Diagnóstico Genético Prenatal por Secuenciación Genómica (PrenatalSEQ)
Diagnóstico genético prenatal por secuenciación genómica: una evaluación prospectiva
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
La secuenciación del exoma completo y del genoma completo (WGS) ha ampliado la capacidad de determinar la etiología genética de trastornos no diagnosticados previamente. Este estudio es un estudio de cohorte prospectivo multicéntrico para evaluar la tecnología emergente de secuenciación para el manejo de fetos con anomalías estructurales. La hipótesis es que un subconjunto significativo de anomalías estructurales fetales tiene una etiología genética identificable mediante secuenciación y que el conocimiento prenatal de esta información mejorará la atención perinatal, reducirá las pruebas de diagnóstico innecesarias, reducirá el costo de la atención y mejorará la calidad de vida tanto del niño como del niño. y la familia. Los objetivos de este estudio son investigar estos múltiples aspectos de la secuenciación prenatal en un solo estudio con un innovador diseño prospectivo integrado, que permitirá una evaluación sólida de los beneficios y riesgos de entregar resultados de pruebas genéticas de diagnóstico y pronóstico en un entorno prenatal.
El estudio determinará, en una población secuencial de embarazos con anomalías estructurales fetales seleccionadas y un microarreglo cromosómico (CMA) negativo o no causal, la frecuencia de variantes genómicas patogénicas, patogénicas probables e inciertas identificables mediante secuenciación. Para determinar el impacto de esta información en la atención clínica, se reclutará prospectivamente una población de control de embarazos no secuenciados con anomalías estructurales similares y se realizará un seguimiento de los lactantes de ambas cohortes hasta el año de edad. Este componente del estudio evaluará las diferencias en la gestión y el costo de la atención médica hasta el alta hospitalaria posterior al parto y los resultados perinatales e infantiles hasta el primer año de vida. También se evaluará el impacto educativo, de consejería y psicosocial de los resultados de la secuenciación durante el período prenatal, en la maternidad y hasta el año de vida. Dado que las herramientas analíticas y clínicas necesarias para la traducción completa de la secuenciación en la atención aún se están desarrollando, se investigará la optimización de las herramientas bioinformáticas para mejorar la identificación de mutaciones patogénicas y probablemente patogénicas asociadas con fenotipos prenatales de genes de enfermedades establecidas, así como la identificación de nuevos genes asociados con fenotipos fetales/neonatales actualmente no diagnosticados. Este estudio proporcionará una evaluación en profundidad del valor diagnóstico prenatal de la secuenciación antes de su introducción responsable en la práctica y proporcionará datos independientes para guiar su traducción.
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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New York
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New York, New York, Estados Unidos, 10032
- Columbia University Medical Center
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North Carolina
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Chapel Hill, North Carolina, Estados Unidos, 27514
- University of North Carolina Chapel Hill
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Ohio
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Cincinnati, Ohio, Estados Unidos, 45229
- Children's Hospital, Cincinnati Medical Center
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Texas
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Houston, Texas, Estados Unidos, 77030
- Baylor College of Medicine
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Houston, Texas, Estados Unidos, 77030
- UT Health Houston
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Se inscribirá en el estudio un total de 1100 embarazos con anomalías estructurales fetales y que cumplan con los criterios de elegibilidad. De estos, 750 se someterán a secuenciación genómica prenatal (grupo de secuenciación prenatal) y los 350 embarazos restantes no tendrán ninguna secuenciación genómica prenatal (grupo prenatal no secuenciado).
La inscripción de embarazos con medidas aisladas de translucencia nucal ≥ 3,5 mm se restringirá al 5 % dentro de cada grupo (secuenciado y no secuenciado) y el peso fetal estimado aislado <5.° percentil también se restringirá al 5 % para cada grupo (secuenciado y no secuenciado) .
Descripción
Criterios de inclusión:
Grupo de secuenciación prenatal
Feto identificado por ultrasonido y/o resonancia magnética con al menos uno de los siguientes:
- Una o más anomalías estructurales importantes (Apéndice A)
- Una medida de translucencia nucal de ≥ 3,5 mm
- Un feto de menos de 24 semanas 0 días de gestación con anatomía normal y peso fetal estimado ecográficamente <5.º percentil sin hipertensión materna, diabetes tipo I u otros trastornos maternos que se sabe que alteran el crecimiento fetal.
