Пренатальная генетическая диагностика с помощью геномного секвенирования (PrenatalSEQ)
Пренатальная генетическая диагностика с помощью геномного секвенирования: перспективная оценка
Обзор исследования
Статус
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
Секвенирование полного экзома и всего генома (WGS) расширило возможности определения генетической этиологии ранее недиагностированных заболеваний. Это исследование представляет собой многоцентровое проспективное когортное исследование для оценки новой технологии секвенирования для лечения плодов со структурными аномалиями. Гипотеза состоит в том, что значительное подмножество структурных аномалий плода имеет генетическую этиологию, которую можно определить с помощью секвенирования, и что пренатальное знание этой информации улучшит перинатальную помощь, уменьшит количество ненужных диагностических тестов, снизит стоимость ухода и улучшит качество жизни как для ребенка, так и для ребенка. и семья. Целью данного исследования является изучение этих многочисленных аспектов пренатального секвенирования в одном исследовании с инновационным интегрированным проспективным дизайном, который позволит провести надежную оценку преимуществ и рисков получения результатов диагностического и прогностического генетического тестирования в пренатальных условиях.
Исследование определит в последовательной популяции беременных с выбранными структурными аномалиями плода и отрицательным или не причинным хромосомным микрочипом (CMA) частоту патогенных, вероятно патогенных и неопределенных геномных вариантов, идентифицируемых с помощью секвенирования. Чтобы определить влияние этой информации на клиническую помощь, будет проспективно набрана контрольная популяция несеквенированных беременностей с аналогичными структурными аномалиями, и младенцы из обеих групп будут наблюдаться до 1 года. Этот компонент исследования будет оценивать различия в управлении здравоохранением и стоимости при выписке из больницы после родов, а также перинатальные и младенческие исходы в течение 1 года жизни. Также будет оцениваться образовательное, консультационное и психосоциальное влияние результатов секвенирования в пренатальный период, в дошкольном возрасте и в течение 1 года жизни. Поскольку аналитические и клинические инструменты, необходимые для полного преобразования секвенирования в лечение, все еще развиваются, будет исследована оптимизация биоинформационных инструментов для улучшения идентификации патогенных и вероятно патогенных мутаций, связанных с пренатальными фенотипами установленных генов болезней, а также выявление новых гены, связанные с недиагностированными в настоящее время фетальными/неонатальными фенотипами. Это исследование предоставит глубокую оценку пренатальной диагностической ценности секвенирования до его ответственного внедрения в практику и предоставит независимые данные для руководства его переводом.
Тип исследования
Регистрация (Действительный)
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
New York
-
New York, New York, Соединенные Штаты, 10032
- Columbia University Medical Center
-
-
North Carolina
-
Chapel Hill, North Carolina, Соединенные Штаты, 27514
- University of North Carolina Chapel Hill
-
-
Ohio
-
Cincinnati, Ohio, Соединенные Штаты, 45229
- Children's Hospital, Cincinnati Medical Center
-
-
Texas
-
Houston, Texas, Соединенные Штаты, 77030
- Baylor College of Medicine
-
Houston, Texas, Соединенные Штаты, 77030
- UT Health Houston
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
Принимает здоровых добровольцев
Метод выборки
Исследуемая популяция
Всего в исследование будет включено 1100 беременностей с аномалиями строения плода, отвечающими критериям приемлемости. Из них 750 будут подвергнуты пренатальному секвенированию генома (группа пренатального секвенирования), а оставшиеся 350 беременностей не будут подвергаться пренатальному секвенированию генома (группа пренатального секвенирования).
Регистрация беременностей с изолированными измерениями воротникового пространства ≥ 3,5 мм будет ограничена 5% в каждой группе (секвенированные и несеквенированные), а изолированная расчетная масса плода <5-го процента также будет ограничена 5% для каждой группы (секвенированные и несеквенированные) .
Описание
Критерии включения:
Группа пренатального секвенирования
У плода, идентифицированного с помощью УЗИ и / или МРТ, по крайней мере, один из следующих признаков:
- Одна или несколько крупных структурных аномалий (Приложение A)
- Измерение воротниковой прозрачности ≥ 3,5 мм
- Плод со сроком гестации менее 24 недель 0 дней с нормальной анатомией и сонографически оцененной массой плода <5-го процента без материнской гипертонии, диабета I типа или других материнских заболеваний, которые, как известно, влияют на рост плода.
