ゲノム配列決定による出生前遺伝子診断 (PrenatalSEQ)
ゲノム配列決定による出生前遺伝子診断：前向き評価
調査の概要
詳細な説明
全エクソームおよび全ゲノム配列決定 (WGS) により、これまで診断されていなかった疾患の遺伝的病因を決定する能力が拡大しました。 この研究は、構造異常のある胎児を管理するためのシーケンスの新しい技術を評価するための多施設前向きコホート研究です。 仮説は、胎児の構造的異常の重要な部分集合がシーケンシングによって特定可能な遺伝的病因を持っており、この情報に関する出生前の知識が周産期ケアを改善し、不必要な診断検査を減らし、ケアのコストを削減し、子供と子供両方の生活の質を改善するというものです。そして家族。 この研究の目的は、革新的な統合された前向きデザインを用いた単一の研究で、出生前シーケンスのこれらの複数の側面を調査することです。
この研究では、選択された胎児の構造的異常および陰性または非因果染色体マイクロアレイ（CMA）を有する妊娠の連続集団において、配列決定によって同定可能な病原性、おそらく病原性、および不確実なゲノム変異体の頻度を決定します。 この情報の臨床ケアへの影響を判断するために、同様の構造的異常を伴う順序付けされていない妊娠の対照集団が前向きに募集され、両方のコホートの乳児が 1 歳まで追跡されます。 この研究コンポーネントでは、出産後の退院までの医療管理と費用の違い、および生後 1 年間の周産期および乳児の転帰を評価します。 出生前、保育園、生後 1 年間のシーケンス結果の教育、カウンセリング、心理社会的影響も評価されます。 シーケンシングをケアに完全に変換するために必要な分析および臨床ツールはまだ開発中であるため、確立された疾患遺伝子の出生前表現型に関連する病原性および可能性が高い病原性変異の同定を改善するためのバイオインフォマティクスツールの最適化が調査されます。現在診断されていない胎児/新生児の表現型に関連する遺伝子。 この研究は、責任ある実践への導入に先立って、シーケンシングの出生前診断価値の詳細な評価を提供し、その翻訳を導くための独立したデータを提供します。
研究の種類
入学 (実際)
連絡先と場所
研究場所
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New York
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New York、New York、アメリカ、10032
- Columbia University Medical Center
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North Carolina
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Chapel Hill、North Carolina、アメリカ、27514
- University of North Carolina Chapel Hill
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Ohio
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Cincinnati、Ohio、アメリカ、45229
- Children's Hospital, Cincinnati Medical Center
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Texas
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Houston、Texas、アメリカ、77030
- Baylor College of Medicine
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Houston、Texas、アメリカ、77030
- UT Health Houston
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参加基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
胎児の構造的異常を有し、適格基準を満たす合計1,100人の妊娠が研究に登録されます。 これらのうち、750人は出生前ゲノム配列決定を受け（出生前配列決定グループ）、残りの350人の妊娠は出生前ゲノム配列決定を受けません（配列決定されていない出生前グループ）。
隔離された項の半透明度測定値が 3.5 mm 以上の妊娠の登録は、各グループ内で 5% に制限されます (シーケンスおよびシーケンスなし)。また、隔離された推定胎児体重 < 5th %ile も各グループ (シーケンス付きおよびシーケンスなし) で 5% に制限されます。 .
説明
包含基準:
出生前シーケンスグループ
-超音波および/またはMRIによって特定された胎児で、以下の少なくとも1つ：
- 1 つまたは複数の主要な構造的異常 (付録 A)
- 3.5mm以上の項部半透明測定値
- 妊娠 24 週 0 日未満の胎児で、解剖学的構造が正常で、超音波検査で推定された胎児の体重が 5 倍未満で、母体の高血圧、I 型糖尿病、または胎児の成長を変化させることが知られているその他の母体の障害がない。
- -出生前CMA陰性（または超音波所見とは関係のないCMA所見がある人）
- 単胎または双子の妊娠
- -妊娠期間が36週未満、出産前にシーケンス結果を利用できるようにするための0日
シーケンスされていないグループ
-超音波および/またはMRIによって特定された胎児で、以下の少なくとも1つ：
- 1 つまたは複数の主要な構造的異常 (付録 A)
- 3.5mm以上の項部半透明測定値
- 妊娠 24 週 0 日未満の胎児で、解剖学的構造が正常で、超音波検査で推定された胎児の体重が 5 %ile 未満で、母体の高血圧、I 型糖尿病、または胎児の成長を変化させることが知られているその他の母体の障害がない
- -出生前または出生後のCMAが陰性（または超音波所見に関連しないCMA所見がある人）
- 出生前シーケンシングの減少
- シングルトン妊娠
除外基準:
出生前シーケンスグループ
- 遺伝子パネルを含む、研究外で行われた出生前シーケンスまたは計画された出生前シーケンス
- 母親または父親の年齢が18歳未満
- -胎児異常の証明された感染性または催奇形性の原因
- 計画的な妊娠中絶
- シーケンシング前に両方の生物学的親から入手できない血液または唾液サンプル
- -親が生後1年間のフォローアップに参加することを望まない
- 言葉の壁（英語またはスペイン語以外）
- -シーケンスされていない出生前グループへの以前の同意または以前の妊娠への登録
シーケンスされていないグループ
- 母親または父親の年齢が18歳未満
- -胎児異常の証明された感染性または催奇形性の原因
- -トリソミー21、18、または13の出生前NIPTスクリーニング陽性。 陽性 22q11.2 一貫した超音波所見を伴う出生前NIPT検査も除外されます。
- 計画的な妊娠中絶
- -親が生後1年間のフォローアップに参加することを望まない
- 言葉の壁（英語またはスペイン語以外）
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
コホートと介入
グループ/コホート |
介入・治療 |
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出生前にシーケンスされたグループ
研究から出生前シーケンシングを受けた胎児の構造異常を有する750トリオ
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全ゲノム配列決定 (最初はマスクされ、エクソームのみとして報告されます)
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出生前シーケンスなし（シーケンスなし）グループ
出生前シーケンシングを受けていない胎児の構造異常を有する 350 のトリオ
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この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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報告すべき変異体があった参加者の数
時間枠：学習終了時点で約4年