- CMA prenatal negativa (o aquellos con hallazgos de CMA no relacionados con el hallazgo de ultrasonido)
- Embarazo único o gemelar
- Edad gestacional inferior a 36 semanas, 0 días para permitir la disponibilidad de resultados de secuenciación antes del parto
Grupo no secuenciado
Feto identificado por ultrasonido y/o resonancia magnética con al menos uno de los siguientes:
- Una o más anomalías estructurales importantes (Apéndice A)
- Una medida de translucencia nucal de ≥ 3,5 mm
- Un feto de menos de 24 semanas 0 días de gestación con anatomía normal y peso fetal estimado ecográficamente <5to percentil sin hipertensión materna, diabetes tipo I u otros trastornos maternos que se sabe que alteran el crecimiento fetal
- CMA prenatal o posnatal negativa (o aquellos con hallazgos de CMA no relacionados con el hallazgo de ultrasonido)
- Secuenciación prenatal declinada
- gestación única
Criterio de exclusión:
Grupo de Secuenciación Prenatal
- Secuenciación prenatal o secuenciación prenatal planificada realizada fuera del estudio, incluidos los paneles de genes
- Edad materna o paterna menor de 18 años
- Causa infecciosa o teratogénica comprobada de anomalía fetal
- Interrupción planificada del embarazo.
- Muestras de sangre o saliva no disponibles de ambos padres biológicos antes de la secuenciación
- Falta de voluntad de los padres para participar en el seguimiento postnatal de 1 año
- Barrera del idioma (no habla inglés o español)
- Consentimiento previo al grupo prenatal no secuenciado o inscripción en un embarazo anterior
Grupo no secuenciado
- Edad materna o paterna menor de 18 años
- Causa infecciosa o teratogénica comprobada de anomalía fetal
- Prueba de detección prenatal NIPT positiva para trisomía 21, 18 o 13. Positivo 22q11.2 la prueba prenatal de NIPT con hallazgos ecográficos consistentes también es una exclusión.
- Interrupción planificada del embarazo.
- Falta de voluntad de los padres para participar en el seguimiento postnatal de 1 año
- Barrera del idioma (no habla inglés o español)
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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Grupo secuenciado prenatalmente
750 tríos con anomalías estructurales fetales que reciben secuenciación prenatal del estudio
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Secuenciación del genoma completo (que inicialmente se enmascarará y se informará solo como exoma)
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Grupo sin secuenciación prenatal (sin secuenciar)
350 tríos con anomalías estructurales fetales que no tienen secuenciación prenatal
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Número de participantes que tenían variantes reportables
Periodo de tiempo: Al final del estudio, aproximadamente 4 años.
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Variantes notificables: definidas como patógenas/probablemente patógenas (P/LP) o variantes de significado incierto (VUS) identificadas mediante secuenciación y consideradas reportables por el Comité de Adjudicación de Variantes.
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Al final del estudio, aproximadamente 4 años.
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Costos de atención médica
Periodo de tiempo: Desde el momento del diagnóstico de la anomalía hasta el alta del lactante
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Costos de atención médica desde el momento del diagnóstico de la anomalía hasta el alta del lactante entre grupos secuenciados y no secuenciados.
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Desde el momento del diagnóstico de la anomalía hasta el alta del lactante
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
|---|---|---|
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Edad gestacional al momento del parto
Periodo de tiempo: En el momento de la entrega
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Edad gestacional del recién nacido al momento del parto (en semanas)
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En el momento de la entrega
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Resultados neonatales
Periodo de tiempo: Hasta 28 días después del nacimiento.
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Se compararán los resultados neonatales y se medirán según la cantidad de recién nacidos que experimenten: necesidad de asistencia respiratoria, sepsis, necesidad de asistencia presora, necesidad de oxigenación por membrana extracorpórea (ECMO), anomalías metabólicas (p. ej., acidosis, ácido úrico elevado, hipo/hiperglucemia), hemorragia intraventricular, periventricular. leucomalacia, encefalopatía y convulsiones.
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Hasta 28 días después del nacimiento.
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Número de muertes
Periodo de tiempo: Desde el alta hasta los 12 meses posparto
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Muerte neonatal/infantil al momento del alta y a los 12 meses de edad.
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Desde el alta hasta los 12 meses posparto
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Duración de la estancia en la UCIN
Periodo de tiempo: Desde el alta hasta los 12 meses posparto
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Duración de la estancia inicial en la UCIN y número de días pasados en el hospital entre el alta inicial y los 12 meses de edad.