- Отрицательный пренатальный CMA (или те, у кого результаты CMA не связаны с данными УЗИ)
- Одноплодная или двойная беременность
- Гестационный возраст менее 36 недель, 0 дней, чтобы можно было получить результаты секвенирования до родов.
Неупорядоченная группа
У плода, идентифицированного с помощью УЗИ и / или МРТ, по крайней мере, один из следующих признаков:
- Одна или несколько крупных структурных аномалий (Приложение A)
- Измерение воротниковой прозрачности ≥ 3,5 мм
- Плод со сроком гестации менее 24 недель 0 дней с нормальной анатомией и сонографически оцененной массой плода <5% без артериальной гипертензии у матери, диабета I типа или других заболеваний у матери, о которых известно, что они влияют на рост плода
- Отрицательный пренатальный или постнатальный CMA (или результаты CMA, не связанные с результатами УЗИ)
- Отказ от пренатального секвенирования
- Одноплодная беременность
Критерий исключения:
Группа пренатального секвенирования
- Пренатальное секвенирование или запланированное пренатальное секвенирование, проводимое вне исследования, включая генные панели
- Возраст матери или отца менее 18 лет
- Доказанная инфекционная или тератогенная причина аномалии плода
- Планируемое прерывание беременности
- Недоступные образцы крови или слюны от обоих биологических родителей перед секвенированием
- Нежелание родителей участвовать в послеродовом наблюдении в течение 1 года
- Языковой барьер (не говорящий по-английски или по-испански)
- Предыдущее согласие на несеквенированную пренатальную группу или зачисление в предыдущую беременность
Неупорядоченная группа
- Возраст матери или отца менее 18 лет
- Доказанная инфекционная или тератогенная причина аномалии плода
- Положительный пренатальный скрининг НИПТ на трисомию 21, 18 или 13. Положительный 22q11.2 Исключением также является пренатальное НИПТ-тестирование с последовательными данными УЗИ.
- Планируемое прерывание беременности
- Нежелание родителей участвовать в послеродовом наблюдении в течение 1 года
- Языковой барьер (не говорящий по-английски или по-испански)
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Когорты и вмешательства
Группа / когорта |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Группа пренатального секвенирования
750 троек со структурными аномалиями плода, которые получили пренатальное секвенирование в рамках исследования
|
Секвенирование всего генома (которое изначально будет замаскировано и указано только как экзом)
|
|
Группа без пренатального секвенирования (несеквенированная)
350 троек с аномалиями строения плода, которым не проводили пренатальное секвенирование
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Количество участников, у которых были зарегистрированные варианты
Временное ограничение: По окончании обучения, около 4 лет
|
Варианты, подлежащие регистрации: определяются как патогенные/вероятно патогенные (P/LP) или варианты неопределенного значения (VUS), идентифицированные путем секвенирования и считающиеся подлежащими регистрации Комитетом по рассмотрению вариантов.
|
По окончании обучения, около 4 лет
|
|
Расходы на здравоохранение
Временное ограничение: От момента диагностики аномалии до выписки ребенка
|
Затраты на здравоохранение с момента диагностики аномалии до выписки ребенка между секвенированными и несеквенированными группами.
|
От момента диагностики аномалии до выписки ребенка
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Гестационный возраст при родах
Временное ограничение: Во время доставки
|
Гестационный возраст новорожденного на момент родов (в неделях)
|
Во время доставки
|
|
Неонатальные исходы
Временное ограничение: До 28 дней после рождения
|
Неонатальные исходы будут сравниваться, и исходы будут измеряться по количеству новорожденных, у которых наблюдаются: потребность в аппаратной поддержке, сепсис, потребность в прессорной поддержке, потребность в экстракорпоральной мембранной оксигенации (ЭКМО), метаболические нарушения (например, ацидоз, повышенное содержание мочевой кислоты, гипо-/гипергликемия), внутрижелудочковые кровоизлияния, перивентрикулярные нарушения. лейкомаляция, энцефалопатия и судороги.
|
До 28 дней после рождения
|
|
Количество смертей
Временное ограничение: От выписки до 12 месяцев после родов
|
Неонатальная/младенческая смертность на момент выписки и в возрасте 12 месяцев.
