전립선암의 분자 프로파일링 (ProProstate)

이 연구에는 수술 가능한 전이성, 재발성, 국소 진행성 또는 "중간 또는 고위험"(Gleason >7) 전립선암 환자 250명의 포르말린 고정 파라핀 내장 종양 조직(FFPE)이 포함됩니다. 말초 혈액과 함께 FFPE 종양 블록은 Pathology Laboratories에서 모든 환자에 대해 검색됩니다. 사용 가능한 FFPE 블록은 숙련된 병리학자의 조직학적 검토를 거쳐 H&E 섹션을 평가하여 진단, 조직학적 유형, 등급 및 종양 세포 함량(TCC%)을 확인하고 수동 매크로 해부를 위한 종양 밀집 영역을 표시합니다. 종양 DNA에 대한 샘플을 풍부하게 하기 위한 DNA 추출. 전립선암 환자의 임상병리학적 특성은 각각의 의료 기록에서 검색됩니다. 진단은 Gleason 점수 및 조직학적 하위 유형에 대한 정보도 제공하는 병리 보고서를 통해 확인됩니다.

모든 경우에 환자 정보 수집은 참여 병원의 생명 윤리 위원회 규정을 준수합니다. 연구는 헬싱키 인권 선언의 원칙에 따라 수행됩니다.

수동 매크로 해부 후, FFPE 종양 조직 물질은 QIAamp DNA Mini Kit(Qiagen GmbH, Hilden, Germany)의 표준 절차에 따라 DNA 추출을 위해 처리됩니다.

시퀀싱은 Ion Torrent Proton Sequencer(Life Technologies/Ion Torrent)를 사용하여 분자 종양학 연구소에서 수행됩니다. 종양의 표적 NGS 유전형 분석 및 사용 가능한 일치 생식계열 DNA 샘플을 위해 맞춤형 Ampliseq 패널을 설계하여 상동 재조합(HR)과 관련된 유전자의 관련 영역을 코딩하는 대상을 다른 여러 영역과 함께 지정했습니다.

데이터 검색 및 베이스 콜링은 Torrent 서버(v5.8.0.8)에서 수행됩니다. 결과적으로 적절한 Ion Reporter 워크플로우(버전 5.10)를 사용하여 SNV(단일 뉴클레오티드 변이체), MNV(다중 뉴클레오티드 변이체), INDEL(작은 삽입/결손) 및 CNV(복제 수 변이)에 자동으로 주석을 추가합니다.