前立腺癌の分子プロファイリング (ProProstate)

この研究には、転移性、再発性、局所進行性または「中リスクまたは高リスク」（グリーソン>7）の手術可能な前立腺がん患者250人のホルマリン固定パラフィン包埋腫瘍組織（FFPE）が含まれます。 末梢血と一緒に FFPE 腫瘍ブロックは、病理学研究所からすべての患者に対して回収されます。 利用可能な FFPE ブロックは、経験豊富な病理学者による組織学的レビューを受けて、診断、組織型、グレード、および腫瘍細胞含有量 (TCC%) の確認のために H&E セクションを評価し、手動マクロ解剖のために腫瘍の密な領域をマークします。腫瘍DNAのサンプルを濃縮するためのDNA抽出。 前立腺癌患者の臨床病理学的特徴は、それぞれの医療記録から検索されます。 診断は病理学レポートによって確認され、グリソンスコアと組織学的サブタイプに関する情報も提供されます。

いずれの場合も、患者情報の収集は、参加病院の生命倫理委員会の規則に準拠します。 この調査は、ヘルシンキ人権宣言の原則に従って実施されます。

手作業によるマクロ解剖の後、QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germany) を用いた標準的な手順に従って、FFPE 腫瘍組織材料を DNA 抽出のために処理します。

シーケンスは、Ion Torrent プロトン シーケンサー (Life Technologies/Ion Torrent) を使用して、分子腫瘍学研究所で実施されます。 腫瘍のターゲット NGS ジェノタイピングおよび利用可能なマッチした生殖細胞系列 DNA サンプルを目的として、相同組換え (HR) に関与する遺伝子のコード関連領域をターゲットとするカスタム Ampliseq パネルを設計しました。

Torrent サーバー (v5.8.0.8) でデータの取得とベース コールが実行されます。 したがって、適切な Ion Reporter ワークフロー (バージョン 5.10) を使用して、単一ヌクレオチドバリアント (SNV)、複数ヌクレオチドバリアント (MNV)、小さな挿入/削除 (INDEL)、およびコピー数のバリエーション (CNV) に自動的に注釈を付けます。