Prenatální genetická diagnostika genomickým sekvenováním (PrenatalSEQ)
Prenatální genetická diagnostika genomickým sekvenováním: prospektivní hodnocení
Přehled studie
Postavení
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
Celý exom a sekvenování celého genomu (WGS) rozšířily schopnost určit genetickou etiologii dříve nediagnostikovaných poruch. Tato studie je multicentrickou prospektivní kohortovou studií k vyhodnocení vznikající technologie sekvenování pro management plodů se strukturálními anomáliemi. Hypotézou je, že významná podskupina fetálních strukturálních anomálií má genetickou etiologii identifikovatelnou sekvenováním a že prenatální znalost těchto informací zlepší perinatální péči, sníží zbytečné diagnostické testování, sníží náklady na péči a zlepší kvalitu života obou dětí. a rodina. Cílem této studie je prozkoumat tyto rozmanité aspekty prenatálního sekvenování v jediné studii s inovativním integrovaným prospektivním designem, který umožní robustní hodnocení přínosů a rizik poskytování diagnostických a prognostických výsledků genetického testování v prenatálním prostředí.
Studie určí v sekvenční populaci těhotenství s vybranými strukturálními anomáliemi plodu a negativním nebo nekauzálním chromozomálním mikročipem (CMA) frekvenci patogenních, pravděpodobně patogenních a nejistých genomických variant identifikovatelných sekvenováním. Pro stanovení dopadu těchto informací na klinickou péči bude prospektivně vybrána kontrolní populace nesekvenovaných těhotenství s podobnými strukturálními anomáliemi a kojenci z obou kohort budou sledováni do 1 roku věku. Tato složka studie vyhodnotí rozdíly v řízení zdravotní péče a nákladech na propuštění z nemocnice po porodu a perinatální výsledky a výsledky u kojenců během 1 roku života. Hodnotí se také edukační, poradenský a psychosociální dopad výsledků sekvenování v prenatálním období, v jeslích a během 1 roku života. Vzhledem k tomu, že analytické a klinické nástroje potřebné pro plnou translaci sekvenování do péče se stále vyvíjejí, bude zkoumána optimalizace bioinformatických nástrojů pro zlepšení identifikace patogenních a pravděpodobných patogenních mutací spojených s prenatálními fenotypy zavedených genů onemocnění, stejně jako identifikace nových geny spojené s v současnosti nediagnostikovanými fenotypy plodu/novorozenců. Tato studie poskytne hloubkové vyhodnocení prenatální diagnostické hodnoty sekvenování před jeho odpovědným zavedením do praxe a poskytne nezávislá data pro vodítko jeho překladu.
Typ studie
Zápis (Aktuální)
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
New York
-
New York, New York, Spojené státy, 10032
- Columbia University Medical Center
-
-
North Carolina
-
Chapel Hill, North Carolina, Spojené státy, 27514
- University of North Carolina Chapel Hill
-
-
Ohio
-
Cincinnati, Ohio, Spojené státy, 45229
- Children's Hospital, Cincinnati Medical Center
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Spojené státy, 77030
- Baylor College of Medicine
-
Houston, Texas, Spojené státy, 77030
- UT Health Houston
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
Přijímá zdravé dobrovolníky
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Do studie bude zařazeno celkem 1 100 těhotenství se strukturálními anomáliemi plodu a splňujících kritéria způsobilosti. Z toho 750 podstoupí prenatální genomické sekvenování (prenatální sekvenační skupina) a zbývajících 350 těhotenství nebude mít žádné prenatální genomové sekvenování (nesekvenovaná prenatální skupina).
Zapisování těhotenství s izolovaným měřením nuchální translucence ≥ 3,5 mm bude omezeno na 5 % v každé skupině (sekvenované a nesekvenované) a izolovaná odhadovaná hmotnost plodu < 5. %ile bude rovněž omezena na 5 % pro každou skupinu (sekvenovaná a nesekvenovaná) .
Popis
Kritéria pro zařazení:
Skupina prenatálního sekvenování
Plod identifikovaný ultrazvukem a/nebo MRI alespoň jedním z následujících:
- Jedna nebo více hlavních strukturálních anomálií (příloha A)
- Měření šíjové translucence ≥ 3,5 mm
- Plod méně než 24 týdnů 0 dnů gestace s normální anatomií a sonograficky odhadnutou hmotností plodu < 5. % ile bez mateřské hypertenze, diabetu typu I nebo jiných mateřských poruch, o kterých je známo, že mění růst plodu.