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報告可能な変異体: 病原性/病原性の可能性がある変異体 (P/LP) または配列決定によって特定され、変異体審査委員会によって報告可能であるとみなされる重要性が不確かな変異体 (VUS) として定義されます。
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学習終了時点で約4年
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医療費
時間枠：異常の診断から乳児の退院まで
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異常の診断時から乳児の退院までの、シーケンス群とシーケンス群以外の医療費。
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異常の診断から乳児の退院まで
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二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
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出産時の在胎齢
時間枠：納品時
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出産時の新生児の在胎週数（週数）
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納品時
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新生児の転帰
時間枠：生後28日まで
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新生児の転帰は比較され、転帰は次の症状を経験した新生児の数によって測定されます：人工呼吸器補助の必要性、敗血症、昇圧補助の必要性、体外膜型人工肺（ECMO）の必要性、代謝異常（例、アシドーシス、尿酸値の上昇、低血糖/高血糖）、脳室内出血、心室周囲出血 白質軟化症、脳症、発作。
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生後28日まで
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死亡者数
時間枠：退院から産後12ヶ月まで
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退院時および生後12か月時の新生児/乳児の死亡。
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退院から産後12ヶ月まで
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NICU滞在期間
時間枠：退院から産後12ヶ月まで
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最初の NICU 滞在期間と、最初の退院から生後 12 か月までの入院日数。
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退院から産後12ヶ月まで
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長さ（センチメートル）
時間枠：産後12ヶ月
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生後12か月の乳児の長さ。
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産後12ヶ月
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重量（キログラム）
時間枠：産後12ヶ月
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生後12か月の乳児の体重。
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産後12ヶ月
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年齢および段階別の発達に関するスコアアンケート (ASQ-3)
時間枠：産後12ヶ月
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ASQ-3 を使用した生後 12 か月の発達成果は、以下のパラメータによって定義されます: コミュニケーション、粗大運動、微細運動、問題解決、個人社会的。 スコアが低いほど発達遅延と関連しています。 発達領域ごとに、親は各項目の回答に対してバブルを埋めて、YES=10、SOMETIMES=5、または NOT YET=0 と答えることができます。 各ドメインのフルスコアの範囲は 0 ～ 60 です。 各ドメインのカットオフは次のとおりです: 通信 15.64、 グロスモーター 21.49、ファインモーター 34.5、問題解決 27.32、パーソナルソーシャル 21.73 |
産後12ヶ月
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自己申告による不安
時間枠：研究配列決定結果の開示後 2 週間、または配列決定されていないグループの登録後 4 週間。胎児死亡または妊娠中絶があった場合は、退院後または妊娠終了後 1 か月。産後12～15ヶ月
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結果開示後の不安（または順序付けされていないグループの場合は登録後 8 週間）、新生児の退院および産後 12 か月。
完全なスコアの範囲は 0 ～ 21 で、数字が低いほど不安が少ない (結果が良好である) ことを表します。
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研究配列決定結果の開示後 2 週間、または配列決定されていないグループの登録後 4 週間。胎児死亡または妊娠中絶があった場合は、退院後または妊娠終了後 1 か月。産後12～15ヶ月
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自己申告によるうつ病に関するアンケート
時間枠：研究配列決定結果の開示後 2 週間、または配列決定されていないグループの登録後 4 週間。胎児死亡または妊娠中絶があった場合は、退院後または妊娠終了後 1 か月。産後12～15ヶ月
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結果開示後のうつ病（または順序付けされていないグループの場合は登録後8週間）、新生児の退院および産後12か月。
完全なスコアの範囲は 0 ～ 24 で、スコアが低いほどうつ病が少ない (転帰が良好である) ことを表します。
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研究配列決定結果の開示後 2 週間、または配列決定されていないグループの登録後 4 週間。胎児死亡または妊娠中絶があった場合は、退院後または妊娠終了後 1 か月。産後12～15ヶ月
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自己申告アンケートによる生活の質
時間枠：約4年半
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産後 12 か月時点の患者と家族の生活の質。
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約4年半
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QALY、年間コストで測定
時間枠：約4年半
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品質調整耐用年数 (QALY) ごとの増分コスト。
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約4年半
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疾患配列決定グループのみに関連する同定された表現型の総数
