Profilo molecolare nel cancro alla prostata (ProProstate)

Questo studio includerà tessuto tumorale incluso in paraffina fissato in formalina (FFPE) da 250 pazienti con carcinoma prostatico operabile metastatico, ricorrente, localmente avanzato o "a rischio intermedio o alto" (Gleason> 7). I blocchi tumorali FFPE insieme al sangue periferico verranno recuperati per tutti i pazienti dai laboratori di patologia. I blocchi FFPE disponibili saranno sottoposti a revisione istologica da parte di un patologo esperto per valutare le sezioni H&E per la conferma della diagnosi, il tipo istologico, il grado e il contenuto di cellule tumorali (TCC%), nonché contrassegnare le aree dense del tumore per la macro-dissezione manuale, prima della Estrazione del DNA, al fine di arricchire i campioni per il DNA tumorale. Le caratteristiche clinicopatologiche dei pazienti con cancro alla prostata saranno recuperate dalle rispettive cartelle cliniche. La diagnosi sarà confermata attraverso referti patologici, che forniranno anche informazioni sul punteggio di Gleason e sul sottotipo istologico.

In tutti i casi, la raccolta delle informazioni sui pazienti sarà conforme ai regolamenti dei comitati di bioetica degli Ospedali partecipanti. Lo studio sarà condotto in conformità con i principi della Dichiarazione dei diritti dell'uomo di Helsinki.

Dopo la macro-dissezione manuale, il materiale del tessuto tumorale FFPE verrà processato per l'estrazione del DNA, secondo procedure standard con il QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Germania).

Il sequenziamento sarà eseguito presso il Laboratorio di Oncologia Molecolare, utilizzando un sequenziatore di protoni Ion Torrent (Life Technologies/Ion Torrent). Ai fini della genotipizzazione NGS mirata del tumore e dei campioni di DNA germinale abbinati disponibili, abbiamo progettato un pannello Ampliseq personalizzato per indirizzare la codifica delle regioni rilevanti dei geni coinvolti nella ricombinazione omologa (HR), insieme a molti altri.

Il recupero dei dati e l'identificazione della base verranno eseguiti sul Torrent Server (v5.8.0.8). Di conseguenza, utilizzeremo i flussi di lavoro appropriati di Ion Reporter (versione 5.10) per annotare automaticamente le varianti a singolo nucleotide (SNV), le varianti a più nucleotidi (MNV), le piccole inserzioni/delezioni (INDEL) e le variazioni del numero di copie (CNV).