- Negativní prenatální CMA (nebo ty s nálezem CMA, který nesouvisí s ultrazvukovým nálezem)
- Jednočetné nebo dvojčetné těhotenství
- Gestační věk méně než 36 týdnů, 0 dní, aby byla umožněna dostupnost výsledků sekvenování před porodem
Skupina bez pořadí
Plod identifikovaný ultrazvukem a/nebo MRI alespoň jedním z následujících:
- Jedna nebo více hlavních strukturálních anomálií (příloha A)
- Měření šíjové translucence ≥ 3,5 mm
- Plod mladší než 24 týdnů 0 dnů gestace s normální anatomií a sonograficky odhadnutou hmotností plodu < 5 % ile bez mateřské hypertenze, diabetu typu I nebo jiných mateřských poruch, o kterých je známo, že mění růst plodu
- Negativní prenatální nebo postnatální CMA (nebo ty s nálezem CMA, který nesouvisí s ultrazvukovým nálezem)
- Odmítnuté prenatální sekvenování
- Singletonové těhotenství
Kritéria vyloučení:
Skupina prenatálního sekvenování
- Prenatální sekvenování nebo plánované prenatální sekvenování prováděné mimo studii, včetně genových panelů
- Věk matky nebo otce mladší 18 let
- Prokázaná infekční nebo teratogenní příčina fetální anomálie
- Plánované ukončení těhotenství
- Nedostupné vzorky krve nebo slin od obou biologických rodičů před sekvenováním
- Neochota rodičů zúčastnit se jednoročního postnatálního sledování
- Jazyková bariéra (nemluví anglicky nebo španělsky)
- Předchozí souhlas s nesekvenovanou prenatální skupinou nebo zařazení do předchozího těhotenství
Skupina bez pořadí
- Věk matky nebo otce mladší 18 let
- Prokázaná infekční nebo teratogenní příčina fetální anomálie
- Pozitivní prenatální screening NIPT na trizomii 21, 18 nebo 13. Pozitivní 22q11.2 Prenatální vyšetření NIPT s konzistentním ultrazvukovým nálezem je také vyloučeno.
- Plánované ukončení těhotenství
- Neochota rodičů zúčastnit se jednoročního postnatálního sledování
- Jazyková bariéra (nemluví anglicky nebo španělsky)
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Kohorty a intervence
Skupina / kohorta |
Intervence / Léčba |
|---|---|
|
Prenatálně sekvenovaná skupina
750 trií s fetálními strukturálními anomáliemi, kteří obdrželi prenatální sekvenování ze studie
|
Sekvenování celého genomu (které bude zpočátku maskováno a hlášeno pouze jako exom)
|
|
Žádná skupina prenatálního sekvenování (bez sekvenování).
350 trií s fetálními strukturálními anomáliemi, které nemají prenatální sekvenování
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Počet účastníků, kteří měli vykazované varianty
Časové okno: Na konci studia cca 4 roky
|
Varianty podléhající hlášení: definovány jako patogenní / pravděpodobně patogenní (P/LP) nebo varianta s nejistým významem (VUS) identifikovaná sekvenováním a považovaná za podatelnou komisí pro rozhodování o variantách.
|
Na konci studia cca 4 roky
|
|
Náklady na zdravotní péči
Časové okno: Od okamžiku diagnózy anomálie do propuštění dítěte
|
Náklady na zdravotní péči od okamžiku diagnózy anomálie do propuštění kojence mezi sekvenovanými a nesekvenovanými skupinami.
|
Od okamžiku diagnózy anomálie do propuštění dítěte
|
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Gestační věk při porodu
Časové okno: V době dodání
|
Gestační věk novorozence při porodu (v týdnech)
|
V době dodání
|
|
Neonatální výsledky
Časové okno: Až 28 dní po narození
|
Neonatální výsledky budou porovnány a výsledky budou měřeny podle počtu novorozenců, kteří pociťují: potřebu podpory ventilátorem, sepsi, potřebu podpory tlaku, potřebu mimotělní membránové oxygenace (ECMO), metabolické abnormality (např. acidóza, zvýšená kyselina močová, hypo-/hyperglykémie), intraventrikulární krvácení, periventrikulární leukomalacie, encefalopatie a záchvaty.
|
Až 28 dní po narození
|
|
Počet úmrtí
Časové okno: Od propuštění do 12 měsíců po porodu
|
Smrt novorozenců/kojenců v době propuštění a ve věku 12 měsíců.
|
Od propuštění do 12 měsíců po porodu
|
|
Délka pobytu na NICU
Časové okno: Od propuštění do 12 měsíců po porodu
|
Délka počátečního pobytu na JIP a počet dní strávených v nemocnici mezi prvním propuštěním a 12 měsíci věku.
|
Od propuštění do 12 měsíců po porodu
|
|
Délka v centimetrech
Časové okno: 12 měsíců po porodu
|
Délka dítěte ve věku 12 měsíců.
|
12 měsíců po porodu
|
|
Hmotnost v kilogramech
Časové okno: 12 měsíců po porodu
|
Hmotnost dítěte ve věku 12 měsíců.
|
12 měsíců po porodu
|
|
Dotazník skóre ve vývoji podle věku a fází (ASQ-3)
Časové okno: 12 měsíců po porodu
|
Vývojové výsledky definované následujícími parametry: komunikace, hrubá motorika, jemná motorika, řešení problémů a osobnostně-sociální, ve věku 12 měsíců pomocí ASQ-3. Nižší skóre je spojeno s vývojovým zpožděním. Pro každou vývojovou oblast mohou rodiče odpovědět ANO=10, NĚKDY=5 nebo JEŠTĚ NE=0 vyplněním bubliny u každé odpovědi na položku. Úplný rozsah skóre pro každou doménu je 0 až 60. Hranice pro každou doménu jsou: komunikace 15.64, Hrubá motorika 21,49, Jemná motorika 34,5, Řešení problémů 27,32, Osobní a sociální 21,73 |
12 měsíců po porodu
|
|
Úzkost podle sebehodnotícího dotazníku
Časové okno: 2 týdny po zveřejnění výsledků sekvenování studie nebo 4 týdny po zařazení pro nesekvenovanou skupinu; 1 měsíc po propuštění z nemocnice nebo ukončení těhotenství, pokud došlo k úmrtí plodu nebo ukončení těhotenství; 12-15 měsíců po porodu
|
Úzkost po zveřejnění výsledků (nebo 8 týdnů po zařazení do nesekvenované skupiny), neonatální propuštění a 12 měsíců po porodu.
Úplný rozsah skóre je 0 až 21, kde nižší čísla představují nižší úzkost (lepší výsledek).
|
2 týdny po zveřejnění výsledků sekvenování studie nebo 4 týdny po zařazení pro nesekvenovanou skupinu; 1 měsíc po propuštění z nemocnice nebo ukončení těhotenství, pokud došlo k úmrtí plodu nebo ukončení těhotenství; 12-15 měsíců po porodu
|
|
Deprese podle sebehodnotícího dotazníku
Časové okno: 2 týdny po zveřejnění výsledků sekvenování studie nebo 4 týdny po zařazení pro nesekvenovanou skupinu; 1 měsíc po propuštění z nemocnice nebo ukončení těhotenství, pokud došlo k úmrtí plodu nebo ukončení těhotenství; 12-15 měsíců po porodu
|
Deprese po zveřejnění výsledků (nebo 8 týdnů po zařazení do nesekvenované skupiny), neonatální propuštění a 12 měsíců po porodu.
Úplný rozsah skóre je 0 až 24, kde nižší skóre představuje nižší depresi (lepší výsledek).
|
2 týdny po zveřejnění výsledků sekvenování studie nebo 4 týdny po zařazení pro nesekvenovanou skupinu; 1 měsíc po propuštění z nemocnice nebo ukončení těhotenství, pokud došlo k úmrtí plodu nebo ukončení těhotenství; 12-15 měsíců po porodu
|
|
Quality of Life by Self-report Questionnaire
Časové okno: Přibližně 4,5 roku
|
Kvalita života pro pacientku a rodinu 12 měsíců po porodu.
|
Přibližně 4,5 roku
|
|
QALY, měřeno v nákladech za rok
Časové okno: Přibližně 4,5 roku
|
Přírůstkové náklady za rok života upraveného podle kvality (QALY).
|
Přibližně 4,5 roku
|
|
Celkový počet identifikovaných fenotypů spojených s POUZE skupinou s sekvencí onemocnění
Časové okno: 12 měsíců po porodu
|
Fenotypová expanze: Zjevná prenatální fenotypová expanze z aktuálně definovaných dětských fenotypů.