|
От выписки до 12 месяцев после родов
|
|
Продолжительность пребывания в отделении интенсивной терапии
Временное ограничение: От выписки до 12 месяцев после родов
|
Продолжительность первоначального пребывания в отделении интенсивной терапии и количество дней, проведенных в больнице между первой выпиской и возрастом 12 месяцев.
|
От выписки до 12 месяцев после родов
|
|
Длина в сантиметрах
Временное ограничение: 12 месяцев после родов
|
Длина ребенка в возрасте 12 месяцев.
|
12 месяцев после родов
|
|
Вес в килограммах
Временное ограничение: 12 месяцев после родов
|
Вес ребенка в 12 месяцев.
|
12 месяцев после родов
|
|
Оценка развития по возрасту и стадиям опросника (ASQ-3)
Временное ограничение: 12 месяцев после родов
|
Результаты развития, определяемые следующими параметрами: общение, крупная моторика, мелкая моторика, решение проблем и личностно-социальные аспекты, в возрасте 12 месяцев с использованием ASQ-3. Более низкие баллы связаны с задержкой развития. Для каждой области развития родители могут ответить ДА=10, ИНОГДА=5 или ЕЩЕ НЕ=0, заполнив кружок для каждого ответа на вопрос. Полный диапазон баллов для каждого домена составляет от 0 до 60. Ограничения для каждого домена: Связь 15,64, Общая моторика 21,49, мелкая моторика 34,5, решение проблем 27,32, личностно-социальная 21,73. |
12 месяцев после родов
|
|
Тревога по анкете для самоотчета
Временное ограничение: Через 2 недели после раскрытия результатов секвенирования исследования или через 4 недели после включения в группу, не подвергавшуюся секвенированию; через 1 месяц после выписки из роддома или окончания беременности, если произошла гибель плода или прерывание беременности; 12-15 месяцев после родов
|
Тревога после раскрытия результатов (или через 8 недель после включения в группу без секвенирования), выписки из новорожденного и через 12 месяцев после родов.
Полный диапазон баллов составляет от 0 до 21, где меньшие цифры соответствуют меньшей тревожности (лучший результат).
|
Через 2 недели после раскрытия результатов секвенирования исследования или через 4 недели после включения в группу, не подвергавшуюся секвенированию; через 1 месяц после выписки из роддома или окончания беременности, если произошла гибель плода или прерывание беременности; 12-15 месяцев после родов
|
|
Депрессия по анкете для самоотчета
Временное ограничение: Через 2 недели после раскрытия результатов секвенирования исследования или через 4 недели после включения в группу, не подвергавшуюся секвенированию; через 1 месяц после выписки из роддома или окончания беременности, если произошла гибель плода или прерывание беременности; 12-15 месяцев после родов
|
Депрессия после раскрытия результатов (или через 8 недель после включения в группу без секвенирования), выписки из новорожденного и через 12 месяцев после родов.
Полный диапазон баллов составляет от 0 до 24, где более низкий балл соответствует меньшей депрессии (лучший результат).
|
Через 2 недели после раскрытия результатов секвенирования исследования или через 4 недели после включения в группу, не подвергавшуюся секвенированию; через 1 месяц после выписки из роддома или окончания беременности, если произошла гибель плода или прерывание беременности; 12-15 месяцев после родов
|
|
Качество жизни по анкете самооценки
Временное ограничение: Примерно 4,5 года
|
Качество жизни пациентки и семьи через 12 месяцев после родов.
|
Примерно 4,5 года
|
|
QALY, измеряемый в стоимости в год
Временное ограничение: Примерно 4,5 года
|
Дополнительные затраты на год жизни с поправкой на качество (QALY).
|
Примерно 4,5 года
|
|
Общее количество идентифицированных фенотипов, связанных ТОЛЬКО с секвенированной группой заболеваний
Временное ограничение: 12 месяцев после родов
|
Фенотипическое расширение: Очевидное пренатальное фенотипическое расширение от определенных в настоящее время педиатрических фенотипов.
