Molekylär profilering vid prostatacancer (ProProstate)

Denna studie kommer att inkludera formalinfixerad paraffininbäddad tumörvävnad (FFPE) från 250 patienter med metastaserad, återkommande, lokalt avancerad eller "mellanliggande eller hög risk" (Gleason >7), operabel prostatacancer. FFPE-tumörblockeringar tillsammans med perifert blod kommer att hämtas för alla patienter från Pathology Laboratories. Tillgängliga FFPE-block kommer att bli föremål för histologisk granskning av en erfaren patolog för att utvärdera H&E-sektioner för bekräftelse av diagnos, histologisk typ, grad och tumörcellinnehåll (TCC%), samt markera tumörtäta områden för manuell makro-dissektion, före DNA-extraktion, för att berika prover för tumör-DNA. Klinikopatologiska egenskaper hos patienter med prostatacancer kommer att hämtas från deras respektive journaler. Diagnos kommer att bekräftas genom patologirapporter, som också ger information om Gleason Score och histologisk subtyp.

I alla fall kommer insamlingen av patientinformation att ske i enlighet med föreskrifterna från de bioetiska kommittéerna på deltagande sjukhus. Studien kommer att genomföras i enlighet med principerna i Helsingforsdeklarationen om de mänskliga rättigheterna.

Efter manuell makrodissektion kommer FFPE-tumörvävnadsmaterial att bearbetas för DNA-extraktion, enligt standardprocedurer med QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Tyskland).

Sekvensering kommer att utföras vid Laboratory of Molecular Oncology, med hjälp av en Ion Torrent Proton Sequencer (Life Technologies/Ion Torrent). För målinriktad NGS-genotypning av tumör och tillgängliga matchade könslinje-DNA-prover designade vi en anpassad Ampliseq-panel för att rikta in sig på kodande relevanta regioner av gener involverade i homolog rekombination (HR), tillsammans med flera andra.

Datahämtning och basanrop kommer att utföras på Torrent-servern (v5.8.0.8). Följaktligen kommer vi sedan att använda lämpliga Ion Reporter-arbetsflöden (version 5.10) för att automatiskt kommentera enskilda nukleotidvarianter (SNVs), multipla nukleotidvarianter (MNVs), små insättningar/deletioner (INDELs) och kopianummervariationer (CNVs).