|
12 měsíců po porodu
|
|
Počet účastníků s VUS – POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: 12 měsíců po porodu
|
Varianty neurčitého významu (VUS), které dosud nebyly spojeny s tímto fenotypem onemocnění. Tento výsledek byl určen pouze k měření u účastníků v sekvenované větvi, jak je uvedeno v protokolu studie. Data pro tento výsledek nebyla shromážděna od žádného účastníka v nesekvenované větvi. |
12 měsíců po porodu
|
|
Počet účastníků s variantami klasifikovanými jako GUS – POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: 12 měsíců po porodu
|
VUS subklasifikován jako přesvědčivé varianty v nových genech, které ještě nejsou spojeny s onemocněním (geny s nejistým klinickým významem; GUS). Tento výsledek byl určen pouze k měření u účastníků v sekvenované větvi, jak je uvedeno v protokolu studie. Data pro tento výsledek nebyla shromážděna od žádného účastníka v nesekvenované větvi. |
12 měsíců po porodu
|
|
Digitální WES – Porovnání výsledků kódování a nekódování – POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: Přibližně 4,5 roku
|
Patogenní, pravděpodobně patogenní a VUS varianty identifikované sekvenováním (kódující a nekódující oblasti) ve srovnání pouze s kódujícími oblastmi (digitální WES).
|
Přibližně 4,5 roku
|
|
Pouze proband versus trio - Porovnání výsledků mezi triem a pouze probandem - POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: Přibližně 4,5 roku
|
Patogenní, pravděpodobně patogenní a VUS varianty identifikované analýzou samotného probanda ve srovnání s triem proband-rodič.
|
Přibližně 4,5 roku
|
|
Změna ve vedení (zdravotní péče) stanovená lékařem JIP a přezkoumáním záznamů – POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: Od porodu do propuštění nebo smrti (novorozenecké)
|
Počet účastníků, u kterých došlo ke změně v manažerských rozhodnutích způsobených genomickými výsledky, definovaných jako změny v pacientově léčebném plánu nebo změny v poradenství pacientovi/rodině ohledně okamžitého nebo dlouhodobého lékařského managementu. Tento výsledek byl určen pouze k měření u účastníků v sekvenované větvi, jak je uvedeno v protokolu studie. Data pro tento výsledek nebyla shromážděna od žádného účastníka v nesekvenované větvi. |
Od porodu do propuštění nebo smrti (novorozenecké)
|
|
Potřeby rodičovské podpory prostřednictvím dotazníku self-report – POUZE sekvenované skupiny
Časové okno: Po dokončení sekvenování přibližně 4,5 roku
|
Hodnocení vzdělávacích/poradenských potřeb a potřeb sociální podpory matky a otce.
Úplný rozsah skóre je 12 až 60, kde vyšší skóre představuje vyšší spokojenost se zkušeností (lepší výsledek).
|
Po dokončení sekvenování přibližně 4,5 roku
|
|
Rodičovské porozumění pomocí dotazníku self-report – POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: Po dokončení sekvenování přibližně 4,5 roku
|
Přesnost rodičovského porozumění výsledkům genetických testů.
Odpovědi rodičů na otázku "Jak dobře rozumíte výsledkům prenatálních genetických testů?" budou shromažďovány.
Všechny možné odpovědi jsou: "Vůbec ne", "Trochu", "Středně", "Docela trochu" a "Extrémně"
|
Po dokončení sekvenování přibližně 4,5 roku
|
|
Počet účastníků, kteří měli změnu ve výsledku sekvenování – POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: Od dokončení sekvenování po dobu analýzy dat až 4,5 roku
|
Reinterpretace výsledků sekvenování, které vedou ke změně klasifikace variant sekvenování. Tento výsledek byl určen pouze k měření u účastníků v sekvenované větvi, jak je uvedeno v protokolu studie. Data pro tento výsledek nebyla shromážděna od žádného účastníka v nesekvenované větvi. |
Od dokončení sekvenování po dobu analýzy dat až 4,5 roku
|
|
Doba obratu – POUZE sekvenovaná skupina
Časové okno: Doba od zahájení sekvenování do výsledku v místě studie, až 38 dní
|
Doba obratu sekvenačních komponent a jak se mění v průběhu času.
Tento výsledek byl určen pouze k měření u účastníků v sekvenované větvi, jak je uvedeno v protokolu studie.
Data pro tento výsledek nebyla shromážděna od žádného účastníka v nesekvenované větvi.
|
Doba od zahájení sekvenování do výsledku v místě studie, až 38 dní
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Ronald Wapner, MD, Columbia University
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Primární dokončení (Aktuální)
Dokončení studie (Aktuální)
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Odhadovaný)
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Další identifikační čísla studie
- AAAS2118
- R01HD055651 (Grant/smlouva NIH USA)
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Popis plánu IPD
Časový rámec sdílení IPD
Kritéria přístupu pro sdílení IPD
Typ podpůrných informací pro sdílení IPD
- PROTOKOL STUDY
- MÍZA
- ICF
- CSR
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
produkt vyrobený a vyvážený z USA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .