion.
Det finns ingen kontrollgrupp för denna studie (utredarna kommer att identifiera historiska kontroller genom retrospektiv diagramgenomgång och kliniska ersättningsdokument).
|
Denna analys är ett laboratorievaliderat metagenomiskt test för omfattande detektion av virus, bakterier, svampar och parasiter i kliniska prover.
Andra namn:
|
Vad mäter studien?
Primära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Totalt antal ärenden med minst en leverantörssvar
Tidsram: inom 1 månad efter patientregistrering i studien
|
Utredarna kommer att utvärdera effekten av mNGS-analysen genom klinikerundersökningar och Clinical Microbial Sequencing Board (CMSB) feedback och diskussion mätt med minst 1 leverantörssvar per fall.
|
inom 1 månad efter patientregistrering i studien
|
Sekundära resultatmått
Resultatmått |
Åtgärdsbeskrivning |
Tidsram |
|---|---|---|
|
Kliniska resultat: Tid från insamling av cerebrospinalvätska till mNGS-resultat
Tidsram: från intagning till 1 månad efter utskrivning för varje patient under studiens inskrivningsperiod
|
Utredarna kommer att granska medicinska journaler för att fastställa tidpunkten för den första presentationen och mäta tiden till mNGS-resultat.
|
från intagning till 1 månad efter utskrivning för varje patient under studiens inskrivningsperiod
|
|
Kliniska resultat: Vistelsens längd
Tidsram: från intagning till 1 månad efter utskrivning för varje patient under studiens inskrivningsperiod
|
Utredarna kommer att granska medicinska journaler för att fastställa vistelsens längd inklusive utskrivning till rehabanläggningar.
|
från intagning till 1 månad efter utskrivning för varje patient under studiens inskrivningsperiod
|
|
Kliniska resultat: Slutlig diagnoskategori
Tidsram: från antagning till tidpunkten för slutlig ärendeprövning (1 månad efter utskrivning eller upp till ett år)
|
Utredarna kommer att granska medicinska journaler för att fastställa den slutliga diagnosen efter att alla diagnostiska tester har utförts, inklusive metagenomisk Next-Gen-sekvensering och obduktion där tillämpligt.
|
från antagning till tidpunkten för slutlig ärendeprövning (1 månad efter utskrivning eller upp till ett år)
|
|
Kliniska resultat: Överensstämmelse mellan mNGS och andra molekylära tester på cerebrospinalvätskepatogener
Tidsram: från intagning till 1 månad efter utskrivning för varje patient under studiens inskrivningsperiod
|
mNGS-fynd jämfördes med konventionella tester för konkordans.
Konventionella tester inkluderade både tester som beställdes som en del av varje patientupparbetning och de som beställdes för att bekräfta mNGS-fynd på cerebrospinalvätska (CSF).
|
från intagning till 1 månad efter utskrivning för varje patient under studiens inskrivningsperiod
|
Samarbetspartners och utredare
Det är här du hittar personer och organisationer som är involverade i denna studie.
Samarbetspartners
Utredare
- Huvudutredare: Charles Y Chiu, MD, PhD, University of California, San Francisco
- Studierektor: Hannah Sample, BS, University of California, San Francisco
Publikationer och användbara länkar
Den som ansvarar för att lägga in information om studien tillhandahåller frivilligt dessa publikationer. Dessa kan handla om allt som har med studien att göra.
Allmänna publikationer
- Wilson MR, Naccache SN, Samayoa E, Biagtan M, Bashir H, Yu G, Salamat SM, Somasekar S, Federman S, Miller S, Sokolic R, Garabedian E, Candotti F, Buckley RH, Reed KD, Meyer TL, Seroogy CM, Galloway R, Henderson SL, Gern JE, DeRisi JL, Chiu CY. Actionable diagnosis of neuroleptospirosis by next-generation sequencing. N Engl J Med. 2014 Jun 19;370(25):2408-17. doi: 10.1056/NEJMoa1401268. Epub 2014 Jun 4.
- Greninger AL, Messacar K, Dunnebacke T, Naccache SN, Federman S, Bouquet J, Mirsky D, Nomura Y, Yagi S, Glaser C, Vollmer M, Press CA, Kleinschmidt-DeMasters BK, Dominguez SR, Chiu CY. Clinical metagenomic identification of Balamuthia mandrillaris encephalitis and assembly of the draft genome: the continuing case for reference genome sequencing. Genome Med. 2015 Dec 1;7:113. doi: 10.1186/s13073-015-0235-2. Erratum In: Genome Med. 2016;8(1):1. Klenschmidt-DeMasters, Bette K [corrected to Kleinschmidt-DeMasters, Bette K].
- Naccache SN, Peggs KS, Mattes FM, Phadke R, Garson JA, Grant P, Samayoa E, Federman S, Miller S, Lunn MP, Gant V, Chiu CY. Diagnosis of neuroinvasive astrovirus infection in an immunocompromised adult with encephalitis by unbiased next-generation sequencing. Clin Infect Dis. 2015 Mar 15;60(6):919-23. doi: 10.1093/cid/ciu912. Epub 2015 Jan 7.
- Greninger AL, Naccache SN, Messacar K, Clayton A, Yu G, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Anderson C, Yagi S, Messenger S, Wadford D, Xia D, Watt JP, Van Haren K, Dominguez SR, Glaser C, Aldrovandi G, Chiu CY. A novel outbreak enterovirus D68 strain associated with acute flaccid myelitis cases in the USA (2012-14): a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 2015 Jun;15(6):671-82. doi: 10.1016/S1473-3099(15)70093-9. Epub 2015 Mar 31.
- Naccache SN, Federman S, Veeraraghavan N, Zaharia M, Lee D, Samayoa E, Bouquet J, Greninger AL, Luk KC, Enge B, Wadford DA, Messenger SL, Genrich GL, Pellegrino K, Grard G, Leroy E, Schneider BS, Fair JN, Martinez MA, Isa P, Crump JA, DeRisi JL, Sittler T, Hackett J Jr, Miller S, Chiu CY. A cloud-compatible bioinformatics pipeline for ultrarapid pathogen identification from next-generation sequencing of clinical samples. Genome Res. 2014 Jul;24(7):1180-92. doi: 10.1101/gr.171934.113. Epub 2014 Jun 4.
- Wilson MR, Shanbhag NM, Reid MJ, Singhal NS, Gelfand JM, Sample HA, Benkli B, O'Donovan BD, Ali IK, Keating MK, Dunnebacke TH, Wood MD, Bollen A, DeRisi JL. Diagnosing Balamuthia mandrillaris Encephalitis With Metagenomic Deep Sequencing. Ann Neurol. 2015 Nov;78(5):722-30. doi: 10.1002/ana.24499. Epub 2015 Aug 24.
- Wilson MR, Sample HA, Zorn KC, Arevalo S, Yu G, Neuhaus J, Federman S, Stryke D, Briggs B, Langelier C, Berger A, Douglas V, Josephson SA, Chow FC, Fulton BD, DeRisi JL, Gelfand JM, Naccache SN, Bender J, Dien Bard J, Murkey J, Carlson M, Vespa PM, Vijayan T, Allyn PR, Campeau S, Humphries RM, Klausner JD, Ganzon CD, Memar F, Ocampo NA, Zimmermann LL, Cohen SH, Polage CR, DeBiasi RL, Haller B, Dallas R, Maron G, Hayden R, Messacar K, Dominguez SR, Miller S, Chiu CY. Clinical Metagenomic Sequencing for Diagnosis of Meningitis and Encephalitis. N Engl J Med. 2019 Jun 13;380(24):2327-2340. doi: 10.1056/NEJMoa1803396.
- Chiu CY, Coffey LL, Murkey J, Symmes K, Sample HA, Wilson MR, Naccache SN, Arevalo S, Somasekar S, Federman S, Stryke D, Vespa P, Schiller G, Messenger S, Humphries R, Miller S, Klausner JD. Diagnosis of Fatal Human Case of St. Louis Encephalitis Virus Infection by Metagenomic Sequencing, California, 2016. Emerg Infect Dis. 2017 Oct;23(10):1964-1968. doi: 10.3201/eid2310.161986.
- Murkey JA, Chew KW, Carlson M, Shannon CL, Sirohi D, Sample HA, Wilson MR, Vespa P, Humphries RM, Miller S, Klausner JD, Chiu CY. Hepatitis E Virus-Associated Meningoencephalitis in a Lung Transplant Recipient Diagnosed by Clinical Metagenomic Sequencing. Open Forum Infect Dis. 2017 Jun 13;4(3):ofx121. doi: 10.1093/ofid/ofx121. eCollection 2017 Summer.
Användbara länkar
Studieavstämningsdatum
Dessa datum spårar framstegen för inlämningar av studieposter och sammanfattande resultat till ClinicalTrials.gov. Studieposter och rapporterade resultat granskas av National Library of Medicine (NLM) för att säkerställa att de uppfyller specifika kvalitetskontrollstandarder innan de publiceras på den offentliga webbplatsen.
Studera stora datum
Studiestart (Faktisk)
1 juni 2016
Primärt slutförande (Faktisk)
31 juli 2017
Avslutad studie (Faktisk)
31 juli 2017
Studieregistreringsdatum
Först inskickad
13 september 2016
Först inskickad som uppfyllde QC-kriterierna
19 september 2016
Första postat (Uppskatta)
21 september 2016
Uppdateringar av studier
Senaste uppdatering publicerad (Faktisk)
27 maj 2021
Senaste inskickade uppdateringen som uppfyllde QC-kriterierna
7 maj 2021
Senast verifierad
1 maj 2021
Mer information
Termer relaterade till denna studie
Nyckelord
Ytterligare relevanta MeSH-villkor
Andra studie-ID-nummer
- P0509948
Plan för individuella deltagardata (IPD)
Planerar du att dela individuella deltagardata (IPD)?
JA
IPD-planbeskrivning
Alla genomiska / metagenomiska sekvenseringsdata från denna studie kommer att göras tillgängliga antingen på NIH Sequence Read Archive eller NIHs databas över genotyper och fenotyper (dbGaP), beroende på om human sekvensdata ingår.
Utredarna avser att göra avidentifierade kompletterande kliniska, laboratorie- och radiografiska data tillgängliga på begäran.
Tidsram för IPD-delning
Den kliniska studierapporten kommer att lämnas in för publicering i juni 2018.
IPD-delning som stöder informationstyp
- CSR
Läkemedels- och apparatinformation, studiedokument
Studerar en amerikansk FDA-reglerad läkemedelsprodukt
Nej
Studerar en amerikansk FDA-reglerad produktprodukt
Ja
Denna information hämtades direkt från webbplatsen clinicaltrials.gov utan några ändringar. Om du har några önskemål om att ändra, ta bort eller uppdatera dina studieuppgifter, vänligen kontakta register@clinicaltrials.gov. Så snart en ändring har implementerats på clinicaltrials.gov, kommer denna att uppdateras automatiskt även på vår webbplats .