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Desde el alta hasta los 12 meses posparto
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Longitud en centímetros
Periodo de tiempo: 12 meses posparto
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Longitud del lactante a los 12 meses de edad.
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12 meses posparto
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Peso en kilogramos
Periodo de tiempo: 12 meses posparto
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Peso del lactante a los 12 meses de edad.
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12 meses posparto
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Puntuación del Cuestionario de Desarrollo por Edades y Etapas (ASQ-3)
Periodo de tiempo: 12 meses posparto
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Resultados del desarrollo definidos por los siguientes parámetros: comunicación, motricidad gruesa, motricidad fina, resolución de problemas y personal-social, a los 12 meses de edad mediante ASQ-3. Las puntuaciones más bajas se asocian con retraso en el desarrollo. Para cada área de desarrollo, los padres pueden responder SÍ=10, A VECES=5 o TODAVÍA NO=0 llenando un círculo para cada respuesta del ítem. El rango de puntuación completo para cada dominio es de 0 a 60. Los límites para cada dominio son: Comunicación 15,64, Motricidad gruesa 21,49, Motricidad fina 34,5, Resolución de problemas 27,32, Personal-Social 21,73 |
12 meses posparto
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Ansiedad mediante cuestionario de autoinforme
Periodo de tiempo: 2 semanas después de la divulgación de los resultados de la secuenciación del estudio o 4 semanas después de la inscripción para el grupo no secuenciado; 1 mes después del alta hospitalaria o del final del embarazo si hubo muerte fetal o interrupción del embarazo; 12-15 meses posparto
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Ansiedad después de la divulgación de los resultados (u 8 semanas después de la inscripción para el grupo no secuenciado), el alta neonatal y los 12 meses posparto.
El rango de puntuación completo es de 0 a 21, donde los números más bajos representan menor ansiedad (mejor resultado).
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2 semanas después de la divulgación de los resultados de la secuenciación del estudio o 4 semanas después de la inscripción para el grupo no secuenciado; 1 mes después del alta hospitalaria o del final del embarazo si hubo muerte fetal o interrupción del embarazo; 12-15 meses posparto
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Depresión mediante cuestionario de autoinforme
Periodo de tiempo: 2 semanas después de la divulgación de los resultados de la secuenciación del estudio o 4 semanas después de la inscripción para el grupo no secuenciado; 1 mes después del alta hospitalaria o del final del embarazo si hubo muerte fetal o interrupción del embarazo; 12-15 meses posparto
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Depresión después de la divulgación de resultados (u 8 semanas después de la inscripción para el grupo no secuenciado), alta neonatal y 12 meses posparto.
El rango de puntuación completo es de 0 a 24, donde una puntuación más baja representa una depresión más baja (mejor resultado).
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2 semanas después de la divulgación de los resultados de la secuenciación del estudio o 4 semanas después de la inscripción para el grupo no secuenciado; 1 mes después del alta hospitalaria o del final del embarazo si hubo muerte fetal o interrupción del embarazo; 12-15 meses posparto
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Calidad de vida mediante cuestionario de autoinforme
Periodo de tiempo: Aproximadamente 4,5 años
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Calidad de vida de la paciente y familiares a los 12 meses posparto.
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Aproximadamente 4,5 años
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AVAC, medido en costo por año
Periodo de tiempo: Aproximadamente 4,5 años
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Costo incremental por Año de Vida Ajustado por Calidad (AVAC).
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Aproximadamente 4,5 años
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Número total de fenotipos identificados asociados con la enfermedad: grupo secuenciado ÚNICAMENTE
Periodo de tiempo: 12 meses posparto
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Expansión fenotípica: expansión fenotípica prenatal aparente a partir de fenotipos pediátricos actualmente definidos.
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12 meses posparto
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Número de participantes con VUS: SOLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: 12 meses posparto
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Variantes de significado incierto (VUS) que aún no se han asociado con este fenotipo de enfermedad. Este resultado solo estaba destinado a medirse en los participantes del grupo Secuenciado, como se describe en el protocolo del estudio. No se recopilaron datos para este resultado de ningún participante en el grupo sin secuenciar. |
12 meses posparto
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Número de participantes con variantes clasificadas como GUS - SÓLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: 12 meses posparto
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VUS subclasificado como variantes convincentes en genes nuevos que aún no están asociados a enfermedades (genes de importancia clínica incierta; GUS). Este resultado solo estaba destinado a medirse en los participantes del grupo Secuenciado, como se describe en el protocolo del estudio. No se recopilaron datos para este resultado de ningún participante en el grupo sin secuenciar. |
12 meses posparto
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WES digital - Comparación de resultados codificados y no codificados - SOLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: Aproximadamente 4,5 años
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Variantes patógenas, probablemente patógenas y VUS identificadas mediante secuenciación (regiones codificantes y no codificantes) en comparación con regiones codificantes únicamente (WES digital).