時間枠：産後12ヶ月
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表現型の拡大：現在定義されている小児表現型からの見かけ上の出生前表現型の拡大。
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産後12ヶ月
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VUS の参加者数 - シーケンスグループのみ
時間枠：産後12ヶ月
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この疾患の表現型とまだ関連していない重要性不明変異体 (VUS)。 研究プロトコールに概要が記載されているように、この結果はシーケンス群の参加者でのみ測定されることを目的としていました。 この結果のデータは、非シーケンス群の参加者からは収集されませんでした。 |
産後12ヶ月
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GUS として分類されたバリアントを持つ参加者の数 - シーケンス グループのみ
時間枠：産後12ヶ月
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VUS は、まだ疾患に関連していない新規遺伝子のやむを得ない変異体 (臨床的重要性が不確かな遺伝子、GUS) として下位分類されました。 研究プロトコールに概要が記載されているように、この結果はシーケンス群の参加者でのみ測定されることを目的としていました。 この結果のデータは、非シーケンス群の参加者からは収集されませんでした。 |
産後12ヶ月
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デジタル WES - コーディング結果と非コーディング結果の比較 - シーケンス グループのみ
時間枠：約4年半
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コード領域のみ（デジタル WES）と比較した、シーケンシング（コード領域および非コード領域）によって特定された病原性、病原性の高いバリアントおよび VUS バリアント。
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約4年半
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発端者のみとトリオ - トリオと発端者のみの結果の比較 - シーケンスグループのみ
時間枠：約4年半
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発端者と親のトリオと比較した発端者単独の分析によって特定された、病原性、おそらく病原性のバリアント、および VUS バリアント。
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約4年半
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NICU の医師と記録の確認による管理 (医療) の変更 - 順序付けされたグループのみ
時間枠：出産から退院または死亡まで（新生児）
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ゲノム結果に起因して管理上の決定が変更された参加者の数。これは、患者の治療計画の変更、または当面または長期の医学的管理に関する患者/家族のカウンセリングの変更として定義されます。 研究プロトコールに概要が記載されているように、この結果はシーケンス群の参加者でのみ測定されることを目的としていました。 この結果のデータは、非シーケンス群の参加者からは収集されませんでした。 |
出産から退院または死亡まで（新生児）
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自己申告アンケートによる親のサポートの必要性 - 順序付けされたグループのみ
時間枠：配列決定完了時、約 4.5 年
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母親と父親の教育/カウンセリングおよび社会的サポートのニーズの評価。
フルスコアの範囲は 12 ～ 60 で、スコアが高いほどエクスペリエンスに対する満足度が高い (より良い結果) ことを表します。
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配列決定完了時、約 4.5 年
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自己申告アンケートによる保護者の理解 - 順序付けされたグループのみ
時間枠：配列決定完了時、約 4.5 年
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遺伝子検査結果に対する親の理解の正確さ。
「出生前遺伝子検査の結果をどの程度理解していますか?」という質問に対する保護者の回答は次のとおりです。収集されます。
考えられるすべての回答は次のとおりです: 「まったくそうではない」、「少しある」、「まあまあ」、「かなり」、「非常に」
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配列決定完了時、約 4.5 年
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シーケンス結果に変化があった参加者の数 - シーケンス済みグループのみ
時間枠：シーケンス完了からデータ解析期間まで、最大4.5年
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シーケンスバリアントの分類の変更につながるシーケンス結果の再解釈。 研究プロトコールに概要が記載されているように、この結果はシーケンス群の参加者でのみ測定されることを目的としていました。 この結果のデータは、非シーケンス群の参加者からは収集されませんでした。 |
シーケンス完了からデータ解析期間まで、最大4.5年
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所要時間 - シーケンスグループのみ
時間枠：シーケンスの開始から研究施設の結果までの時間、最大 38 日
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シーケンスコンポーネントの所要時間と、それが時間の経過とともにどのように変化するか。
研究プロトコールに概要が記載されているように、この結果はシーケンス群の参加者でのみ測定されることを目的としていました。
この結果のデータは、非シーケンス群の参加者からは収集されませんでした。
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シーケンスの開始から研究施設の結果までの時間、最大 38 日
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協力者と研究者
スポンサー
協力者
捜査官
- 主任研究者：Ronald Wapner, MD、Columbia University
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (実際)
研究の完了 (実際)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (推定)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
本研究に関する用語
その他の研究ID番号
- AAAS2118
- R01HD055651 (米国 NIH グラント/契約)
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
IPD プランの説明
IPD 共有時間枠
IPD 共有アクセス基準
IPD 共有サポート情報タイプ
- STUDY_PROTOCOL
- SAP
- ICF
- CSR
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
米国FDA規制機器製品の研究
米国で製造され、米国から輸出された製品。
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