|
12 месяцев после родов
|
|
Количество участников с ВУС – ТОЛЬКО группа с секвенированием
Временное ограничение: 12 месяцев после родов
|
Варианты неопределенного значения (ВУС), которые еще не ассоциировались с фенотипом данного заболевания. Этот результат предназначался для измерения только у участников группы секвенирования, как указано в протоколе исследования. Данные по этому результату не были собраны ни у одного участника группы несеквенирования. |
12 месяцев после родов
|
|
Количество участников с вариантами, классифицированными как GUS – ТОЛЬКО секвенированная группа
Временное ограничение: 12 месяцев после родов
|
VUS классифицируется как убедительные варианты новых генов, которые еще не связаны с заболеванием (гены неопределенного клинического значения; GUS). Этот результат предназначался для измерения только у участников группы секвенирования, как указано в протоколе исследования. Данные по этому результату не были собраны ни у одного участника группы несеквенирования. |
12 месяцев после родов
|
|
Цифровой WES — сравнение результатов кодирования и некодирования — ТОЛЬКО секвенированная группа
Временное ограничение: Примерно 4,5 года
|
Патогенные, вероятно патогенные и варианты VUS, идентифицированные путем секвенирования (кодирующие и некодирующие области) по сравнению только с кодирующими областями (цифровой WES).
|
Примерно 4,5 года
|
|
Только пробанды и трио – сравнение результатов между трио и только пробандами – ТОЛЬКО секвенированная группа
Временное ограничение: Примерно 4,5 года
|
Патогенные, вероятно патогенные и варианты VUS, идентифицированные путем анализа одного пробанда в сравнении с трио пробанд-родитель.
|
Примерно 4,5 года
|
|
Изменение руководства (здравоохранение) по решению врача отделения интенсивной терапии и проверки записей – ТОЛЬКО для последовательной группы
Временное ограничение: От родов до выписки или смерти (неонатальный период)
|
Число участников, у которых произошли изменения в управленческих решениях, связанные с результатами генома, определяемые как изменения в плане лечения пациента или изменения в консультировании пациента/семьи относительно немедленного или долгосрочного медицинского лечения. Этот результат предназначался для измерения только у участников группы секвенирования, как указано в протоколе исследования. Данные по этому результату не были собраны ни у одного участника группы несеквенирования. |
От родов до выписки или смерти (неонатальный период)
|
|
Потребности в родительской поддержке по анкете для самоотчета – ТОЛЬКО для последовательной группы
Временное ограничение: После завершения секвенирования примерно 4,5 года.
|
Оценка потребностей матери и отца в образовательной/консультационной и социальной поддержке.
Полный диапазон баллов составляет от 12 до 60, где более высокий балл означает более высокую удовлетворенность опытом (лучший результат).
|
После завершения секвенирования примерно 4,5 года.
|
|
Понимание родителей по анкете для самоотчета – ТОЛЬКО для последовательной группы
Временное ограничение: После завершения секвенирования примерно 4,5 года.
|
Точность понимания родителями результатов генетического теста.
Ответы родителей на вопрос «Насколько хорошо вы понимаете результаты своего пренатального генетического теста?» будут собраны.
Все возможные ответы: «Нет», «Немного», «Умеренно», «Совсем немного», «Чрезвычайно».
|
После завершения секвенирования примерно 4,5 года.
|
|
Количество участников, у которых произошли изменения в результате секвенирования — ТОЛЬКО секвенированная группа
Временное ограничение: От завершения секвенирования до периода анализа данных — до 4,5 лет
|
Реинтерпретации результатов секвенирования, приводящие к изменению классификации вариантов секвенирования. Этот результат предназначался для измерения только у участников группы секвенирования, как указано в протоколе исследования. Данные по этому результату не были собраны ни у одного участника группы несеквенирования. |
От завершения секвенирования до периода анализа данных — до 4,5 лет
|
|
Время выполнения работ — ТОЛЬКО для последовательной группы
Временное ограничение: Время от начала секвенирования до получения результатов в месте исследования, до 38 дней
|
Время выполнения компонентов секвенирования и то, как оно меняется с течением времени.
Этот результат предназначался для измерения только у участников группы секвенирования, как указано в протоколе исследования.
Данные по этому результату не были собраны ни у одного участника группы несеквенирования.
|
Время от начала секвенирования до получения результатов в месте исследования, до 38 дней
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Соавторы
Следователи
- Главный следователь: Ronald Wapner, MD, Columbia University
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Действительный)
Завершение исследования (Действительный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Оцененный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Другие идентификационные номера исследования
- AAAS2118
- R01HD055651 (Грант/контракт NIH США)
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Описание плана IPD
Сроки обмена IPD
Критерии совместного доступа к IPD
Совместное использование IPD Поддерживающий тип информации
- STUDY_PROTOCOL
- САП
- МКФ
- КСО
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
продукт, произведенный в США и экспортированный из США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .