Perfil Molecular no Câncer de Próstata (ProProstate)

Este estudo incluirá tecido tumoral fixado em formalina e embebido em parafina (FFPE) de 250 pacientes com câncer de próstata operável metastático, recorrente, localmente avançado ou de "risco intermediário ou alto" (Gleason >7). Os blocos tumorais FFPE juntamente com o sangue periférico serão recuperados para todos os pacientes dos Laboratórios de Patologia. Os blocos FFPE disponíveis serão submetidos à revisão histológica por um patologista experiente para avaliar as seções H&E para confirmação do diagnóstico, tipo histológico, grau e conteúdo da célula tumoral (TCC%), bem como marcar áreas densas do tumor para macrodissecção manual, antes da Extração de DNA, a fim de enriquecer amostras para DNA tumoral. As características clinicopatológicas dos pacientes com câncer de próstata serão obtidas de seus respectivos prontuários. O diagnóstico será confirmado por meio de laudos patológicos, que também fornecerão informações sobre o escore de Gleason e subtipo histológico.

Em todos os casos, a coleta de informações do paciente estará em conformidade com as normas dos comitês de Bioética dos Hospitais participantes. O estudo será conduzido de acordo com os princípios da Declaração de Helsinque dos Direitos Humanos.

Após a macrodissecção manual, o material de tecido tumoral FFPE será processado para extração de DNA, de acordo com os procedimentos padrão com o QIAamp DNA Mini Kit (Qiagen GmbH, Hilden, Alemanha).

O sequenciamento será realizado no Laboratório de Oncologia Molecular, utilizando um Ion Torrent Proton Sequencer (Life Technologies/Ion Torrent). Para fins de genotipagem NGS direcionada de tumor e amostras de DNA de linhagem germinativa disponíveis, projetamos um painel Ampliseq personalizado para direcionar a codificação de regiões relevantes de genes envolvidos na recombinação homóloga (HR), juntamente com vários outros.

A recuperação de dados e a chamada de base serão realizadas no Servidor Torrent (v5.8.0.8). Consequentemente, empregaremos fluxos de trabalho apropriados do Ion Reporter (versão 5.10) para anotar automaticamente variantes de nucleotídeo único (SNVs), variantes de múltiplos nucleotídeos (MNVs), pequenas inserções/exclusões (INDELs) e variações de número de cópias (CNVs).