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Aproximadamente 4,5 años
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Proband Only versus Trio - Comparación de resultados entre Trio y Proband Only - SÓLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: Aproximadamente 4,5 años
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Variantes patógenas, probablemente patógenas y VUS identificadas mediante el análisis de un probando solo en comparación con un trío probando-padre.
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Aproximadamente 4,5 años
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Cambio en la gestión (atención médica) según lo determine el médico de la UCIN y la revisión de registros: SOLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: Desde el parto hasta el alta o la muerte (neonatal)
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Número de participantes que tuvieron un cambio en las decisiones de manejo atribuibles a los resultados genómicos, definidos como cambios en el plan de tratamiento del paciente o cambios en el asesoramiento del paciente/familia con respecto al manejo médico inmediato o a largo plazo. Este resultado solo estaba destinado a medirse en los participantes del grupo Secuenciado, como se describe en el protocolo del estudio. No se recopilaron datos para este resultado de ningún participante en el grupo sin secuenciar. |
Desde el parto hasta el alta o la muerte (neonatal)
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Necesidades de apoyo de los padres mediante cuestionario de autoinforme: SOLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: Al finalizar la secuenciación, aproximadamente 4,5 años
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Evaluación de las necesidades educativas/de asesoramiento y de apoyo social de la madre y el padre.
El rango de puntuación total es de 12 a 60, donde una puntuación más alta representa una mayor satisfacción con la experiencia (mejor resultado).
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Al finalizar la secuenciación, aproximadamente 4,5 años
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Comprensión de los padres mediante cuestionario de autoinforme: SOLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: Al finalizar la secuenciación, aproximadamente 4,5 años
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Precisión de la comprensión de los padres sobre los resultados de las pruebas genéticas.
Las respuestas de los padres a la pregunta "¿Qué tan bien comprende los resultados de sus pruebas genéticas prenatales?" será recogido.
Todas las respuestas posibles son: "Para nada", "Un poco", "Moderadamente", "Bastante" y "Extremadamente".
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Al finalizar la secuenciación, aproximadamente 4,5 años
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Número de participantes que tuvieron un cambio en el resultado de la secuenciación: SOLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: Desde la finalización de la secuencia hasta el período de análisis de datos, hasta 4,5 años
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Reinterpretaciones de resultados de secuenciación que conduzcan a un cambio en la clasificación de variantes de secuenciación. Este resultado solo estaba destinado a medirse en los participantes del grupo Secuenciado, como se describe en el protocolo del estudio. No se recopilaron datos para este resultado de ningún participante en el grupo sin secuenciar. |
Desde la finalización de la secuencia hasta el período de análisis de datos, hasta 4,5 años
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Tiempo de respuesta: SOLO grupo secuenciado
Periodo de tiempo: Tiempo desde el inicio de la secuenciación hasta el resultado del sitio del estudio, hasta 38 días
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Tiempo de respuesta de los componentes de secuenciación y cómo cambia con el tiempo.
Este resultado solo estaba destinado a medirse en los participantes del grupo Secuenciado, como se describe en el protocolo del estudio.
No se recopilaron datos para este resultado de ningún participante en el grupo sin secuenciar.
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Tiempo desde el inicio de la secuenciación hasta el resultado del sitio del estudio, hasta 38 días
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Colaboradores
Investigadores
- Investigador principal: Ronald Wapner, MD, Columbia University
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Actual)
Finalización del estudio (Actual)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Estimado)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Otros números de identificación del estudio
- AAAS2118
- R01HD055651 (Subvención/contrato del NIH de EE. UU.)
Plan de datos de participantes individuales (IPD)
¿Planea compartir datos de participantes individuales (IPD)?
Descripción del plan IPD
Marco de tiempo para compartir IPD
Criterios de acceso compartido de IPD
Tipo de información de apoyo para compartir IPD
- PROTOCOLO DE ESTUDIO
- SAVIA
- CIF
- RSC
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
producto fabricado y exportado desde los EE. UU.
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